More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0340 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_6475  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  72.98 
 
 
466 aa  644    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0920236 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0340  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
463 aa  917    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3183  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.33 
 
 
466 aa  394  1e-108  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.679895  normal  0.0141006 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5865  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.89 
 
 
463 aa  386  1e-106  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.4469  normal  0.493066 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2581  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.55 
 
 
463 aa  383  1e-105  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.122671  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2451  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.33 
 
 
463 aa  379  1e-104  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000018113 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0819  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.34 
 
 
483 aa  380  1e-104  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.108175 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3241  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.67 
 
 
477 aa  376  1e-103  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0834  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.77 
 
 
479 aa  374  1e-102  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.302338  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0782  putative CoA transferase family protein  47.65 
 
 
463 aa  374  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2557  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.21 
 
 
463 aa  374  1e-102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00106454 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0762  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.77 
 
 
463 aa  369  1e-101  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.554982  normal  0.0223549 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1904  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.3 
 
 
498 aa  371  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3565  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48 
 
 
465 aa  369  1e-101  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.853167  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3367  hypothetical protein  48.91 
 
 
482 aa  365  1e-100  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2533  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.76 
 
 
463 aa  365  1e-100  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0437802  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0551  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.87 
 
 
464 aa  368  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0649535 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3562  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.21 
 
 
465 aa  362  8e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.409097 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0993  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.15 
 
 
458 aa  359  7e-98  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.566125  normal  0.236668 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2009  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.68 
 
 
465 aa  354  2e-96  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.408823  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1921  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.79 
 
 
480 aa  327  3e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3260  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.59 
 
 
464 aa  287  2.9999999999999996e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.58458  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1688  CAIB/BAIF family CoA transferase  43.4 
 
 
472 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1105  CAIB/BAIF family CoA transferase  43.75 
 
 
472 aa  282  7.000000000000001e-75  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.287357  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0320  CAIB/BAIF family CoA transferase  43.75 
 
 
472 aa  282  7.000000000000001e-75  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1273  CAIB/BAIF family CoA transferase  43.75 
 
 
472 aa  282  7.000000000000001e-75  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0257  CAIB/BAIF family CoA transferase  43.75 
 
 
472 aa  282  8.000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0104  CAIB/BAIF family CoA transferase  43.18 
 
 
472 aa  282  8.000000000000001e-75  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1776  CAIB/BAIF family CoA transferase  43.75 
 
 
472 aa  282  8.000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8350  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.47 
 
 
465 aa  268  1e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1154  CAIB/BAIF family CoA transferase  41.02 
 
 
472 aa  265  2e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4907  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.39 
 
 
469 aa  263  4.999999999999999e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.999323  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3047  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.56 
 
 
462 aa  242  1e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4383  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.03 
 
 
448 aa  241  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0487302 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4866  CoA transferase  42.31 
 
 
482 aa  241  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.341254  normal  0.621208 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1149  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.37 
 
 
477 aa  239  9e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0744033  normal  0.374556 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3686  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.54 
 
 
451 aa  228  1e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.355974  normal  0.187253 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36470  predicted acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  41.14 
 
 
469 aa  218  1e-55  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.539398  normal  0.557708 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3247  hypothetical protein  41.42 
 
 
463 aa  205  1e-51  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.175754  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0034  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.47 
 
 
487 aa  203  5e-51  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0544  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.37 
 
 
448 aa  203  6e-51  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3954  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.8 
 
 
478 aa  197  3e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.104533 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2634  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.56 
 
 
528 aa  187  2e-46  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25580  predicted acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  37.78 
 
 
416 aa  184  2.0000000000000003e-45  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06798  conserved hypothetical protein  28.37 
 
 
539 aa  131  3e-29  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0320103 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07237  conserved hypothetical protein  33.96 
 
 
584 aa  130  4.0000000000000003e-29  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.74024 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_86521  predicted protein  25.51 
 
 
549 aa  130  7.000000000000001e-29  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03895  CAIB/BAIF family enzyme (AFU_orthologue; AFUA_1G05360)  34.47 
 
 
570 aa  128  2.0000000000000002e-28  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.0000514991  normal  0.831278 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2223  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  29.65 
 
 
462 aa  123  6e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5362  putative CoA-transferase  33.83 
 
 
403 aa  107  4e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.360586  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3480  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.38 
 
 
406 aa  107  4e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3486  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.26 
 
 
420 aa  103  8e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.290572 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1135  Formyl-CoA transferase  34.33 
 
 
424 aa  102  1e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.923521  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4224  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.85 
 
 
384 aa  102  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0326799  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2971  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.34 
 
 
419 aa  102  1e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315436  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3863  Formyl-CoA transferase  34.29 
 
 
426 aa  102  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.859373  normal  0.485093 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1038  Alpha-methylacyl-CoA racemase  30.88 
 
 
413 aa  102  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000337447  normal  0.997405 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5895  Formyl-CoA transferase  34.65 
 
 
406 aa  101  3e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.191567  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2342  Alpha-methylacyl-CoA racemase  38.5 
 
 
391 aa  101  3e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.359975  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6404  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.65 
 
 
407 aa  101  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.450101 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5531  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.65 
 
 
406 aa  101  3e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1622  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38 
 
 
391 aa  100  4e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.295347  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2058  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.49 
 
 
413 aa  100  4e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3751  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.03 
 
 
388 aa  101  4e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0062  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.23 
 
 
402 aa  100  5e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3504  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.81 
 
 
399 aa  100  5e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.607597  normal  0.100409 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.16 
 
 
418 aa  100  6e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0058  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.53 
 
 
398 aa  100  6e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3421  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.41 
 
 
416 aa  100  8e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1552  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.6 
 
 
391 aa  100  8e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2969  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.97 
 
 
393 aa  99.8  1e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0453018  normal  0.0946955 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2379  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.37 
 
 
409 aa  99.4  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5761  putative Formyl-coenzyme A transferase (Formyl-CoA transferase  32.44 
 
 
422 aa  98.2  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.863224  normal  0.4759 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3999  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.33 
 
 
397 aa  99  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1195  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.82 
 
 
389 aa  98.2  2e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0077  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.34 
 
 
409 aa  97.8  3e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3771  Formyl-CoA transferase  31.22 
 
 
395 aa  98.2  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.531066  normal  0.292423 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4191  hypothetical protein  36.24 
 
 
393 aa  97.8  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.353514  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4272  Formyl-CoA transferase  31.68 
 
 
393 aa  98.2  3e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.329604  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6417  Formyl-CoA transferase  30.65 
 
 
418 aa  98.2  3e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.478883  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.85 
 
 
395 aa  97.1  6e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2037  Alpha-methylacyl-CoA racemase  31.34 
 
 
350 aa  97.1  6e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.180097  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0818  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.48 
 
 
409 aa  97.1  6e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4784  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.42 
 
 
404 aa  97.1  6e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.873877  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1080  Formyl-CoA transferase  29.44 
 
 
419 aa  97.1  6e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.982565  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4160  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.33 
 
 
407 aa  96.3  9e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6415  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.19 
 
 
394 aa  96.7  9e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.835321 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1831  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.96 
 
 
414 aa  96.3  1e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.00867179  normal  0.544825 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1527  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37 
 
 
391 aa  95.9  1e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3162  Citryl-CoA lyase  36.32 
 
 
395 aa  95.9  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.33357  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5037  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.34 
 
 
398 aa  95.9  1e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0265  Alpha-methylacyl-CoA racemase  31.75 
 
 
408 aa  95.9  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.125421  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1038  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.28 
 
 
394 aa  95.9  1e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6531  Formyl-CoA transferase  33.17 
 
 
407 aa  95.9  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.276106  normal  0.830415 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0880  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.8 
 
 
392 aa  95.5  2e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4420  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.2 
 
 
369 aa  95.5  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6841  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.17 
 
 
417 aa  95.5  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3487  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.19 
 
 
389 aa  95.1  2e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0839  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.92 
 
 
402 aa  95.5  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00466449  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1713  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.65 
 
 
402 aa  95.1  2e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>