More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hhal_1977 on replicon NC_008789
Organism: Halorhodospira halophila SL1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008789  Hhal_1977  TraR/DksA family transcriptional regulator  100 
 
 
111 aa  218  1.9999999999999999e-56  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1993  TraR/DksA family transcriptional regulator  55.91 
 
 
110 aa  110  7.000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0188  TraR/DksA family transcriptional regulator  55.91 
 
 
110 aa  110  7.000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2384  TraR/DksA family transcriptional regulator  53.21 
 
 
119 aa  106  1e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.68054 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  50.98 
 
 
119 aa  96.7  1e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.581103  normal  0.0182397 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2555  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.62 
 
 
107 aa  95.1  3e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4199  hypothetical protein  51.96 
 
 
111 aa  89  2e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124455  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3073  transcriptional regulator, TraR/DksA family protein  43.64 
 
 
115 aa  84.7  4e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0240851 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2385  hypothetical protein  50.5 
 
 
117 aa  82  0.000000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.309687  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1573  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.19 
 
 
111 aa  78.2  0.00000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4470  putative DnaK suppressor protein  45.19 
 
 
111 aa  78.2  0.00000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000149172  hitchhiker  0.00792418 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4602  putative DnaK suppressor protein  45.19 
 
 
111 aa  78.2  0.00000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000114617  normal  0.012222 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2786  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.24 
 
 
112 aa  76.6  0.00000000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.338701 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0180  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.96 
 
 
144 aa  63.2  0.000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000132063  normal  0.0556483 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0995  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.47 
 
 
144 aa  62.8  0.000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2328  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.75 
 
 
112 aa  62.8  0.000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.66 
 
 
150 aa  62.8  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1032  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.84 
 
 
151 aa  60.1  0.000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.955703  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1052  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.06 
 
 
122 aa  60.1  0.00000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.129097 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2440  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.45 
 
 
133 aa  59.3  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0169  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.36 
 
 
110 aa  59.3  0.00000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.2184  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2681  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.54 
 
 
159 aa  58.5  0.00000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.133444  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3893  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.18 
 
 
131 aa  58.2  0.00000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000111864 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0114  RNA polymerase-binding protein DksA  32.14 
 
 
147 aa  58.2  0.00000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000001721  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0691  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.96 
 
 
139 aa  57.4  0.00000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0872386  normal  0.218793 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0072  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.96 
 
 
140 aa  57  0.00000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000740961  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0724  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.52 
 
 
153 aa  57  0.00000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2340  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.14 
 
 
146 aa  56.6  0.0000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.965473 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2037  regulator RpoS  32.14 
 
 
146 aa  55.8  0.0000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.555499  normal  0.116452 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2447  hypothetical protein  45.31 
 
 
141 aa  55.5  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000244827  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1243  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.51 
 
 
142 aa  55.8  0.0000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2552  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.75 
 
 
140 aa  55.1  0.0000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0402144  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3060  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.19 
 
 
145 aa  55.1  0.0000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0497831  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2068  DnaK suppressor protein  33.04 
 
 
149 aa  55.1  0.0000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.0000191774  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2884  transcriptional regulator, TraR/DksA family  52.94 
 
 
144 aa  54.7  0.0000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.17875  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2791  transcriptional regulator, TraR/DksA family  52.94 
 
 
144 aa  54.7  0.0000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.352279  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0276  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.61 
 
 
143 aa  55.1  0.0000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1598  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.36 
 
 
149 aa  55.1  0.0000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.26803  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0916  TraR/DksA family transcriptional regulator  55.56 
 
 
106 aa  54.3  0.0000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.354828  normal  0.215076 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0879  suppressor protein DksA  47.27 
 
 
145 aa  54.3  0.0000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1192  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.03 
 
 
158 aa  54.3  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.890145  normal  0.628477 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0517  DnaK suppressor protein  43.75 
 
 
143 aa  53.9  0.0000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2893  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.86 
 
 
122 aa  53.9  0.0000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0224708 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0635  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.82 
 
 
155 aa  53.5  0.0000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.564298  normal  0.248385 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3687  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.73 
 
 
142 aa  53.5  0.0000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.220582  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1023  DnaK suppressor protein  34.82 
 
 
136 aa  53.5  0.0000009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1312  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.11 
 
 
158 aa  53.1  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2654  DnaK suppressor protein  32.11 
 
 
158 aa  53.1  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.562233  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3101  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.23 
 
 
152 aa  53.1  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3372  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.75 
 
 
145 aa  52.8  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.911345  normal  0.0274052 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1697  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.78 
 
 
141 aa  53.1  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.0000137678  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1803  TraR/DksA family transcriptional regulator  51.79 
 
 
106 aa  53.1  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0488445  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1926  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.04 
 
 
113 aa  52.4  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2286  hypothetical protein  43.75 
 
 
143 aa  52.8  0.000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2259  hypothetical protein  43.75 
 
 
143 aa  52.8  0.000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2692  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.27 
 
 
129 aa  52.8  0.000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.414377  normal  0.0706919 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0547  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.19 
 
 
140 aa  52.4  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1884  putative DnaK suppressor protein  35.4 
 
 
157 aa  52.4  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0456991  normal  0.261909 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0674  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.19 
 
 
146 aa  52.4  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2698  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.94 
 
 
144 aa  51.6  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.303668  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0615  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.25 
 
 
124 aa  51.6  0.000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1427  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.04 
 
 
109 aa  52  0.000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0733302  normal  0.617985 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73020  DksA/TraR family C4-type zinc finger protein  37.61 
 
 
134 aa  51.6  0.000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450272  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1465  dnaK suppressor protein  30.91 
 
 
154 aa  51.6  0.000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1181  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.91 
 
 
154 aa  51.6  0.000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3278  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.83 
 
 
118 aa  51.2  0.000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000778936  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3066  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.97 
 
 
130 aa  51.2  0.000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.446011 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1322  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.06 
 
 
216 aa  51.2  0.000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3792  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.91 
 
 
140 aa  51.2  0.000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0620628  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0584  RNA polymerase-binding dnaK suppressor protein DksA  40.62 
 
 
148 aa  51.2  0.000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3276  transcriptional regulators, TraR/DksA family protein  40.62 
 
 
147 aa  50.8  0.000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000078623  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2611  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.19 
 
 
120 aa  51.2  0.000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3985  RNA polymerase-binding transcription factor  40.62 
 
 
151 aa  50.8  0.000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000239354  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5516  DnaK suppressor protein  32.11 
 
 
133 aa  50.8  0.000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.596714  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1679  transcriptional regulators, TraR/DksA family  30.91 
 
 
138 aa  50.8  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0231267 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0202  RNA polymerase-binding transcription factor  40.62 
 
 
151 aa  50.4  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.210967  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0214  RNA polymerase-binding transcription factor  40.62 
 
 
151 aa  50.4  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.748319  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0203  RNA polymerase-binding transcription factor  40.62 
 
 
151 aa  50.4  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.292031  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3949  DnaK suppressor protein, putative  39.8 
 
 
119 aa  50.4  0.000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.442738 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0218  RNA polymerase-binding transcription factor  40.62 
 
 
151 aa  50.4  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.236664  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0895  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.11 
 
 
158 aa  50.8  0.000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0220  RNA polymerase-binding transcription factor  40.62 
 
 
151 aa  50.4  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000337551  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00144  DNA-binding transcriptional regulator of rRNA transcription, DnaK suppressor protein  40.62 
 
 
151 aa  50.4  0.000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000255742  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3457  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.62 
 
 
151 aa  50.4  0.000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000224053  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3514  RNA polymerase-binding transcription factor  40.62 
 
 
151 aa  50.4  0.000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000935377  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0136  RNA polymerase-binding transcription factor  40.62 
 
 
151 aa  50.4  0.000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000300013  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0156  RNA polymerase-binding transcription factor  40.62 
 
 
151 aa  50.4  0.000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000187582  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0149  RNA polymerase-binding transcription factor  40.62 
 
 
151 aa  50.4  0.000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000131318  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0154  RNA polymerase-binding transcription factor  40.62 
 
 
151 aa  50.4  0.000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0031107  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0148  RNA polymerase-binding transcription factor  40.62 
 
 
151 aa  50.4  0.000008  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000273463  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00143  hypothetical protein  40.62 
 
 
151 aa  50.4  0.000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000224196  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1499  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.82 
 
 
138 aa  50.1  0.000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0747562 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0284  dnaK suppressor protein  45.83 
 
 
118 aa  49.7  0.00001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000202655  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4708  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.36 
 
 
139 aa  49.7  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0151479  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03545  putative DnaK suppressor protein  40.62 
 
 
152 aa  50.1  0.00001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000789924  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3937  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.06 
 
 
149 aa  50.1  0.00001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000139541  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4193  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.36 
 
 
139 aa  49.7  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.414689  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3404  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.06 
 
 
147 aa  49.7  0.00001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000437132  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0849  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.06 
 
 
147 aa  48.9  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000107681  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1346  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.09 
 
 
138 aa  48.9  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>