57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_4102 on replicon NC_009958
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007490  RSP_7387  replication initiation protein RepC  82.63 
 
 		 403 aa  645    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0522109  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4102  replication initiation protein RepC  100 
 
 		 403 aa  826    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.95636  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4021  replication initiation protein RepC  58.31 
 
 		 411 aa  468  1.0000000000000001e-131  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0836066  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4279  replication initiation protein RepC  40.15 
 
 		 410 aa  266  5.999999999999999e-70  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0003  replication initiation protein RepC  40.72 
 
 		 410 aa  266  7e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.176403 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4519  replication initiation protein RepC  39.9 
 
 		 410 aa  259  5.0000000000000005e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.592  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6315  replication initiation protein RepC  40.9 
 
 		 435 aa  252  8.000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.829822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4709  replication initiation protein RepC  39.3 
 
 		 404 aa  252  8.000000000000001e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4585  replication initiation protein RepC  41.49 
 
 		 402 aa  251  1e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0342951  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5465  replication initiation protein RepC  38.76 
 
 		 434 aa  251  2e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.728994  normal  0.335762 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4573  replication initiation protein RepC  39.14 
 
 		 441 aa  249  5e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6499  replication initiation protein RepC  41.58 
 
 		 430 aa  249  6e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4454  replication initiation protein RepC  36.09 
 
 		 393 aa  249  8e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000305479  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5557  replication initiation protein RepC  39.4 
 
 		 434 aa  246  4e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.539065  normal  0.740514 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5617  replication initiation protein RepC  38.46 
 
 		 403 aa  246  4.9999999999999997e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0663849  normal  0.1269 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9003  replication initiation protein RepC  38.38 
 
 		 425 aa  246  6e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.854777  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4545  replication initiation protein RepC  39.55 
 
 		 401 aa  243  3.9999999999999997e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  unclonable  0.0000000970049  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5195  replication initiation protein RepC  38 
 
 		 434 aa  242  7.999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.479009  normal  0.106237 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4091  replication initiation protein RepC  39.65 
 
 		 437 aa  240  2.9999999999999997e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9503  replication initiation protein RepC  39.36 
 
 		 409 aa  239  5e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.812496  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8002  replication initiation protein RepC  37.59 
 
 		 414 aa  239  5.999999999999999e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6052  replication initiation protein RepC  38 
 
 		 434 aa  239  8e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9802  replication initiation protein RepC  38.46 
 
 		 404 aa  238  2e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4356  replication initiation protein RepC  38.93 
 
 		 436 aa  238  2e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4728  replication initiation protein RepC  39.42 
 
 		 404 aa  238  2e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0167719  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0001  replication initiation protein RepC  36.59 
 
 		 397 aa  237  3e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0000463229  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4534  replication initiation protein RepC  40.16 
 
 		 409 aa  237  3e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.171833  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4021  replication initiation protein RepC  41.31 
 
 		 433 aa  237  3e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5175  replication initiation protein RepC  40.11 
 
 		 402 aa  236  7e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.940689 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4192  replication initiation protein RepC  37.87 
 
 		 449 aa  236  7e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0575341  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0001  replication initiation protein RepC  36.59 
 
 		 397 aa  236  8e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  0.0000780198  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6015  replication initiation protein RepC  39.89 
 
 		 404 aa  233  3e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.241299  normal  0.0884238 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6492  replication initiation protein RepC  37.27 
 
 		 404 aa  231  2e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.578081  normal  0.568582 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7002  replication initiation protein RepC  37.3 
 
 		 404 aa  229  7e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4791  replication initiation protein RepC  35.38 
 
 		 423 aa  226  4e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0348646  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7170  replication initiation protein RepC  40.27 
 
 		 404 aa  223  7e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.611656 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4523  replication protein C  39.69 
 
 		 541 aa  220  3e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6164  replication initiation protein RepC  38.18 
 
 		 425 aa  219  7e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.194324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4673  replication initiation protein RepC  35.62 
 
 		 407 aa  216  5e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.795388  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5002  replication initiation protein RepC  39.38 
 
 		 405 aa  215  9.999999999999999e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3743  replication protein C  28.23 
 
 		 426 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3274  replication protein C  29.61 
 
 		 463 aa  102  8e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8700  replication protein C  28.61 
 
 		 381 aa  100  4e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3578  replication protein C  29.46 
 
 		 451 aa  99.4  1e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8201  replication protein C  26.56 
 
 		 420 aa  91.3  3e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5212  replication protein C  26.98 
 
 		 413 aa  88.6  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3307  replication protein C  27.69 
 
 		 463 aa  85.9  0.000000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3518  replication protein C  28.53 
 
 		 453 aa  84.3  0.000000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4352  replication protein C  25.13 
 
 		 510 aa  84  0.000000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3847  replication protein C  25.46 
 
 		 427 aa  79  0.0000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9901  replication protein C  26.98 
 
 		 426 aa  75.5  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5911  replication protein C  25.93 
 
 		 376 aa  74.7  0.000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.547338  normal  0.0252252 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4539  replication protein C  25.62 
 
 		 426 aa  74.7  0.000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_7390  transposase  26.17 
 
 		 405 aa  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5478  replication protein C  26.07 
 
 		 397 aa  62.8  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4381  hypothetical protein  26.1 
 
 		 410 aa  53.1  0.000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3896  replication protein C  27.09 
 
 		 420 aa  52.4  0.00001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.00360794  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>