192 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Glov_1903 on replicon NC_010814
Organism: Geobacter lovleyi SZ



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010814  Glov_1903  hypothetical protein  100 
 
 
110 aa  226  8e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.172183  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3043  cytochrome c class I  40.91 
 
 
163 aa  82.4  0.000000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1913  hypothetical protein  40.74 
 
 
154 aa  82  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000530569  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1234  cytochrome c class I  40.91 
 
 
163 aa  81.3  0.000000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.5253  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2077  cytochrome c class I  38.71 
 
 
153 aa  70.5  0.000000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1358  cb-type cytochrome c oxidase subunit III  38.96 
 
 
152 aa  69.3  0.00000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.112598  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1088  cytochrome c, class I  37.1 
 
 
143 aa  67  0.00000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000582284  hitchhiker  0.0000137635 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1809  cytochrome c class I  39.36 
 
 
153 aa  64.7  0.0000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2419  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  40 
 
 
298 aa  63.5  0.0000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.203271  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2513  cytochrome c family protein  38.89 
 
 
146 aa  62.8  0.000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.42595  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2440  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  44.16 
 
 
288 aa  61.2  0.000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.132686  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3416  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  44.93 
 
 
325 aa  60.8  0.000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0306402 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0640  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  44.29 
 
 
317 aa  60.5  0.000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00144389  normal  0.731744 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1280  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  40.54 
 
 
296 aa  58.9  0.00000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2794  cytochrome-c oxidase fixP chain  44.44 
 
 
290 aa  58.5  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.40028  normal  0.764362 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0698  cytochrome c class I  38.46 
 
 
189 aa  58.2  0.00000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2009  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  42.05 
 
 
322 aa  57.8  0.00000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0902386  hitchhiker  0.0000000272898 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1966  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  42.05 
 
 
322 aa  57.8  0.00000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00926304  hitchhiker  0.00889683 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0634  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  41.1 
 
 
304 aa  58.2  0.00000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4253  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  40.28 
 
 
313 aa  57.8  0.00000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.49464  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1529  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  35.23 
 
 
296 aa  57.8  0.00000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1848  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  47.89 
 
 
318 aa  57.8  0.00000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0149886  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2110  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  42.05 
 
 
322 aa  57.8  0.00000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0408813  normal  0.504179 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0017  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  43.24 
 
 
293 aa  57.4  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1794  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  46.48 
 
 
325 aa  57.4  0.00000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.448855  normal  0.0580758 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0014  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  38.16 
 
 
293 aa  57.4  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3572  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  40.58 
 
 
313 aa  57  0.00000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2361  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  42.05 
 
 
322 aa  56.6  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19980  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  39.08 
 
 
306 aa  56.6  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.181448  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2217  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  45.07 
 
 
318 aa  56.2  0.0000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.04222  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0462  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  40.54 
 
 
294 aa  56.6  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.528353  normal  0.120204 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1956  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  40.91 
 
 
322 aa  56.6  0.0000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2607  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  42.65 
 
 
332 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00078494  normal  0.780558 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1615  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  38.89 
 
 
313 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0748863  normal  0.0271548 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1897  secretion protein HlyD  40.85 
 
 
485 aa  55.8  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00218638  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0781  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  33.71 
 
 
382 aa  55.8  0.0000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.279912  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2041  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit III  41.43 
 
 
304 aa  55.8  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.112855  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1566  diheme cytochrome c  40 
 
 
324 aa  55.5  0.0000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0775  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  33.71 
 
 
374 aa  55.5  0.0000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0709529  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3819  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  38.89 
 
 
313 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.718495 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0936  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  32.93 
 
 
321 aa  55.1  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1988  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  43.66 
 
 
323 aa  55.1  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0201798  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2602  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  38.82 
 
 
308 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000191523  normal  0.411563 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1440  glucose sorbosone dehydrogenase  47.46 
 
 
530 aa  55.1  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00453751 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2217  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  40.91 
 
 
322 aa  54.7  0.0000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000127298  normal  0.441817 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0733  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  37.84 
 
 
293 aa  54.7  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.647452  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2167  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  40.91 
 
 
322 aa  54.7  0.0000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0262117  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2217  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  40.91 
 
 
322 aa  54.7  0.0000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.106993  normal  0.268308 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4490  hypothetical protein  40.91 
 
 
322 aa  54.7  0.0000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2204  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  40.91 
 
 
322 aa  54.7  0.0000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000397613  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3190  cytochrome c class I  39.25 
 
 
111 aa  53.9  0.0000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0814  glucose sorbosone dehydrogenase  35.71 
 
 
462 aa  54.3  0.0000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  decreased coverage  0.00498666  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2422  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  43.66 
 
 
325 aa  54.3  0.0000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000195931  hitchhiker  0.0000802746 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2001  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  39.13 
 
 
325 aa  53.9  0.0000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.659912  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3780  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit III  36.36 
 
 
318 aa  53.9  0.0000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44400  putative cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  36.36 
 
 
318 aa  53.9  0.0000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2776  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  38.54 
 
 
310 aa  53.9  0.0000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000169467 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3576  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  36.05 
 
 
326 aa  53.5  0.0000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2013  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  42.25 
 
 
324 aa  53.5  0.0000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00187341  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4258  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  37.68 
 
 
325 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.816603 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2486  cytochrome c class I  40 
 
 
266 aa  53.5  0.000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.148102 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2038  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  41.43 
 
 
304 aa  53.5  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0645844  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2253  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  37.5 
 
 
298 aa  53.1  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.168664  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1879  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  39.71 
 
 
300 aa  53.1  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06730  putative c-type cytochrome precursor  34.44 
 
 
119 aa  53.5  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1610  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  37.68 
 
 
325 aa  53.5  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00269268  hitchhiker  0.0066634 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003470  cytochrome c oxidase subunit CcoP  37.68 
 
 
324 aa  52.8  0.000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.204703  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02300  hypothetical protein  34.83 
 
 
324 aa  52.4  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3823  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  37.68 
 
 
325 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.85561  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1747  cytochrome c, class I  37.97 
 
 
372 aa  52.4  0.000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.0188659 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0012  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  41.67 
 
 
293 aa  52.8  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4302  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  34.74 
 
 
305 aa  52.4  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0300725  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1140  cytochrome c, mono- and diheme variant  34.62 
 
 
269 aa  52.4  0.000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.000421025  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1787  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  33.72 
 
 
296 aa  52.4  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.832372  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5923  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  35.87 
 
 
293 aa  52.4  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.123388  normal  0.389873 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2346  cytochrome c class I  40 
 
 
187 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5245  cytochrome c class I  36.92 
 
 
197 aa  51.6  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.330524  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0618  putative c-type cytochrome precursor  33.33 
 
 
119 aa  51.6  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1167  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  40.85 
 
 
304 aa  52  0.000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1583  cytochrome c class I  41.38 
 
 
152 aa  51.2  0.000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.889837  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1003  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  40.24 
 
 
304 aa  51.6  0.000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2214  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  42.25 
 
 
322 aa  51.6  0.000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1798  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  37.97 
 
 
292 aa  51.6  0.000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0693  Cbb3-type cytochrome c oxidase CcoP subunit  38.89 
 
 
290 aa  50.8  0.000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2992  cytochrome c class I  40 
 
 
187 aa  51.2  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.169382  normal  0.0463014 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0632  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  38.03 
 
 
311 aa  51.2  0.000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1087  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  43.66 
 
 
304 aa  51.2  0.000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.497321  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1877  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  39.47 
 
 
325 aa  51.2  0.000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.020094  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1673  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  41.67 
 
 
307 aa  50.8  0.000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.528501  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2348  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  38.89 
 
 
290 aa  50.8  0.000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.765339  normal  0.386471 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1820  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  36.23 
 
 
327 aa  50.4  0.000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.700431  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3005  cytochrome c class I  47.06 
 
 
110 aa  50.1  0.000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000505825  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0339  Hydroxylamine reductase  31.07 
 
 
548 aa  49.7  0.00001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.0000000000373839  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1963  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  37.8 
 
 
299 aa  50.1  0.00001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1200  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  40 
 
 
307 aa  49.7  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.944048  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3178  putative cytochrome c  38.46 
 
 
103 aa  49.7  0.00001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.733909  normal  0.809001 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1526  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  42.25 
 
 
311 aa  50.1  0.00001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1050  cytochrome c oxidase, subunit CcoP  34.25 
 
 
326 aa  50.1  0.00001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.26248  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5291  cytochrome c-551  31.43 
 
 
107 aa  48.9  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2778  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  40.85 
 
 
305 aa  49.3  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.452004  normal  0.247491 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>