More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0553 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_0566  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  97.73 
 
 
440 aa  873    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.1336e-23 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0553  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  100 
 
 
440 aa  894    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000264933  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0661  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  70.9 
 
 
438 aa  646    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0588271  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3259  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  67.98 
 
 
434 aa  618  1e-176  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0331239  hitchhiker  0.000000000000235665 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3307  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  66.98 
 
 
438 aa  603  1.0000000000000001e-171  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0107405  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0519  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  61.65 
 
 
445 aa  533  1e-150  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0227641  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3252  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  53.83 
 
 
429 aa  440  9.999999999999999e-123  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000291491  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0202  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  51.94 
 
 
428 aa  428  1e-119  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000325703  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2880  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  36.36 
 
 
418 aa  258  1e-67  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.164097  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0380  histidyl-tRNA synthetase 2  34.69 
 
 
419 aa  241  1e-62  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0749  histidyl-tRNA synthetase 2  35.08 
 
 
389 aa  228  2e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02180  histidyl-tRNA synthetase  36.52 
 
 
418 aa  227  3e-58  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000127032  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2002  Histidine--tRNA ligase  32.47 
 
 
409 aa  227  3e-58  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1502  Histidine--tRNA ligase  34.06 
 
 
415 aa  226  8e-58  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2359  histidine--tRNA ligase  39.22 
 
 
401 aa  224  3e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4470  histidyl-tRNA synthetase 2  37.25 
 
 
449 aa  222  9.999999999999999e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0999  histidine--tRNA ligase  34.3 
 
 
380 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.357666  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1770  histidine--tRNA ligase  32.16 
 
 
387 aa  216  5e-55  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0828194  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2037  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  36.84 
 
 
389 aa  216  9e-55  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0527  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  36.19 
 
 
395 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.558326  normal  0.282871 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4681  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  38.24 
 
 
395 aa  200  5e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4938  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit, putative  38.56 
 
 
395 aa  199  9e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07590  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  35.73 
 
 
395 aa  198  1.0000000000000001e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1489  Histidine--tRNA ligase  32.96 
 
 
383 aa  198  1.0000000000000001e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00266166  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4942  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  37.93 
 
 
395 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0052087 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4890  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  38.24 
 
 
395 aa  197  3e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.625991  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4766  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  38.24 
 
 
395 aa  197  3e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65250  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  36.99 
 
 
394 aa  197  5.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0576  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  38.24 
 
 
395 aa  196  6e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5668  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  36.88 
 
 
394 aa  196  6e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0863885  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0862  histidyl-tRNA synthetase  30.88 
 
 
418 aa  195  1e-48  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.393397  hitchhiker  0.0052458 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1794  histidyl-tRNA synthetase  30.22 
 
 
418 aa  195  2e-48  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0640  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  37.3 
 
 
395 aa  194  2e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00226727 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0924  histidyl-tRNA synthetase  28.4 
 
 
418 aa  192  7e-48  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3452  histidyl-tRNA synthetase  28.78 
 
 
409 aa  190  4e-47  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.192864 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2787  histidine--tRNA ligase  30.36 
 
 
418 aa  189  7e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1055  histidyl-tRNA synthetase  30.15 
 
 
418 aa  189  9e-47  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0902  histidyl-tRNA synthetase 2  32.49 
 
 
395 aa  189  1e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.188473  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1524  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  29.72 
 
 
420 aa  187  4e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1288  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  29.66 
 
 
420 aa  186  5e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1563  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  29.4 
 
 
420 aa  186  5e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1289  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  29.4 
 
 
420 aa  185  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3887  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  29.13 
 
 
420 aa  185  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1315  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  29.4 
 
 
420 aa  185  2.0000000000000003e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1495  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  29.46 
 
 
420 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1457  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  29.13 
 
 
420 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1424  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  29.4 
 
 
420 aa  185  2.0000000000000003e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0577  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  31.98 
 
 
401 aa  184  2.0000000000000003e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000998206 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1281  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34.54 
 
 
393 aa  183  5.0000000000000004e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.679748  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1986  histidyl-tRNA synthetase  31.35 
 
 
434 aa  182  1e-44  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2586  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.54 
 
 
397 aa  182  1e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.368474  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1522  histidyl-tRNA synthetase  29.67 
 
 
432 aa  182  1e-44  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.221368  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1326  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  30.08 
 
 
420 aa  181  2e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2627  tRNA synthetase class II (G H P and S)  32.82 
 
 
392 aa  179  7e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  unclonable  0.00000000000799306 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0606  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  36.56 
 
 
321 aa  179  1e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.400178 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2765  tRNA synthetase, class II (G, H, P and S)  33.64 
 
 
393 aa  177  4e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.466804  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0030  histidyl-tRNA synthetase  27.78 
 
 
418 aa  176  7e-43  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.289573  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1563  tRNA synthetase class II (G H P and S)  31.41 
 
 
400 aa  176  8e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000171199 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1888  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  31.41 
 
 
400 aa  176  8e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2662  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit, putative  32.18 
 
 
394 aa  174  1.9999999999999998e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0661  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  31.23 
 
 
392 aa  170  4e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3489  histidyl-tRNA synthetase  31.42 
 
 
434 aa  169  8e-41  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2348  histidyl-tRNA synthetase  28.17 
 
 
377 aa  169  1e-40  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.901013  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2692  histidyl-tRNA synthetase 2  34.58 
 
 
349 aa  169  1e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2599  Histidine--tRNA ligase  35.87 
 
 
349 aa  167  2e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0456239  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1264  histidyl-tRNA synthetase  35.87 
 
 
349 aa  168  2e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0508371  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15290  ATP phosphoribosyltransferase  32.83 
 
 
538 aa  167  2.9999999999999998e-40  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0483798 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2505  histidine--tRNA ligase  33.44 
 
 
343 aa  167  2.9999999999999998e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000404758 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1940  tRNA synthetase class II (G H P and S)  32.84 
 
 
394 aa  164  4.0000000000000004e-39  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1302  histidyl-tRNA synthetase  27.4 
 
 
436 aa  163  6e-39  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.194766  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3533  histidyl-tRNA synthetase 2  34.06 
 
 
346 aa  163  7e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.217945  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1605  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.64 
 
 
383 aa  162  7e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.344405  normal  0.350031 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0933  histidyl-tRNA synthetase  29.17 
 
 
470 aa  162  7e-39  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.638014  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0528  histidyl-tRNA synthetase  30.88 
 
 
421 aa  162  9e-39  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1078  ATP phosphoribosyltransferase  36.42 
 
 
554 aa  161  2e-38  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00640346  hitchhiker  0.0000000000210065 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1161  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34.18 
 
 
387 aa  159  8e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.365246 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1979  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  36.49 
 
 
406 aa  159  1e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.495499  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0658  histidyl-tRNA synthetase  29.57 
 
 
419 aa  159  1e-37  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2531  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.03 
 
 
383 aa  159  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.020462  hitchhiker  0.00000966794 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1100  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.24 
 
 
413 aa  158  1e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1621  histidyl-tRNA synthetase  28.1 
 
 
421 aa  158  2e-37  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2077  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  32.8 
 
 
383 aa  158  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5103  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34.29 
 
 
382 aa  158  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.480937  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1410  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.94 
 
 
383 aa  158  2e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.526629  hitchhiker  0.00000255449 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1069  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.86 
 
 
387 aa  157  3e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0659  histidyl-tRNA synthetase  30.85 
 
 
431 aa  157  5.0000000000000005e-37  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1584  tRNA synthetase, class II (G, H, P and S)  31.2 
 
 
387 aa  157  5.0000000000000005e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.495225  unclonable  0.000000222283 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3158  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  29.78 
 
 
394 aa  156  5.0000000000000005e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1225  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.65 
 
 
386 aa  156  6e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00306433  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1826  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34.29 
 
 
382 aa  155  9e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.551052 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6277  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34.29 
 
 
382 aa  155  9e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.621674  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1802  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34.29 
 
 
382 aa  155  9e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.184149  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4574  histidyl-tRNA synthetase  31.28 
 
 
457 aa  155  1e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.819707  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1093  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  31.4 
 
 
389 aa  155  1e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0658  histidyl-tRNA synthetase  29.29 
 
 
427 aa  154  2.9999999999999998e-36  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.269942  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2834  histidyl-tRNA synthetase 2  31.15 
 
 
368 aa  153  5e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.562988 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0442  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  31.17 
 
 
393 aa  153  5e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2244  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  31.59 
 
 
382 aa  153  7e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.682852  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0646  histidyl-tRNA synthetase  28.3 
 
 
417 aa  152  8e-36  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.234157  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0121  histidyl-tRNA synthetase  31.07 
 
 
454 aa  152  1e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>