More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_4593 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_5054  AMP-dependent synthetase and ligase  97.57 
 
 		 453 aa  852    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.606706 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4593  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 453 aa  889    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.158973 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5076  AMP-dependent synthetase and ligase  52.36 
 
 		 459 aa  405  1e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.273302  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0995  AMP-dependent synthetase and ligase  50.33 
 
 		 460 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.537701  normal  0.314251 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6525  AMP-dependent synthetase and ligase  52.86 
 
 		 487 aa  401  9.999999999999999e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0358165 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6726  AMP-dependent synthetase and ligase  54.55 
 
 		 473 aa  386  1e-106  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.149024  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1098  AMP-dependent synthetase and ligase  49.67 
 
 		 460 aa  380  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3072  hypothetical protein  36.75 
 
 		 448 aa  222  8e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0576  AMP-dependent synthetase and ligase  42.68 
 
 		 441 aa  217  4e-55  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1373  AMP-dependent synthetase and ligase  34.81 
 
 		 383 aa  190  4e-47  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.826102 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1323  acyl-CoA synthetases (AMP-forming)/AMP-acid ligases II-like protein  33.86 
 
 		 380 aa  147  3e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3107  Acyl-CoA synthetases (AMP-forming)/AMP-acid ligases II-like protein  37.17 
 
 		 379 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3063  AMP-dependent synthetase and ligase  35.74 
 
 		 446 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.214783  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3791  AMP-dependent synthetase and ligase  35.41 
 
 		 446 aa  116  8.999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.712407  normal  0.636512 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1426  AMP-dependent synthetase and ligase  26.91 
 
 		 449 aa  115  2.0000000000000002e-24  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.745476  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3967  AMP-dependent synthetase and ligase  29.28 
 
 		 447 aa  109  1e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.923272  normal  0.0394514 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1127  AMP-dependent synthetase and ligase  30.12 
 
 		 447 aa  108  2e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3895  hypothetical protein  33.33 
 
 		 446 aa  107  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.859841 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  29.62 
 
 		 520 aa  103  5e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6618  AMP-dependent synthetase and ligase  31.91 
 
 		 493 aa  100  5e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0813  AMP-dependent synthetase and ligase  27.74 
 
 		 449 aa  99  2e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4047  AMP-dependent synthetase and ligase  27.13 
 
 		 447 aa  98.2  3e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4336  AMP-dependent synthetase and ligase  29.05 
 
 		 515 aa  95.5  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0623029  hitchhiker  0.00463044 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1539  acetyl-CoA synthetase  28.6 
 
 		 541 aa  92.4  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0802  acetyl-coenzyme A synthetase  28.6 
 
 		 555 aa  92  2e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0599  acetyl-coenzyme A synthetase  28.6 
 
 		 541 aa  92  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.197066  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0554  acetyl-coenzyme A synthetase  28.6 
 
 		 541 aa  92  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1709  acetyl-coenzyme A synthetase  28.6 
 
 		 541 aa  92  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1317  acetyl-coenzyme A synthetase  28.6 
 
 		 541 aa  92  2e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  26.6 
 
 		 662 aa  91.3  3e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1509  acetyl-coenzyme A synthetase  28.81 
 
 		 555 aa  91.3  3e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.611762  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0490  AMP-dependent synthetase and ligase  31.05 
 
 		 512 aa  91.3  3e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2702  AMP-dependent synthetase and ligase  29.68 
 
 		 498 aa  90.9  4e-17  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3285  AMP-dependent synthetase and ligase  29.15 
 
 		 513 aa  90.9  4e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.319126 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3197  Acyl transferase  31.32 
 
 		 4575 aa  90.1  7e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1738  AMP-dependent synthetase and ligase  38.1 
 
 		 549 aa  89  2e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0121059  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2677  AMP-dependent synthetase and ligase  41.8 
 
 		 544 aa  86.7  7e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0309  acyl-CoA synthetase  28.61 
 
 		 537 aa  86.7  7e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0319  acyl-CoA synthetase  28.61 
 
 		 537 aa  86.7  7e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.43856 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0300  acyl-CoA synthetase  28.61 
 
 		 537 aa  86.7  7e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1847  O-succinylbenzoate-CoA ligase  25.98 
 
 		 492 aa  85.1  0.000000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_29237  predicted protein  28.65 
 
 		 356 aa  85.1  0.000000000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0182094  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4838  Beta-ketoacyl synthase  29.23 
 
 		 4930 aa  85.1  0.000000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.15888 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1883  O-succinylbenzoate-CoA ligase  25.98 
 
 		 492 aa  85.1  0.000000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0993  AMP-dependent synthetase and ligase  26.21 
 
 		 551 aa  84.7  0.000000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.058663  normal  0.472801 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1495  AMP-dependent synthetase and ligase  36.31 
 
 		 541 aa  84.7  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2447  AMP-dependent synthetase and ligase  28.9 
 
 		 505 aa  84.7  0.000000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4379  AMP-dependent synthetase and ligase  27.23 
 
 		 506 aa  84.3  0.000000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.177409 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4595  AMP-dependent synthetase and ligase  30.14 
 
 		 525 aa  84.3  0.000000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4181  acyl-CoA synthetase  29.58 
 
 		 522 aa  84  0.000000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.273498 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4476  AMP-dependent synthetase and ligase  26.72 
 
 		 528 aa  84  0.000000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1242  acetyl-CoA synthetase  26.98 
 
 		 557 aa  84  0.000000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1255  AMP-dependent synthetase and ligase  27.6 
 
 		 506 aa  84  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4389  acetate--CoA ligase (acetyl-Co A synthetase)  26.24 
 
 		 528 aa  84  0.000000000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4351  AMP-dependent synthetase and ligase  35.1 
 
 		 578 aa  83.2  0.000000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0494  AMP-dependent synthetase and ligase  25.93 
 
 		 552 aa  83.2  0.000000000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0571  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  26.83 
 
 		 490 aa  83.2  0.000000000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0551  AMP-dependent synthetase and ligase  26.21 
 
 		 554 aa  83.2  0.000000000000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0114354  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2407  AMP-dependent synthetase and ligase  24.02 
 
 		 498 aa  82.8  0.00000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.676828  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1936  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.4 
 
 		 572 aa  82.4  0.00000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.451048  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4543  acetyl-CoA synthetase  27.11 
 
 		 528 aa  82.4  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4379  acetate--CoA ligase (acetyl-Co A synthetase)  27.11 
 
 		 528 aa  82.4  0.00000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1153  AMP-dependent synthetase and ligase  28.97 
 
 		 535 aa  83.2  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.332215 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1025  AMP-dependent synthetase and ligase  26.16 
 
 		 528 aa  83.2  0.00000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4677  AMP-dependent synthetase and ligase  27.21 
 
 		 507 aa  82.8  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.65065 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3218  AMP-dependent synthetase and ligase  25.11 
 
 		 495 aa  82.8  0.00000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1246  AMP-dependent synthetase and ligase  27.43 
 
 		 5154 aa  82.8  0.00000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.262553 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3788  non-ribosomal peptide synthetase, putative  24.48 
 
 		 517 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0278843 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1358  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  26.54 
 
 		 474 aa  82  0.00000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0273591  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3648  AMP-dependent synthetase and ligase  27.91 
 
 		 519 aa  82  0.00000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0180  AMP-dependent synthetase and ligase  28.77 
 
 		 553 aa  82  0.00000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4763  putative acetyl-CoA synthetase  27.11 
 
 		 528 aa  82  0.00000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4896  acetyl-CoA synthetase  27.11 
 
 		 522 aa  82.4  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.154512  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0927  acetyl-CoA synthetase  33.15 
 
 		 588 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0317  AMP-dependent synthetase and ligase  25 
 
 		 559 aa  81.6  0.00000000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3776  AMP-dependent synthetase and ligase  26.97 
 
 		 502 aa  82  0.00000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.597037  normal  0.34641 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1704  AMP-dependent synthetase and ligase  30 
 
 		 576 aa  82  0.00000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0154325  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4781  acetyl-CoA synthetase, putative  26.82 
 
 		 522 aa  81.3  0.00000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2172  AMP-binding protein  24.78 
 
 		 559 aa  81.3  0.00000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.69843 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2753  acetyl-coenzyme A synthetase  28.03 
 
 		 541 aa  81.6  0.00000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.522899  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4780  putative acetyl-CoA synthetase  26.82 
 
 		 528 aa  81.3  0.00000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1742  AMP-dependent synthetase and ligase  23.88 
 
 		 497 aa  81.3  0.00000000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.441923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2531  AMP-dependent synthetase and ligase  27.12 
 
 		 537 aa  81.6  0.00000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0481  putative acetyl-CoA synthetase  26.47 
 
 		 528 aa  81.3  0.00000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00004152 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2785  AMP-dependent synthetase and ligase  27.33 
 
 		 534 aa  80.9  0.00000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.634484  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2525  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.91 
 
 		 478 aa  80.9  0.00000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.539052 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2406  AMP-dependent synthetase and ligase  27.83 
 
 		 509 aa  80.9  0.00000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0466191 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2833  AMP-dependent synthetase and ligase  33 
 
 		 568 aa  80.9  0.00000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4754  putative acetyl-CoA synthetase  26.47 
 
 		 528 aa  80.9  0.00000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2096  AMP-dependent synthetase and ligase  38.52 
 
 		 532 aa  80.1  0.00000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.234813 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3296  AMP-dependent synthetase and ligase  26.08 
 
 		 502 aa  80.1  0.00000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0486472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1399  AMP-dependent synthetase and ligase  25.28 
 
 		 559 aa  80.1  0.00000000000007  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.561071  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0723  AMP-dependent synthetase and ligase  27.37 
 
 		 530 aa  80.1  0.00000000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  39.69 
 
 		 525 aa  80.1  0.00000000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.52 
 
 		 514 aa  80.1  0.00000000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1398  AMP-dependent synthetase and ligase  32.51 
 
 		 564 aa  80.1  0.00000000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000129983 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_43214  predicted protein  27.3 
 
 		 1657 aa  80.1  0.00000000000008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0520  AMP-dependent synthetase and ligase  25.57 
 
 		 559 aa  79.7  0.00000000000009  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.57 
 
 		 512 aa  79.7  0.00000000000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2048  AMP-dependent synthetase and ligase  28.77 
 
 		 516 aa  79.3  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>