263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2402 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011369  Rleg2_0538  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  50.13 
 
 		 727 aa  647    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.533831  normal  0.300886 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0507  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  68.96 
 
 		 697 aa  947    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.250134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2402  glycyl-tRNA synthetase beta chain  100 
 
 		 720 aa  1452    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0966728  normal  0.754916 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0466  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  50.13 
 
 		 721 aa  645    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0728  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  51.22 
 
 		 741 aa  669    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3329  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  51.77 
 
 		 733 aa  687    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.10801  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2586  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  52.39 
 
 		 727 aa  705    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.577877  normal  0.134975 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1858  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  69.23 
 
 		 697 aa  952    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2357  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  51.51 
 
 		 701 aa  679    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.306896  normal  0.223006 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1239  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  50.79 
 
 		 760 aa  705    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0644  glycine--tRNA ligase  66.23 
 
 		 758 aa  951    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.121642  normal  0.442369 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2175  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  49.27 
 
 		 728 aa  643    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.754598  normal  0.117585 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1095  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  49.55 
 
 		 760 aa  683    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.729278  normal  0.459772 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2731  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  63.46 
 
 		 739 aa  907    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0985358  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4348  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  50.81 
 
 		 728 aa  696    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.314297  hitchhiker  0.00562302 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0583  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  49.47 
 
 		 704 aa  645    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.496315 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3210  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  49.16 
 
 		 764 aa  645    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.58245  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2310  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  69.39 
 
 		 687 aa  974    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.75706 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0714  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  49.56 
 
 		 789 aa  670    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0956  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  48.7 
 
 		 764 aa  645    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2759  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  52.85 
 
 		 704 aa  665    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2178  glycine--tRNA ligase  51.33 
 
 		 738 aa  642    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0540  glycine--tRNA ligase  67.92 
 
 		 685 aa  937    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.228601  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4369  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  54.23 
 
 		 701 aa  694    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3096  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  52.65 
 
 		 726 aa  645    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0404  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  48.02 
 
 		 777 aa  632  1e-180  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0413  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.89 
 
 		 777 aa  634  1e-180  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0522  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  49.61 
 
 		 764 aa  632  1e-180  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3416  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  52.67 
 
 		 696 aa  630  1e-179  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.269984  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2955  glycine--tRNA ligase  49.93 
 
 		 721 aa  627  1e-178  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3289  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  51.16 
 
 		 724 aa  622  1e-176  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0726267  normal  0.258667 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1138  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  51.71 
 
 		 699 aa  617  1e-175  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1109  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  52.1 
 
 		 737 aa  611  1e-173  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2126  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  45.02 
 
 		 821 aa  606  9.999999999999999e-173  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0380  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.02 
 
 		 740 aa  605  9.999999999999999e-173  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1611  glycine--tRNA ligase  46.96 
 
 		 723 aa  573  1.0000000000000001e-162  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0785205 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2111  glycine--tRNA ligase  45.51 
 
 		 738 aa  570  1e-161  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.541212  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1221  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  56.8 
 
 		 822 aa  558  1e-157  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.64374 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4858  glycine--tRNA ligase  45.88 
 
 		 677 aa  544  1e-153  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2185  glycine--tRNA ligase  44.95 
 
 		 723 aa  479  1e-134  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0577  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  45.34 
 
 		 686 aa  473  1e-132  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0505087  hitchhiker  0.0000000000000536601 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1441  glycine--tRNA ligase  36.23 
 
 		 700 aa  414  1e-114  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.764176  normal  0.147312 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2472  glycine--tRNA ligase  35.53 
 
 		 695 aa  408  1.0000000000000001e-112  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0180526  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0604  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  37.23 
 
 		 694 aa  404  1e-111  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.45 
 
 		 688 aa  402  1e-111  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0155  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  34.54 
 
 		 705 aa  400  9.999999999999999e-111  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.117933  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3059  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.99 
 
 		 687 aa  389  1e-107  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0011  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.76 
 
 		 684 aa  389  1e-106  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3372  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  36.38 
 
 		 705 aa  387  1e-106  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.173732  normal  0.25449 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0185  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  34.63 
 
 		 684 aa  385  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0011  glycine--tRNA ligase  36.51 
 
 		 693 aa  385  1e-105  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.466423 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1515  glycine--tRNA ligase  35.03 
 
 		 688 aa  382  1e-105  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2445  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.25 
 
 		 694 aa  383  1e-105  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3047  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  34.84 
 
 		 698 aa  380  1e-104  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.228214  normal  0.0284837 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3255  Glycine--tRNA ligase  35.17 
 
 		 696 aa  378  1e-103  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0004  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  30.26 
 
 		 701 aa  373  1e-102  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0373  glycine--tRNA ligase  34.75 
 
 		 691 aa  375  1e-102  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.87078  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0012  glycine--tRNA ligase  33.93 
 
 		 690 aa  375  1e-102  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.948293  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0076  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.17 
 
 		 683 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.589695  hitchhiker  0.000000000290731 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0079  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.31 
 
 		 683 aa  374  1e-102  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.248487  decreased coverage  0.0000000000235888 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0579  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.66 
 
 		 687 aa  372  1e-101  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0207  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.67 
 
 		 692 aa  370  1e-101  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0599  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  33.93 
 
 		 688 aa  370  1e-101  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000487119  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0355  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  33.33 
 
 		 690 aa  372  1e-101  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0076  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.12 
 
 		 684 aa  371  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000133889  normal  0.112381 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1022  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.7 
 
 		 687 aa  372  1e-101  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.208045  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0013  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.99 
 
 		 684 aa  372  1e-101  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.77 
 
 		 689 aa  371  1e-101  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00736647 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2116  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.08 
 
 		 689 aa  371  1e-101  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0060  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  33.98 
 
 		 684 aa  367  1e-100  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  33.38 
 
 		 688 aa  369  1e-100  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1686  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  37.07 
 
 		 696 aa  367  1e-100  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.78284  normal  0.0276337 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0485  glycine--tRNA ligase  35.26 
 
 		 688 aa  367  1e-100  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2965  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.21 
 
 		 688 aa  365  2e-99  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.425514  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.07 
 
 		 684 aa  364  3e-99  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000238485  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11030  glycyl-tRNA synthetase, tetrameric type, beta subunit  36.2 
 
 		 694 aa  363  4e-99  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000604533 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  33.74 
 
 		 689 aa  363  5.0000000000000005e-99  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000111985 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0038  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  33.76 
 
 		 693 aa  363  6e-99  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.903555  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2051  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  35.21 
 
 		 692 aa  362  1e-98  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2050  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  36.28 
 
 		 693 aa  361  2e-98  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.39 
 
 		 689 aa  362  2e-98  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3849  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.4 
 
 		 689 aa  361  3e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4037  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.4 
 
 		 689 aa  360  5e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.414013 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0701  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.83 
 
 		 699 aa  360  7e-98  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3931  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.4 
 
 		 689 aa  360  7e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3977  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.4 
 
 		 689 aa  360  7e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2941  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.44 
 
 		 686 aa  359  8e-98  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.125162  hitchhiker  0.000287233 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0881  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.83 
 
 		 699 aa  359  9.999999999999999e-98  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.59966  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3868  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.26 
 
 		 689 aa  358  9.999999999999999e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2430  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.83 
 
 		 699 aa  358  1.9999999999999998e-97  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.726931  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0218  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.83 
 
 		 699 aa  358  1.9999999999999998e-97  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2350  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.83 
 
 		 699 aa  358  1.9999999999999998e-97  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2728  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.83 
 
 		 699 aa  358  1.9999999999999998e-97  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4130  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.99 
 
 		 689 aa  358  2.9999999999999997e-97  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0024  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  29.16 
 
 		 703 aa  357  2.9999999999999997e-97  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.700385  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0023  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.99 
 
 		 689 aa  358  2.9999999999999997e-97  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0716  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.8 
 
 		 699 aa  358  2.9999999999999997e-97  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3782  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.99 
 
 		 689 aa  358  2.9999999999999997e-97  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2210  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  32.97 
 
 		 697 aa  357  5e-97  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2574  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  37.02 
 
 		 693 aa  357  5e-97  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00568144 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>