More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2483 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_4951  UvrD/REP helicase  55.5 
 
 		 797 aa  845    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.120082  decreased coverage  0.0000000995546 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0595  UvrD/REP helicase  59.05 
 
 		 790 aa  874    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.77908 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0932  putative DNA helicase II  53.19 
 
 		 816 aa  851    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.156274  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2483  DNA helicase II  100 
 
 		 807 aa  1647    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0963  helicase II - UvrD/PcrA  49.61 
 
 		 638 aa  640    Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1084  UvrD/REP helicase  57.98 
 
 		 789 aa  835    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.305736 
 
 
-
 
NC_004310  BR1413  DNA helicase II  52.66 
 
 		 858 aa  834    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.338777  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1212  ATP-dependent DNA helicase UvrD  57.7 
 
 		 892 aa  852    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.771972  normal  0.554 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2563  UvrD/REP helicase  57.02 
 
 		 825 aa  867    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.309285  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4021  UvrD/REP helicase  55.34 
 
 		 848 aa  869    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2836  DNA helicase II  56.26 
 
 		 858 aa  860    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2360  UvrD/REP helicase  56.93 
 
 		 816 aa  873    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1764  UvrD/REP helicase  52.18 
 
 		 864 aa  831    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.790075  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2436  UvrD/REP helicase  58.95 
 
 		 778 aa  885    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0016628  normal  0.650689 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2092  ATP-dependent DNA helicase Rep  73.88 
 
 		 783 aa  1169    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0227682  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1460  UvrD/REP helicase  57.51 
 
 		 804 aa  874    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.373759  normal  0.271729 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0678  UvrD/REP helicase  73.13 
 
 		 783 aa  1162    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0563949  normal  0.0143494 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0322  UvrD/REP helicase  56.61 
 
 		 795 aa  852    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0787  UvrD/REP helicase  57.42 
 
 		 800 aa  847    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.82156  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1536  ATP-dependent DNA helicase Rep  53.51 
 
 		 768 aa  753    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.305848  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0766  UvrD/REP helicase  74.04 
 
 		 786 aa  1174    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.423643  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2023  UvrD/REP helicase  56.02 
 
 		 845 aa  874    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.184337 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1293  ATP-dependent DNA helicase Rep  57.12 
 
 		 765 aa  825    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2777  ATP-dependent DNA helicase Rep  73.12 
 
 		 817 aa  1227    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.46822  normal  0.929226 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3279  UvrD/REP helicase  53.53 
 
 		 866 aa  843    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2822  UvrD/REP helicase  56.73 
 
 		 826 aa  855    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.467404 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3367  UvrD/REP helicase  56.13 
 
 		 847 aa  879    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00561637 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2739  UvrD/REP helicase  55.99 
 
 		 833 aa  866    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0218  UvrD/REP helicase  54.32 
 
 		 728 aa  779    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0398  UvrD/REP helicase  56.27 
 
 		 798 aa  842    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.970559 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2024  ATP-dependent DNA helicase Rep  72.26 
 
 		 814 aa  1187    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.260389  normal  0.212402 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3012  UvrD/REP helicase  57.03 
 
 		 770 aa  823    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.853588 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1369  DNA helicase II  52.31 
 
 		 858 aa  832    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.261872  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0689  UvrD/REP helicase  57.4 
 
 		 816 aa  847    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.723035  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0367  UvrD/REP helicase  56.36 
 
 		 795 aa  849    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.944301  normal  0.78423 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1988  ATP-dependent DNA helicase Rep  54.86 
 
 		 876 aa  857    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1426  UvrD/REP helicase  57.93 
 
 		 817 aa  884    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.854677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2059  ATP-dependent DNA helicase Rep  58.34 
 
 		 763 aa  896    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.439478  normal  0.531774 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0211  UvrD/REP helicase  54.18 
 
 		 760 aa  786    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0344755 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6141  ATP-dependent DNA helicase Rep  55.13 
 
 		 855 aa  862    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0790722 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4295  UvrD/REP helicase  67.89 
 
 		 799 aa  1049    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2037  UvrD/REP helicase  54.73 
 
 		 850 aa  854    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.114912  normal  0.635195 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0860  UvrD/Rep family helicase  47.94 
 
 		 639 aa  622  1e-177  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0233  ATP-dependent DNA helicase Rep  47.94 
 
 		 639 aa  615  9.999999999999999e-175  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0356  UvrD/Rep family helicase  47.2 
 
 		 630 aa  575  1.0000000000000001e-162  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.190335  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3411  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  42.8 
 
 		 739 aa  536  1e-151  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0481  UvrD/REP helicase  41.21 
 
 		 736 aa  538  1e-151  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.272547  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2014  ATP-dependent DNA helicase PcrA  40.54 
 
 		 729 aa  535  1e-150  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4332  DNA-dependent helicase II  41.19 
 
 		 720 aa  533  1e-150  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03689  DNA-dependent ATPase I and helicase II  41.06 
 
 		 720 aa  531  1e-149  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4166  DNA helicase II  41.06 
 
 		 720 aa  531  1e-149  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4179  DNA-dependent helicase II  41.06 
 
 		 720 aa  531  1e-149  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.654606  normal  0.0232596 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0186  DNA-dependent helicase II  40.93 
 
 		 723 aa  532  1e-149  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03638  hypothetical protein  41.06 
 
 		 720 aa  531  1e-149  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4038  DNA-dependent helicase II  40.93 
 
 		 720 aa  530  1e-149  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5252  DNA-dependent helicase II  41.06 
 
 		 720 aa  531  1e-149  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4273  DNA-dependent helicase II  40.93 
 
 		 720 aa  530  1e-149  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4194  DNA-dependent helicase II  40.93 
 
 		 720 aa  530  1e-149  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.452287  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0334  ATP-dependent DNA helicase PcrA  39.62 
 
 		 747 aa  526  1e-148  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4338  DNA-dependent helicase II  40.93 
 
 		 720 aa  528  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0760  ATP-dependent DNA helicase PcrA  40.47 
 
 		 737 aa  527  1e-148  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0351  ATP-dependent DNA helicase PcrA  39.52 
 
 		 753 aa  526  1e-148  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  41.42 
 
 		 742 aa  527  1e-148  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0413312  decreased coverage  0.000000100763 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6233  DNA-dependent helicase II  40.84 
 
 		 728 aa  528  1e-148  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80471  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4326  UvrD/REP helicase  41.27 
 
 		 744 aa  527  1e-148  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0144266  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4231  DNA-dependent helicase II  40.93 
 
 		 720 aa  528  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4279  DNA-dependent helicase II  40.93 
 
 		 720 aa  528  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71870  DNA-dependent helicase II  40.58 
 
 		 728 aa  528  1e-148  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.186903  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0270  ATP-dependent DNA helicase PcrA  40.8 
 
 		 732 aa  528  1e-148  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4161  DNA-dependent helicase II  40.93 
 
 		 720 aa  528  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4180  DNA-dependent helicase II  40.93 
 
 		 720 aa  528  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.328302  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0825  ATP-dependent DNA helicase PcrA  46.86 
 
 		 694 aa  524  1e-147  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0285  ATP-dependent DNA helicase PcrA  39.25 
 
 		 741 aa  525  1e-147  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3979  DNA-dependent helicase II  40.41 
 
 		 720 aa  524  1e-147  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0053327  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0398  UvrD/REP helicase  39.62 
 
 		 768 aa  521  1e-146  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0209  DNA-dependent helicase II  41.13 
 
 		 720 aa  521  1e-146  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0545  DNA-dependent helicase II  41 
 
 		 720 aa  520  1e-146  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4969  ATP-dependent DNA helicase PcrA  39.36 
 
 		 753 aa  520  1e-146  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4007  DNA-dependent helicase II  41.13 
 
 		 720 aa  521  1e-146  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.984144  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5516  DNA helicase II  44.05 
 
 		 727 aa  519  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0291  ATP-dependent DNA helicase PcrA  39.24 
 
 		 751 aa  518  1.0000000000000001e-145  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0275  ATP-dependent DNA helicase  39.52 
 
 		 753 aa  518  1.0000000000000001e-145  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0278  ATP-dependent DNA helicase  39.24 
 
 		 751 aa  517  1.0000000000000001e-145  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0305  ATP-dependent DNA helicase PcrA  39.49 
 
 		 747 aa  518  1.0000000000000001e-145  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0336  ATP-dependent DNA helicase PcrA  39.24 
 
 		 751 aa  518  1.0000000000000001e-145  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0286  ATP-dependent DNA helicase PcrA  38.94 
 
 		 747 aa  516  1.0000000000000001e-145  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0377  ATP-dependent DNA helicase PcrA  39.24 
 
 		 751 aa  518  1.0000000000000001e-145  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3971  DNA-dependent helicase II  40.41 
 
 		 720 aa  514  1e-144  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5065  DNA-dependent helicase II  44 
 
 		 727 aa  513  1e-144  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0080  DNA helicase II  41.6 
 
 		 721 aa  514  1e-144  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0682  ATP-dependent DNA helicase PcrA  40.63 
 
 		 756 aa  514  1e-144  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0445546  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1960  ATP-dependent DNA helicase PcrA  38.08 
 
 		 730 aa  513  1e-144  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1994  ATP-dependent DNA helicase PcrA  38.08 
 
 		 730 aa  513  1e-144  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3397  DNA-dependent helicase II  40.03 
 
 		 727 aa  513  1e-144  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4430  ATP-dependent DNA helicase PcrA  40.38 
 
 		 765 aa  514  1e-144  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28230  ATP-dependent DNA helicase PcrA  38.91 
 
 		 857 aa  514  1e-144  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3458  UvrD/REP helicase  40.82 
 
 		 762 aa  513  1e-144  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0419  DNA-dependent helicase II  39.92 
 
 		 721 aa  513  1e-144  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.590239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0484  DNA-dependent helicase II  43.16 
 
 		 722 aa  509  1e-143  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0469  DNA-dependent helicase II  39.77 
 
 		 722 aa  509  1e-143  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.154526  normal  0.949387 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>