More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_0600 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_0600  ribonuclease H  100 
 
 		 146 aa  305  1.0000000000000001e-82  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.42246  normal  0.0270163 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0543  ribonuclease H  82.88 
 
 		 146 aa  261  2e-69  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.751982 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0581  ribonuclease H  82.88 
 
 		 146 aa  259  1e-68  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0628  ribonuclease H  80 
 
 		 146 aa  253  7e-67  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.702855  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1607  ribonuclease H  80.42 
 
 		 153 aa  246  8e-65  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.321118 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1744  ribonuclease H  75.52 
 
 		 146 aa  234  3e-61  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1340  Ribonuclease H  58.33 
 
 		 145 aa  194  4.0000000000000005e-49  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000000154889  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0673  ribonuclease H  60.84 
 
 		 147 aa  192  2e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000335449  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0706  ribonuclease H  65.73 
 
 		 146 aa  191  3e-48  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.572232  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1987  ribonuclease H  59.15 
 
 		 159 aa  190  4e-48  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1616  ribonuclease H  60.99 
 
 		 155 aa  190  7e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000113365  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1754  ribonuclease H  60.14 
 
 		 145 aa  190  7e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0619  ribonuclease H  64.66 
 
 		 152 aa  189  1e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.772003  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1172  RNase HI  62.24 
 
 		 152 aa  188  2e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000482938  hitchhiker  0.000107341 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1373  Ribonuclease H  58.57 
 
 		 154 aa  177  2.9999999999999997e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000016883  hitchhiker  0.00000157044 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4749  ribonuclease H  56.55 
 
 		 155 aa  175  2e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1837  ribonuclease H  57.86 
 
 		 153 aa  174  4e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.0000000470607  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2333  ribonuclease H  54.79 
 
 		 153 aa  170  6.999999999999999e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.076153 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1342  ribonuclease H  54.17 
 
 		 161 aa  166  7e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.765967  normal  0.626609 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0928  ribonuclease H  56.43 
 
 		 145 aa  166  1e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2115  ribonuclease H  54.55 
 
 		 146 aa  166  1e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.111638  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0950  ribonuclease H  55.63 
 
 		 154 aa  165  2e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.909306  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0477  ribonuclease H  56.03 
 
 		 154 aa  164  2.9999999999999998e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.307744  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0482  ribonuclease H  56.03 
 
 		 154 aa  164  2.9999999999999998e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0613  ribonuclease H  56.03 
 
 		 151 aa  164  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.657296 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4028  ribonuclease H  53.47 
 
 		 150 aa  164  4e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0750  ribonuclease H  53.57 
 
 		 162 aa  162  1.0000000000000001e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.516591  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2274  ribonuclease H  53.28 
 
 		 156 aa  162  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.933446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0591  ribonuclease H  55.32 
 
 		 154 aa  161  2.0000000000000002e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.637967  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2357  ribonuclease H  54.29 
 
 		 151 aa  162  2.0000000000000002e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.71288 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2669  ribonuclease H  56.43 
 
 		 156 aa  160  4.0000000000000004e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.046845 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0529  ribonuclease H  53.19 
 
 		 153 aa  160  4.0000000000000004e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0653  ribonuclease H  55.32 
 
 		 151 aa  160  5.0000000000000005e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.126445 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0484  ribonuclease H  52.9 
 
 		 157 aa  159  9e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.416034 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1085  ribonuclease H  54.68 
 
 		 143 aa  159  9e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2456  ribonuclease H  53.19 
 
 		 159 aa  159  1e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000408734  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2687  ribonuclease H  52.9 
 
 		 154 aa  159  1e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.319525  normal  0.662003 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4076  ribonuclease H  52.17 
 
 		 153 aa  158  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.621887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3481  ribonuclease H  51.77 
 
 		 148 aa  158  2e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1103  ribonuclease H  52.82 
 
 		 170 aa  159  2e-38  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41060  ribonuclease H  51.77 
 
 		 148 aa  158  2e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0684  ribonuclease H  55.07 
 
 		 150 aa  159  2e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.746056  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4372  Ribonuclease H  55.4 
 
 		 163 aa  158  3e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3743  ribonuclease H  52.9 
 
 		 151 aa  158  3e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1733  ribonuclease H  51.39 
 
 		 148 aa  157  3e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0373271  normal  0.553934 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4434  Ribonuclease H  55.4 
 
 		 163 aa  158  3e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.10837 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2041  ribonuclease H  51.39 
 
 		 148 aa  157  4e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1513  ribonuclease H  50.69 
 
 		 151 aa  157  6e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0262  Ribonuclease H  53.24 
 
 		 158 aa  156  9e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1060  ribonuclease H  53.19 
 
 		 154 aa  155  2e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29600  ribonuclease H  52.74 
 
 		 152 aa  155  2e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.891548  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2066  ribonuclease H  51.05 
 
 		 150 aa  155  2e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.043986  normal  0.0759815 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2690  ribonuclease H  54.01 
 
 		 146 aa  155  2e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0037  Ribonuclease H  52.17 
 
 		 156 aa  154  3e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1585  ribonuclease H  53.62 
 
 		 149 aa  154  3e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.272644  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1942  ribonuclease H  53.62 
 
 		 164 aa  154  3e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2208  ribonuclease H  51.43 
 
 		 145 aa  154  3e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000168272  normal  0.227693 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02389  ribonuclease H  52.86 
 
 		 156 aa  154  3e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.197834  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3467  ribonuclease H  51.37 
 
 		 148 aa  154  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2365  ribonuclease H  53.24 
 
 		 153 aa  154  5.0000000000000005e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2035  ribonuclease H  52.9 
 
 		 147 aa  153  6e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.365518  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2186  ribonuclease H  52.11 
 
 		 153 aa  153  7e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0446  Ribonuclease H  52.17 
 
 		 145 aa  153  9e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1965  ribonuclease H  51.8 
 
 		 160 aa  153  9e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.0000000316146  unclonable  0.00000002511 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0804  ribonuclease H  51.43 
 
 		 147 aa  153  9e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1256  ribonuclease H  51.43 
 
 		 147 aa  153  9e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00262659  normal  0.25341 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1285  ribonuclease H  51.43 
 
 		 147 aa  153  9e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00259503  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0409  ribonuclease H  54.17 
 
 		 155 aa  153  1e-36  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0596  ribonuclease HI  50 
 
 		 148 aa  152  1e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1745  ribonuclease H  50.35 
 
 		 148 aa  152  1e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.134383 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0763  ribonuclease HI  50 
 
 		 148 aa  152  1e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1466  RNase H  50 
 
 		 148 aa  152  1e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2189  ribonuclease H  50 
 
 		 145 aa  153  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1258  ribonuclease H  54.35 
 
 		 153 aa  152  1e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1600  RNase H  50 
 
 		 146 aa  152  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0556  RNase H  50 
 
 		 148 aa  152  1e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1273  ribonuclease HI  50 
 
 		 148 aa  152  1e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.244888  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1973  ribonuclease H  50.35 
 
 		 148 aa  152  1e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1496  RNase H  50 
 
 		 148 aa  152  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4395  ribonuclease H  52.9 
 
 		 154 aa  152  1e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.480095 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4427  ribonuclease H  50.71 
 
 		 147 aa  152  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000165419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2941  ribonuclease H  54.41 
 
 		 154 aa  152  2e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1584  RNase HI  53.62 
 
 		 157 aa  151  2.9999999999999998e-36  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.590507  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4142  ribonuclease H  49.32 
 
 		 148 aa  150  4e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.479063  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4573  Ribonuclease H  50.71 
 
 		 159 aa  151  4e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1334  ribonuclease H  52.86 
 
 		 143 aa  150  4e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1723  ribonuclease H  49.32 
 
 		 148 aa  150  4e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.991139 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3714  ribonuclease H  49.32 
 
 		 148 aa  150  4e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.246358  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1174  ribonuclease H  50.71 
 
 		 147 aa  150  5e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00138258  normal  0.132038 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4709  ribonuclease H  48.57 
 
 		 236 aa  150  5e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1162  ribonuclease H  50.71 
 
 		 147 aa  150  5e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.101109  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0204  RNase HI  50.71 
 
 		 152 aa  150  5.9999999999999996e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.85077e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24830  RNase HI  50.7 
 
 		 170 aa  149  1e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.28769 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3712  ribonuclease HI  48.63 
 
 		 150 aa  149  1e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0350909  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1763  ribonuclease H  48.63 
 
 		 150 aa  149  1e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.890131 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2815  ribonuclease H  51.39 
 
 		 147 aa  149  1e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1094  ribonuclease H  54.23 
 
 		 158 aa  149  1e-35  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0989345  hitchhiker  0.0000000000000128694 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2790  RNase H  49.3 
 
 		 148 aa  149  1e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000215701  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2281  ribonuclease H  50.35 
 
 		 159 aa  149  1e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1188  ribonuclease H  50 
 
 		 157 aa  149  1e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0364672  normal  0.693585 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>