More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1897 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1897  secretion protein HlyD  100 
 
 		 485 aa  1008    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00218638  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3392  glucose sorbosone dehydrogenase  42.74 
 
 		 476 aa  390  1e-107  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.428431  normal  0.278741 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0814  glucose sorbosone dehydrogenase  42.79 
 
 		 462 aa  368  1e-100  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  decreased coverage  0.00498666  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2895  glucose sorbosone dehydrogenase  37.53 
 
 		 466 aa  331  2e-89  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.997213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1440  glucose sorbosone dehydrogenase  39.34 
 
 		 530 aa  328  1.0000000000000001e-88  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00453751 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4807  glucose sorbosone dehydrogenase  42.69 
 
 		 392 aa  288  1e-76  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.916412  normal  0.104055 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1304  hypothetical protein  43.18 
 
 		 405 aa  287  2.9999999999999996e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.683581  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12328  hypothetical protein  40.54 
 
 		 392 aa  284  2.0000000000000002e-75  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1142  glucose sorbosone dehydrogenase  39.17 
 
 		 382 aa  273  4.0000000000000004e-72  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.320436  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1707  glucose sorbosone dehydrogenase  43.07 
 
 		 388 aa  267  2.9999999999999995e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.416986  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2369  hypothetical protein  41.34 
 
 		 384 aa  264  3e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.265208  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1294  glucose sorbosone dehydrogenase  40.7 
 
 		 391 aa  262  1e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.298447  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3928  glucose sorbosone dehydrogenase  44.75 
 
 		 387 aa  261  1e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2984  glucose sorbosone dehydrogenase  40.49 
 
 		 400 aa  260  4e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2982  hypothetical protein  41.77 
 
 		 382 aa  259  5.0000000000000005e-68  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.548293  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0417  glucose sorbosone dehydrogenase  40.76 
 
 		 376 aa  259  9e-68  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000311026  hitchhiker  0.00936904 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2857  glucose sorbosone dehydrogenase  40.83 
 
 		 406 aa  258  1e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1520  glucose sorbosone dehydrogenase  40.56 
 
 		 400 aa  258  2e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0233321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1100  glucose sorbosone dehydrogenase  43.47 
 
 		 383 aa  257  3e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2839  glucose sorbosone dehydrogenase  40.5 
 
 		 397 aa  256  6e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3156  glucose sorbosone dehydrogenase  38.41 
 
 		 376 aa  253  4.0000000000000004e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4125  glucose sorbosone dehydrogenase  42.4 
 
 		 388 aa  252  1e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.285901  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2740  glucose sorbosone dehydrogenase  43.9 
 
 		 399 aa  250  3e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1608  hypothetical protein  40.16 
 
 		 387 aa  247  3e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.931098  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0760  glucose sorbosone dehydrogenase  40.86 
 
 		 387 aa  247  3e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0733756  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3771  hypothetical protein  39.46 
 
 		 387 aa  246  9e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.185303 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1822  glucose sorbosone dehydrogenase  40.46 
 
 		 383 aa  245  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.221224  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2193  glucose sorbosone dehydrogenase  36.46 
 
 		 375 aa  244  3e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.104643  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1678  glucose sorbosone dehydrogenase  42.3 
 
 		 388 aa  243  5e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0214207  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2236  glucose sorbosone dehydrogenase  41.87 
 
 		 396 aa  243  7.999999999999999e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.060795  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2198  glucose sorbosone dehydrogenase  39.89 
 
 		 381 aa  242  9e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1945  glucose sorbosone dehydrogenase  43.23 
 
 		 388 aa  241  2.9999999999999997e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.404392  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0439  glucose sorbosone dehydrogenase  35.52 
 
 		 375 aa  240  5e-62  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.369001 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3539  glucose sorbosone dehydrogenase  39.6 
 
 		 381 aa  240  5e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4812  glucose sorbosone dehydrogenase  40.06 
 
 		 387 aa  238  1e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3593  glucose sorbosone dehydrogenase  38.42 
 
 		 395 aa  235  1.0000000000000001e-60  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2262  glucose dehydrogenase  36.22 
 
 		 384 aa  236  1.0000000000000001e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3000  glucose sorbosone dehydrogenase  39.23 
 
 		 380 aa  235  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0518762  normal  0.592053 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2516  glucose sorbosone dehydrogenase  37.13 
 
 		 374 aa  234  3e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.461301  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0825  glucose sorbosone dehydrogenase  41.62 
 
 		 405 aa  234  4.0000000000000004e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4259  soluble aldose sugar dehydrogenase YliI (Asd)  39.77 
 
 		 383 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16890  hypothetical protein  38 
 
 		 378 aa  232  9e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2602  glucose sorbosone dehydrogenase  38.33 
 
 		 418 aa  232  1e-59  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.436161  normal  0.21704 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3426  glucose sorbosone dehydrogenase  39.14 
 
 		 382 aa  232  1e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2740  glucose sorbosone dehydrogenase  38.17 
 
 		 379 aa  232  1e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2521  glucose sorbosone dehydrogenase  37.87 
 
 		 395 aa  232  1e-59  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.21854  normal  0.577738 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2615  hypothetical protein  40.66 
 
 		 381 aa  231  2e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.606604 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4458  glucose sorbosone dehydrogenase  36.34 
 
 		 430 aa  231  2e-59  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2262  glucose sorbosone dehydrogenase  37.33 
 
 		 386 aa  229  8e-59  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.561856  normal  0.0609661 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1160  glucose sorbosone dehydrogenase  36.17 
 
 		 377 aa  228  1e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1511  glucose sorbosone dehydrogenase  37.76 
 
 		 374 aa  228  2e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50010  putative dehydrogenase  39.48 
 
 		 382 aa  228  2e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0339518 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1796  glucose sorbosone dehydrogenase  38.29 
 
 		 392 aa  227  4e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.10437  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1315  glucose sorbosone dehydrogenase  38.75 
 
 		 374 aa  226  6e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.986351 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2401  glucose sorbosone dehydrogenase  39.39 
 
 		 374 aa  226  9e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.78026  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1271  glucose sorbosone dehydrogenase  35.9 
 
 		 368 aa  224  4e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0137  glucose sorbosone dehydrogenase  35.94 
 
 		 386 aa  223  4e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3189  glucose sorbosone dehydrogenase  38.78 
 
 		 381 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0411882 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0989  glucose sorbosone dehydrogenase  36.7 
 
 		 382 aa  223  6e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1328  glucose sorbosone dehydrogenase  38.66 
 
 		 372 aa  222  9.999999999999999e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.698414 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1788  glucose sorbosone dehydrogenase  36.66 
 
 		 391 aa  222  9.999999999999999e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0330731 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4905  glucose sorbosone dehydrogenase  38.92 
 
 		 428 aa  222  9.999999999999999e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.562045  normal  0.994161 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3219  glucose sorbosone dehydrogenase  38.46 
 
 		 359 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2167  glucose sorbosone dehydrogenase  38.92 
 
 		 360 aa  221  1.9999999999999999e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2315  glucose/sorbosone dehydrogenase  37.5 
 
 		 412 aa  221  1.9999999999999999e-56  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.702038 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4441  glucose sorbosone dehydrogenase  38.64 
 
 		 428 aa  221  3e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.672706 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4955  glucose sorbosone dehydrogenase  38.36 
 
 		 432 aa  220  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.166983 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5339  glucose sorbosone dehydrogenase  39.16 
 
 		 413 aa  219  6e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.384177  normal  0.194322 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0865  glucose / sorbosone dehydrogenase protein  38.86 
 
 		 371 aa  219  7.999999999999999e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1186  glucose sorbosone dehydrogenase  36.31 
 
 		 382 aa  219  8.999999999999998e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2805  glucose sorbosone dehydrogenase  38.86 
 
 		 371 aa  218  1e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2805  glucose sorbosone dehydrogenase  38.86 
 
 		 371 aa  218  1e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00804  predicted dehydrogenase  38.86 
 
 		 371 aa  218  2e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2737  glucose sorbosone dehydrogenase  33.17 
 
 		 415 aa  218  2e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.417309 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0991  glucose / sorbosone dehydrogenase protein  38.86 
 
 		 371 aa  218  2e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.657976 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00821  hypothetical protein  38.86 
 
 		 371 aa  218  2e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4315  glucose sorbosone dehydrogenase  37.72 
 
 		 406 aa  218  2e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.748634 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05411  glucose dehydrogenase-B  39.69 
 
 		 358 aa  217  2.9999999999999998e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0465  glucose sorbosone dehydrogenase  34.93 
 
 		 366 aa  217  4e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2507  glucose / sorbosone dehydrogenase protein  38.55 
 
 		 371 aa  217  5e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.496462  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0909  aldose sugar dehydrogenase yliI  38.55 
 
 		 371 aa  217  5e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3369  glucose sorbosone dehydrogenase  36.36 
 
 		 370 aa  216  5.9999999999999996e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2552  glucose sorbosone dehydrogenase  38.42 
 
 		 378 aa  215  9.999999999999999e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0897  soluble aldose sugar dehydrogenase yliI  38.37 
 
 		 373 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3307  glucose sorbosone dehydrogenase  37.35 
 
 		 408 aa  214  2.9999999999999995e-54  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3844  glucose sorbosone dehydrogenase  38.91 
 
 		 407 aa  214  2.9999999999999995e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00578  Glucose dehydrogenase, putative  37.92 
 
 		 389 aa  213  3.9999999999999995e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2109  glucose sorbosone dehydrogenase  39.82 
 
 		 378 aa  213  4.9999999999999996e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.539395  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6303  glucose sorbosone dehydrogenase  36.59 
 
 		 377 aa  212  1e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2342  glucose sorbosone dehydrogenase  37.78 
 
 		 402 aa  211  3e-53  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  decreased coverage  0.00995217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1774  glucose sorbosone dehydrogenase  37.68 
 
 		 402 aa  210  4e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.490744  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2476  glucose sorbosone dehydrogenase  37.65 
 
 		 394 aa  210  4e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.534661  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2753  glucose/sorbosone dehydrogenase  38.15 
 
 		 391 aa  210  5e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2710  glucose sorbosone dehydrogenase  38.27 
 
 		 394 aa  209  7e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2829  glucose sorbosone dehydrogenase  36.06 
 
 		 397 aa  209  9e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2666  glucose sorbosone dehydrogenase  36.18 
 
 		 395 aa  209  1e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0349598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001471  pQQ-dependent oxidoreductase gdhB family  38.65 
 
 		 358 aa  207  4e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1791  hypothetical protein  35.11 
 
 		 411 aa  206  6e-52  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00386684 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1913  glucose sorbosone dehydrogenase  36.31 
 
 		 369 aa  206  6e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1774  putative glucose dehydrogenase B  36 
 
 		 392 aa  206  8e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.212256  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>