41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3178 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3178  putative cytochrome c  100 
 
 		 103 aa  203  6e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.733909  normal  0.809001 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2489  cytochrome c (c55X)  63.51 
 
 		 103 aa  92  3e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.607101 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3271  hypothetical protein  48.57 
 
 		 110 aa  85.5  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3124  cytochrome c, mono- and diheme variants  44.76 
 
 		 121 aa  84  7e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.412627  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1716  hypothetical protein  53.09 
 
 		 114 aa  82.4  0.000000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1443  hypothetical protein  56.94 
 
 		 109 aa  82.4  0.000000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1911  hypothetical protein  51.85 
 
 		 114 aa  82  0.000000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.859056  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2614  hypothetical protein  48.84 
 
 		 139 aa  81.3  0.000000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.537147  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0076  hypothetical protein  52.63 
 
 		 98 aa  81.3  0.000000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.518394 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4222  c-type cytochrome c55x  55.56 
 
 		 123 aa  79.7  0.00000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5012  c-type cytochrome precursor  47.5 
 
 		 109 aa  75.5  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.375656  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2079  hypothetical protein  52.78 
 
 		 129 aa  75.9  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.236411  normal  0.167695 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06730  putative c-type cytochrome precursor  46.46 
 
 		 119 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0618  putative c-type cytochrome precursor  46.46 
 
 		 119 aa  73.9  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3132  hydroxylamine reductase  32.35 
 
 		 504 aa  58.9  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4229  heme-binding protein NirN  31.73 
 
 		 542 aa  56.2  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1985  nitrite reductase NirS  33.33 
 
 		 546 aa  53.9  0.0000008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.0000493691  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3029  cytochrome d1 heme subunit  34.72 
 
 		 527 aa  50.4  0.000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.612791  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1903  hypothetical protein  38.46 
 
 		 110 aa  49.7  0.00001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.172183  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3190  cytochrome c class I  29.81 
 
 		 111 aa  47.8  0.00005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06650  putative c-type cytochrome  46 
 
 		 493 aa  45.4  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0252622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0610  putative c-type cytochrome  38.57 
 
 		 493 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.221994  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1897  secretion protein HlyD  33.85 
 
 		 485 aa  45.1  0.0003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00218638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1710  cytochrome d1 heme region  34.69 
 
 		 566 aa  44.7  0.0004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.111193  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1905  cytochrome d1, heme region  34.69 
 
 		 542 aa  44.7  0.0005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.275872  normal  0.619697 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3169  cytochrome d1, heme region  38.98 
 
 		 493 aa  44.7  0.0005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1140  cytochrome c, mono- and diheme variant  25.32 
 
 		 269 aa  43.1  0.001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.000421025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3172  nitrite reductase protein N  35.29 
 
 		 517 aa  42.4  0.002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.854794 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3043  cytochrome c class I  32.35 
 
 		 163 aa  42.7  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2821  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  33.75 
 
 		 303 aa  42.4  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.106321  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0340  cytochrome d1 heme region  35.59 
 
 		 557 aa  42.4  0.002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000596399  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0462  Hydroxylamine reductase  30.38 
 
 		 553 aa  42.7  0.002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000301578  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4137  cytochrome c class I  34.62 
 
 		 320 aa  42.4  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1234  cytochrome c class I  30.53 
 
 		 163 aa  42  0.003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.5253  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5018  nitrite reductase (NO-forming)  31.58 
 
 		 503 aa  42  0.003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1450  cytochrome d1 heme region  34.33 
 
 		 525 aa  42  0.003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.593871 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4441  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  32.97 
 
 		 425 aa  41.6  0.004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3260  cytochrome d1, heme region  30.16 
 
 		 528 aa  41.6  0.004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3331  cytochrome d1, heme region  30.16 
 
 		 519 aa  40.8  0.007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0652  Nitrite reductase (NO-forming)  30.49 
 
 		 565 aa  40.8  0.007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4079  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  30.77 
 
 		 196 aa  40  0.01  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.254828  normal  0.612683 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>