More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_2456 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009253  Dred_2456  ribonuclease H  100 
 
 		 159 aa  332  1e-90  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000408734  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4434  Ribonuclease H  69.74 
 
 		 163 aa  227  6e-59  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.10837 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4372  Ribonuclease H  69.74 
 
 		 163 aa  227  6e-59  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1584  RNase HI  64.19 
 
 		 157 aa  214  4e-55  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.590507  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1906  Ribonuclease H  60.54 
 
 		 241 aa  203  1e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000526772  normal  0.35014 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1373  Ribonuclease H  61.74 
 
 		 154 aa  195  2.0000000000000003e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000016883  hitchhiker  0.00000157044 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2366  ribonuclease H  58.94 
 
 		 158 aa  183  7e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000704244  hitchhiker  0.00794222 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1103  ribonuclease H  57.52 
 
 		 170 aa  183  1.0000000000000001e-45  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2669  ribonuclease H  56.67 
 
 		 156 aa  182  1.0000000000000001e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.046845 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2158  ribonuclease H  58.28 
 
 		 158 aa  181  3e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000263424  normal  0.0842071 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2235  ribonuclease H  58.28 
 
 		 158 aa  181  3e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000274591  normal  0.489263 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2560  ribonuclease H  57.24 
 
 		 158 aa  180  8.000000000000001e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2274  ribonuclease H  56.46 
 
 		 156 aa  179  9.000000000000001e-45  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.933446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1189  ribonuclease H  52.63 
 
 		 245 aa  179  2e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.842568 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02389  ribonuclease H  58.11 
 
 		 156 aa  178  2.9999999999999997e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.197834  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1009  Ribonuclease H  56.85 
 
 		 154 aa  177  4e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.636789  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2365  ribonuclease H  59.06 
 
 		 153 aa  177  4e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1881  ribonuclease H  57.62 
 
 		 156 aa  177  4e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.025157  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0219  ribonuclease H  56.85 
 
 		 155 aa  177  5.999999999999999e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00237232  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1143  ribonuclease H  57.24 
 
 		 154 aa  177  5.999999999999999e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.775724  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2324  ribonuclease H  57.24 
 
 		 156 aa  177  7e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000039246  decreased coverage  0.0000234426 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1999  ribonuclease H  57.24 
 
 		 156 aa  177  7e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000290768  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2014  ribonuclease H  57.24 
 
 		 156 aa  177  7e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000135342  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2062  ribonuclease H  57.24 
 
 		 156 aa  177  7e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000221835  decreased coverage  0.0000999459 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00207  ribonuclease H  56.85 
 
 		 155 aa  176  9e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.851229  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3394  Ribonuclease H  56.85 
 
 		 155 aa  176  9e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.770336  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0209  ribonuclease H  56.85 
 
 		 155 aa  176  9e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00212  hypothetical protein  56.85 
 
 		 155 aa  176  9e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.92679  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3451  ribonuclease H  56.85 
 
 		 155 aa  176  9e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.453001  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0227  ribonuclease H  56.85 
 
 		 155 aa  176  9e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0209104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0219  ribonuclease H  56.85 
 
 		 155 aa  176  9e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.523494  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0225  ribonuclease H  56.85 
 
 		 155 aa  176  9e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.367892  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1094  ribonuclease H  58.74 
 
 		 158 aa  176  1e-43  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0989345  hitchhiker  0.0000000000000128694 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3136  ribonuclease H  57.24 
 
 		 154 aa  176  1e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.46528  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0288  ribonuclease H  56.55 
 
 		 155 aa  175  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.170302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0293  ribonuclease H  56.55 
 
 		 155 aa  175  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.358682  normal  0.575944 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0307  ribonuclease H  56.55 
 
 		 155 aa  175  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0142891  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0301  ribonuclease H  56.55 
 
 		 155 aa  175  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0286  ribonuclease H  56.55 
 
 		 155 aa  175  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1779  ribonuclease H  55.63 
 
 		 156 aa  174  4e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000616595  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10510  ribonuclease HI  56.95 
 
 		 161 aa  174  6e-43  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000169175 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0484  ribonuclease H  55.1 
 
 		 157 aa  173  7e-43  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.416034 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0748  ribonuclease H  55.24 
 
 		 155 aa  172  9.999999999999999e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.533393  normal  0.237365 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0037  Ribonuclease H  53.29 
 
 		 156 aa  172  9.999999999999999e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2941  ribonuclease H  56.29 
 
 		 154 aa  172  1.9999999999999998e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2706  ribonuclease HI  55.41 
 
 		 159 aa  172  1.9999999999999998e-42  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4709  ribonuclease H  51.7 
 
 		 236 aa  171  2.9999999999999996e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2839  Ribonuclease H  54.17 
 
 		 154 aa  171  3.9999999999999995e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2112  ribonuclease H  57.34 
 
 		 158 aa  171  5e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0006502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2403  ribonuclease H  54.73 
 
 		 185 aa  170  9e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000280033  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2608  ribonuclease H  55.48 
 
 		 161 aa  169  1e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000274708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0911  ribonuclease H  55.86 
 
 		 155 aa  169  1e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0262  Ribonuclease H  52.05 
 
 		 158 aa  169  2e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2683  ribonuclease H  53.1 
 
 		 154 aa  169  2e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0253331 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1054  ribonuclease H  53.1 
 
 		 154 aa  169  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.52553  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2019  ribonuclease H  51.97 
 
 		 159 aa  168  2e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0600903  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1108  ribonuclease H  53.1 
 
 		 154 aa  169  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2399  ribonuclease H  54.48 
 
 		 157 aa  167  5e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2382  ribonuclease H  54.9 
 
 		 158 aa  167  6e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2205  ribonuclease H  54.93 
 
 		 157 aa  167  7e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0167924  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1992  ribonuclease H  54.23 
 
 		 156 aa  165  2.9999999999999998e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000066103  hitchhiker  0.00000132763 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0619  ribonuclease H  54.81 
 
 		 152 aa  165  2.9999999999999998e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.772003  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3655  ribonuclease H  54.3 
 
 		 151 aa  163  9e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00499502  normal  0.0620959 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2778  Ribonuclease H  52.78 
 
 		 153 aa  162  1.0000000000000001e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2939  ribonuclease H  53.28 
 
 		 163 aa  162  1.0000000000000001e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.191934  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2969  Ribonuclease H  57.14 
 
 		 157 aa  162  2.0000000000000002e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2357  ribonuclease H  53.57 
 
 		 151 aa  162  2.0000000000000002e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.71288 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002772  ribonuclease HI  53.47 
 
 		 154 aa  161  3e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.720035  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0446  Ribonuclease H  55.47 
 
 		 145 aa  162  3e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0950  ribonuclease H  51.63 
 
 		 154 aa  161  3e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.909306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03211  ribonuclease H  53.47 
 
 		 154 aa  161  3e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0496  ribonuclease H  56.34 
 
 		 173 aa  161  3e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.0000149307  normal  0.327307 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1826  ribonuclease H  53.47 
 
 		 156 aa  160  5.0000000000000005e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1616  ribonuclease H  52.08 
 
 		 155 aa  160  5.0000000000000005e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000113365  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1098  hypothetical protein  53.74 
 
 		 152 aa  160  6e-39  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.26429 
 
 
-
 
NC_004310  BR0477  ribonuclease H  54.68 
 
 		 154 aa  160  7e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.307744  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1135  ribonuclease H  54.97 
 
 		 158 aa  160  7e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0482  ribonuclease H  54.68 
 
 		 154 aa  160  7e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0581  ribonuclease H  53.9 
 
 		 146 aa  160  8.000000000000001e-39  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4142  ribonuclease H  56.72 
 
 		 148 aa  160  1e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.479063  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1754  ribonuclease H  53.15 
 
 		 145 aa  159  1e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0529  ribonuclease H  54.01 
 
 		 153 aa  159  1e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0600  ribonuclease H  53.19 
 
 		 146 aa  159  1e-38  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.42246  normal  0.0270163 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3714  ribonuclease H  56.72 
 
 		 148 aa  160  1e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.246358  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0628  ribonuclease H  53.9 
 
 		 146 aa  159  1e-38  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.702855  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1723  ribonuclease H  56.72 
 
 		 148 aa  160  1e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.991139 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0543  ribonuclease H  52.48 
 
 		 146 aa  159  2e-38  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.751982 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0750  ribonuclease H  53.57 
 
 		 162 aa  159  2e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.516591  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0591  ribonuclease H  55.47 
 
 		 154 aa  158  3e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.637967  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0653  ribonuclease H  55.47 
 
 		 151 aa  157  5e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.126445 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1744  ribonuclease H  50.69 
 
 		 146 aa  157  5e-38  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3467  ribonuclease H  55.97 
 
 		 148 aa  157  5e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0613  ribonuclease H  55.47 
 
 		 151 aa  157  5e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.657296 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4749  ribonuclease H  55.15 
 
 		 155 aa  157  5e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1342  ribonuclease H  55.15 
 
 		 161 aa  157  6e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.765967  normal  0.626609 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4028  ribonuclease H  54.74 
 
 		 150 aa  157  6e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1060  ribonuclease H  54.74 
 
 		 154 aa  157  7e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2071  ribonuclease H  55.07 
 
 		 149 aa  156  9e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0763  ribonuclease HI  54.35 
 
 		 148 aa  156  1e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1273  ribonuclease HI  54.35 
 
 		 148 aa  156  1e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.244888  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>