More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_0256 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_0256  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
583 aa  1204    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0139167 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1253  AMP-dependent synthetase and ligase  57.42 
 
 
585 aa  682    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1611  AMP-dependent synthetase and ligase  61.59 
 
 
584 aa  734    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.187495  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1725  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  75 
 
 
585 aa  886    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00134138  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1626  AMP-dependent synthetase and ligase  78.25 
 
 
573 aa  938    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1756  AMP-dependent synthetase and ligase  63.41 
 
 
564 aa  744    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.598576 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0108  AMP-dependent synthetase and ligase  49.28 
 
 
569 aa  557  1e-157  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.824706  normal  0.320607 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4634  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.12 
 
 
582 aa  553  1e-156  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.188142  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4261  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.94 
 
 
563 aa  550  1e-155  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4273  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.12 
 
 
563 aa  550  1e-155  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0601  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.85 
 
 
561 aa  548  1e-155  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4654  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.76 
 
 
561 aa  549  1e-155  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4653  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.76 
 
 
561 aa  548  1e-154  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4422  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.94 
 
 
563 aa  546  1e-154  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.841946  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.94 
 
 
563 aa  546  1e-154  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491645  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.4 
 
 
561 aa  547  1e-154  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.180837  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4638  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.94 
 
 
582 aa  546  1e-154  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  47.6 
 
 
559 aa  533  1e-150  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0495218 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3226  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.34 
 
 
561 aa  535  1e-150  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  48.01 
 
 
565 aa  526  1e-148  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0635723  normal  0.557335 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0827  AMP-dependent synthetase and ligase  46.49 
 
 
566 aa  518  1.0000000000000001e-145  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1592  AMP-dependent synthetase and ligase  47.2 
 
 
561 aa  511  1e-143  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185317  normal  0.745369 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2629  AMP-dependent synthetase and ligase  46.39 
 
 
557 aa  511  1e-143  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0494506  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  46.44 
 
 
549 aa  505  9.999999999999999e-143  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000318079  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2963  AMP-dependent synthetase and ligase  45.21 
 
 
551 aa  508  9.999999999999999e-143  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000191926  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3345  AMP-dependent synthetase and ligase  44.87 
 
 
577 aa  501  1e-140  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.305311  hitchhiker  0.00000703503 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1784  AMP-dependent synthetase and ligase  44.03 
 
 
590 aa  496  1e-139  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.682843  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2084  AMP-dependent synthetase and ligase  42.64 
 
 
591 aa  487  1e-136  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.557199 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3115  AMP-dependent synthetase and ligase  42.71 
 
 
584 aa  479  1e-134  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4351  AMP-dependent synthetase and ligase  43.41 
 
 
578 aa  478  1e-134  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  45.67 
 
 
539 aa  478  1e-133  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3455  AMP-dependent synthetase and ligase  42.52 
 
 
583 aa  468  9.999999999999999e-131  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3638  AMP-dependent synthetase and ligase  43.86 
 
 
543 aa  459  9.999999999999999e-129  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0228  AMP-dependent synthetase and ligase  41.73 
 
 
558 aa  445  1e-123  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4440  AMP-dependent synthetase and ligase  42.8 
 
 
549 aa  436  1e-121  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00251188 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2791  AMP-dependent synthetase and ligase  39.93 
 
 
575 aa  436  1e-121  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.444002 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1757  AMP-dependent synthetase and ligase  41.82 
 
 
554 aa  432  1e-120  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.384408  normal  0.62754 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0455  AMP-dependent synthetase and ligase  40.25 
 
 
579 aa  432  1e-120  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0889  AMP-dependent synthetase and ligase  42.11 
 
 
560 aa  432  1e-119  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0278278 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0839  AMP-dependent synthetase and ligase  39.89 
 
 
577 aa  429  1e-119  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1435  AMP-dependent synthetase and ligase  39.89 
 
 
577 aa  423  1e-117  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0654989  normal  0.0257553 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1312  AMP-dependent synthetase and ligase  40.15 
 
 
564 aa  414  1e-114  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.384847  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2616  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.35 
 
 
568 aa  411  1e-113  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1738  AMP-dependent synthetase and ligase  39.15 
 
 
549 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0121059  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1727  AMP-dependent synthetase and ligase  40 
 
 
551 aa  404  1e-111  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00049699  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0371  AMP-dependent synthetase and ligase  39.89 
 
 
544 aa  401  9.999999999999999e-111  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00566676  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  41.11 
 
 
521 aa  395  1e-109  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0337  AMP-dependent synthetase and ligase  37.54 
 
 
577 aa  395  1e-108  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.238028  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2588  AMP-dependent synthetase and ligase  39.4 
 
 
591 aa  389  1e-107  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.401336  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01775  acyl-CoA synthase  38.83 
 
 
561 aa  382  1e-105  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1838  AMP-dependent synthetase and ligase  38.83 
 
 
583 aa  382  1e-105  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0025116  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1893  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.83 
 
 
561 aa  382  1e-105  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2018  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.36 
 
 
561 aa  383  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.456222  normal  0.253755 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1961  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.36 
 
 
561 aa  383  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0286809  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2031  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.83 
 
 
561 aa  382  1e-105  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1383  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.83 
 
 
561 aa  382  1e-105  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0924473  normal  0.838722 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1828  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.83 
 
 
583 aa  382  1e-105  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.325094 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2065  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.83 
 
 
561 aa  382  1e-105  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01763  hypothetical protein  38.83 
 
 
561 aa  382  1e-105  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1958  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.36 
 
 
561 aa  383  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0509331  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2221  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.07 
 
 
562 aa  384  1e-105  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.202713 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1498  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.36 
 
 
561 aa  383  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0422042  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.77 
 
 
514 aa  382  1e-105  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2424  AMP-dependent synthetase and ligase  38.66 
 
 
567 aa  380  1e-104  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2532  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.83 
 
 
561 aa  381  1e-104  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0895322  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1314  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.18 
 
 
561 aa  381  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000394382  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3792  AMP-dependent synthetase and ligase  38.49 
 
 
571 aa  379  1e-104  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.104319 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2014  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.93 
 
 
562 aa  376  1e-103  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00000000277435  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2403  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.93 
 
 
577 aa  376  1e-103  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000565226  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2125  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.93 
 
 
562 aa  376  1e-103  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01137  acyl-CoA synthetase (long-chain-fatty-acid-CoA ligase), acyl-adenylate activating enzyme  38.81 
 
 
550 aa  379  1e-103  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00114592  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1733  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.39 
 
 
557 aa  376  1e-103  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.667013  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3583  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.3 
 
 
583 aa  377  1e-103  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1398  AMP-dependent synthetase and ligase  38.79 
 
 
564 aa  378  1e-103  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000129983 
 
 
-
 
NC_004310  BR0289  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.64 
 
 
554 aa  372  1e-102  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.883702  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3249  AMP-dependent synthetase and ligase  37.13 
 
 
572 aa  372  1e-102  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0843615 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1496  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.25 
 
 
562 aa  375  1e-102  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00382962  normal  0.913508 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2760  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.8 
 
 
573 aa  374  1e-102  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000411499  hitchhiker  0.00194378 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0559  AMP-dependent synthetase and ligase  38.94 
 
 
584 aa  373  1e-102  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.128568  normal  0.0101093 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1672  AMP-dependent synthetase and ligase  38.49 
 
 
601 aa  373  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.455088 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2375  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.43 
 
 
572 aa  374  1e-102  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1936  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.68 
 
 
572 aa  373  1e-102  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.451048  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2804  AMP-dependent synthetase and ligase  37.55 
 
 
552 aa  373  1e-102  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.456781  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2177  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.89 
 
 
557 aa  374  1e-102  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000145714  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2254  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.89 
 
 
557 aa  373  1e-102  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00142452  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2010  AMP-dependent synthetase and ligase  38.49 
 
 
569 aa  369  1e-101  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.982062  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0303  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.46 
 
 
581 aa  370  1e-101  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.993767  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2082  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.42 
 
 
562 aa  371  1e-101  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.126939  normal  0.0929922 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1825  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.66 
 
 
562 aa  370  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0156421  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.3 
 
 
510 aa  369  1e-101  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2778  putative long chain fatty-acid CoA ligase(long- chain acyl-CoA synthetase)  38.61 
 
 
604 aa  372  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.422591  normal  0.203216 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1625  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.86 
 
 
557 aa  372  1e-101  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000265085  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0735  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.92 
 
 
560 aa  371  1e-101  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.465816  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  38.94 
 
 
512 aa  369  1e-101  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21370  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.66 
 
 
562 aa  371  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2386  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.71 
 
 
557 aa  371  1e-101  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0150062  normal  0.524068 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2833  AMP-dependent synthetase and ligase  38.76 
 
 
568 aa  369  1e-100  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.97 
 
 
510 aa  367  1e-100  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1510  AMP-dependent synthetase and ligase  39.01 
 
 
584 aa  367  1e-100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.79948  hitchhiker  0.00072846 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1934  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.41 
 
 
558 aa  367  1e-100  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.015964  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>