40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1276 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1276  DNA polymerase beta subunit  100 
 
 		 129 aa  256  7e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000156571 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2946  DNA polymerase beta subunit  62.2 
 
 		 131 aa  163  5.9999999999999996e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0133  DNA polymerase beta subunit  65.08 
 
 		 131 aa  157  5e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1075  DNA polymerase beta subunit  53.72 
 
 		 132 aa  141  3e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.141135 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3165  hypothetical protein  38.66 
 
 		 139 aa  88.2  3e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1397  DNA polymerase beta domain protein region  36.36 
 
 		 134 aa  77.8  0.00000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0347326  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2281  nucleotidyltransferase  39.09 
 
 		 132 aa  74.7  0.0000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0106509  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0893  DNA polymerase beta domain-containing protein region  38.84 
 
 		 143 aa  71.6  0.000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1760  DNA polymerase beta domain protein region  36.15 
 
 		 135 aa  70.1  0.000000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2422  DNA polymerase beta subunit  26.15 
 
 		 135 aa  62  0.000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0269  nucleotidyltransferase  30.23 
 
 		 135 aa  61.2  0.000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2978  DNA polymerase beta domain protein region  33.85 
 
 		 217 aa  61.2  0.000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5679  putative nucleotidyltransferase  30.23 
 
 		 135 aa  60.5  0.000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0666104  decreased coverage  0.000482275 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2244  DNA polymerase beta subunit  32.14 
 
 		 146 aa  60.5  0.000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.521292  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1252  DNA polymerase beta domain protein region  34.85 
 
 		 136 aa  60.1  0.000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.859255 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2345  DNA polymerase beta domain protein region  32.32 
 
 		 144 aa  57  0.00000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1736  hypothetical protein  43.28 
 
 		 271 aa  53.9  0.0000008  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.76389  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0763  DNA polymerase beta subunit  34.09 
 
 		 143 aa  53.1  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.122769 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4418  DNA polymerase beta subunit  30.69 
 
 		 148 aa  49.7  0.00001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.234666 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1972  DNA polymerase beta domain protein region  38.04 
 
 		 131 aa  49.3  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.18731 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3253  DNA polymerase beta domain protein region  37.84 
 
 		 132 aa  49.3  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3257  DNA polymerase, beta-like region  38.6 
 
 		 132 aa  47.8  0.00005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00329127  hitchhiker  2.42256e-16 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2332  DNA polymerase beta subunit  37.93 
 
 		 128 aa  47.8  0.00005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1678  DNA polymerase beta subunit  33.01 
 
 		 153 aa  47.8  0.00005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000143849  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0755  DNA polymerase beta subunit  36.17 
 
 		 123 aa  47.4  0.00007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0178  DNA polymerase, beta-like region  31.3 
 
 		 163 aa  46.2  0.0002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0107452  normal  0.933077 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2954  DNA polymerase beta subunit  37.76 
 
 		 133 aa  45.1  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1563  DNA polymerase beta domain protein region  37.23 
 
 		 152 aa  44.7  0.0004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0825  DNA polymerase beta subunit  33.67 
 
 		 140 aa  44.7  0.0004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.453012  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0331  hypothetical protein  37.66 
 
 		 134 aa  44.3  0.0005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0231643  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1589  DNA polymerase beta domain protein region  42.25 
 
 		 132 aa  43.5  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.382693  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0658  DNA polymerase beta subunit  34.65 
 
 		 137 aa  43.1  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000311195  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1471  DNA polymerase beta domain protein region  39.71 
 
 		 139 aa  42.7  0.002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.764189  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0364  DNA polymerase beta subunit  32.56 
 
 		 148 aa  42.7  0.002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4484  DNA polymerase beta domain protein region  32.61 
 
 		 146 aa  41.2  0.005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0357  DNA polymerase beta subunit  40 
 
 		 101 aa  41.2  0.005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0316504 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0225  DNA polymerase beta domain protein region  31.96 
 
 		 142 aa  40.4  0.009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0284  DNA polymerase beta domain protein region  31.58 
 
 		 99 aa  40.4  0.009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0766  DNA polymerase beta subunit  36.76 
 
 		 139 aa  40  0.01  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2973  DNA polymerase beta subunit  35.14 
 
 		 132 aa  40  0.01  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>