More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0988 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_0988  DNA mismatch repair protein MutS domain protein  100 
 
 
615 aa  1259    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.928875  normal  0.94372 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5542  DNA mismatch repair protein MutS domain protein  36.31 
 
 
610 aa  359  6e-98  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1114  DNA mismatch repair protein MutS domain protein  33.17 
 
 
605 aa  323  5e-87  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3595  DNA mismatch repair protein MutS domain protein  34.19 
 
 
607 aa  323  5e-87  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0161652  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0359  DNA mismatch repair protein MutS domain-containing protein  33.39 
 
 
598 aa  320  3.9999999999999996e-86  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4132  DNA mismatch repair protein MutS domain protein  40.44 
 
 
610 aa  320  5e-86  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.300253 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2141  DNA mismatch repair protein MutS domain protein  33.81 
 
 
624 aa  315  1.9999999999999998e-84  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2709  DNA mismatch repair protein MutS domain-containing protein  33.01 
 
 
590 aa  300  6e-80  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0186895  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2411  MutS domain-containing protein  32.05 
 
 
595 aa  296  8e-79  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.133991  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2123  MutS domain-containing protein  32.05 
 
 
595 aa  296  8e-79  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2469  DNA mismatch repair protein MutS domain protein  32.71 
 
 
626 aa  291  3e-77  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0156  DNA mismatch repair protein MutS domain protein  30.93 
 
 
586 aa  270  8e-71  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0247  DNA mismatch repair protein MutS-like protein  31.6 
 
 
601 aa  269  1e-70  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1070  DNA mismatch repair protein MutS domain protein  32.03 
 
 
593 aa  268  2e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2027  MutS-like mismatch repair protein, ATPase  29.34 
 
 
596 aa  263  6e-69  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2236  DNA mismatch repair protein  29.78 
 
 
590 aa  257  6e-67  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04875  DNA mismatch repair protein mutS  28.64 
 
 
601 aa  255  2.0000000000000002e-66  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0656  DNA mismatch repair protein MutS domain protein  29.46 
 
 
604 aa  233  8.000000000000001e-60  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3182  DNA mismatch repair protein MutS domain-containing protein  29.29 
 
 
618 aa  223  8e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2424  DNA mismatch repair protein MutS domain-containing protein  32.81 
 
 
594 aa  207  3e-52  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.720949  normal  0.166887 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2547  DNA mismatch repair protein MutS domain protein  41.25 
 
 
597 aa  202  9.999999999999999e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2451  DNA mismatch repair protein MutS domain protein  41.25 
 
 
597 aa  202  9.999999999999999e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.412357  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1406  DNA mismatch repair protein MutS-like  40.47 
 
 
597 aa  182  1e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0562  DNA mismatch repair protein MutS-like  36.63 
 
 
243 aa  148  3e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0706  DNA mismatch repair protein MutS domain protein  33.78 
 
 
438 aa  134  6.999999999999999e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.574952  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2122  DNA mismatch repair protein MutS domain-containing protein  33.2 
 
 
536 aa  129  1.0000000000000001e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0365547  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2085  DNA mismatch repair protein MutS domain-containing protein  33.2 
 
 
536 aa  129  1.0000000000000001e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00891152  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0552  DNA mismatch repair protein MutS domain protein  31.33 
 
 
555 aa  126  1e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0622  DNA mismatch repair protein MutS domain-containing protein  46.43 
 
 
112 aa  122  9.999999999999999e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000499338  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1660  MutS family protein  33.04 
 
 
538 aa  119  1.9999999999999998e-25  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0221998  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1160  DNA mismatch repair protein MutS domain-containing protein  28.7 
 
 
554 aa  118  3.9999999999999997e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3054  DNA mismatch repair protein MutS domain protein  28.28 
 
 
437 aa  110  5e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.613085  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0886  MutS domain-containing protein  25.48 
 
 
557 aa  107  4e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.437767  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0305  MutS domain-containing protein  26.49 
 
 
521 aa  105  2e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.667577  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2383  DNA mismatch repair protein MutS domain-containing protein  29.29 
 
 
558 aa  106  2e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.356876  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0300  MutS domain-containing protein  22.43 
 
 
521 aa  103  9e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2667  DNA mismatch repair protein MutS domain protein  29.15 
 
 
442 aa  101  4e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.235578  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2226  DNA mismatch repair protein MutS  31.62 
 
 
956 aa  99.8  1e-19  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.137389  normal  0.561287 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2666  DNA mismatch repair protein MutS domain protein  28.36 
 
 
423 aa  99.4  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.892577  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7097  DNA mismatch repair protein MutS domain protein  26.36 
 
 
443 aa  99  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000373438  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3819  DNA mismatch repair protein MutS domain protein  29.85 
 
 
445 aa  93.6  9e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.081272  normal  0.267024 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3053  DNA mismatch repair protein MutS domain protein  30.46 
 
 
450 aa  91.3  5e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006680  CNK02590  mismatch repair-related protein, putative  28.17 
 
 
1205 aa  88.2  4e-16  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.102659  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2380  DNA mismatch repair protein MutS  28.97 
 
 
893 aa  87  8e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1520  DNA mismatch repair protein MutS  27.97 
 
 
848 aa  85.9  0.000000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1769  DNA mismatch repair protein MutS  28.03 
 
 
846 aa  85.1  0.000000000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1478  DNA mismatch repair protein MutS  24.45 
 
 
828 aa  84.7  0.000000000000005  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1001  DNA mismatch repair protein MutS  27.38 
 
 
819 aa  84  0.000000000000007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.280502  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0824  DNA mismatch repair protein MutS  29.55 
 
 
804 aa  83.6  0.000000000000009  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3422  DNA mismatch repair protein MutS  31.02 
 
 
880 aa  83.2  0.00000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0998408  normal  0.0667766 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3226  DNA mismatch repair protein MutS  29.78 
 
 
892 aa  83.2  0.00000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1332  DNA mismatch repair protein MutS  29.66 
 
 
930 aa  82.8  0.00000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3768  DNA mismatch repair protein MutS  31.91 
 
 
968 aa  82.4  0.00000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1896  DNA mismatch repair protein MutS  29.8 
 
 
872 aa  82.8  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0824451  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0553  DNA mismatch repair protein MutS  29.22 
 
 
882 aa  82  0.00000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4058  DNA mismatch repair protein MutS  28.38 
 
 
855 aa  82  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.374775  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38640  DNA mismatch repair protein MutS  29.41 
 
 
855 aa  82  0.00000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.477357  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0730  DNA mismatch repair protein MutS  28.24 
 
 
889 aa  82  0.00000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.687248  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1376  DNA mismatch repair protein MutS  28.38 
 
 
859 aa  81.6  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4057  DNA mismatch repair protein MutS  28.52 
 
 
891 aa  81.3  0.00000000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.101447  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0330  DNA mismatch repair protein MutS  29.69 
 
 
917 aa  80.9  0.00000000000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1768  DNA mismatch repair protein MutS  27.2 
 
 
846 aa  80.9  0.00000000000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_49314  predicted protein  27.99 
 
 
916 aa  80.9  0.00000000000007  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0725595  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1437  DNA mismatch repair protein MutS  28.1 
 
 
870 aa  80.5  0.00000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.787998  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1760  DNA mismatch repair protein MutS  28.1 
 
 
870 aa  80.5  0.00000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1626  DNA mismatch repair protein MutS  28.38 
 
 
857 aa  80.5  0.00000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.262432  normal  0.25405 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1599  DNA mismatch repair protein MutS  30.08 
 
 
875 aa  80.1  0.0000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4152  DNA mismatch repair protein MutS  28.38 
 
 
857 aa  80.1  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.121513 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1134  DNA mismatch repair protein MutS  27.93 
 
 
860 aa  79.7  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1179  DNA mismatch repair protein MutS  28.38 
 
 
880 aa  79.7  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.809456 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0292  DNA mismatch repair protein MutS  29.56 
 
 
784 aa  79.7  0.0000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.518405  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1477  DNA mismatch repair protein MutS  27.92 
 
 
857 aa  80.1  0.0000000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.480331  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4050  DNA mismatch repair protein MutS  28.7 
 
 
857 aa  79.3  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.593835  hitchhiker  0.000000000609956 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1466  DNA mismatch repair protein MutS  28.63 
 
 
872 aa  79.7  0.0000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1339  DNA mismatch repair protein MutS  28.33 
 
 
896 aa  78.6  0.0000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.742998  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0899  MutS2 family protein  29.63 
 
 
789 aa  78.6  0.0000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.461302  normal  0.733658 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1181  DNA mismatch repair protein MutS  28.75 
 
 
927 aa  78.6  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0458  MutS family ATPase  27.59 
 
 
795 aa  79  0.0000000000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1113  DNA mismatch repair protein MutS  28.94 
 
 
863 aa  78.2  0.0000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000302948  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1033  DNA mismatch repair protein MutS  31.42 
 
 
872 aa  77.8  0.0000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.256802  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0299  DNA mismatch repair protein MutS  29.26 
 
 
873 aa  77.8  0.0000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.391446  normal  0.153174 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1437  DNA mismatch repair protein MutS  29.58 
 
 
905 aa  77.8  0.0000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.402439  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0260  DNA mismatch repair protein MutS  27.73 
 
 
804 aa  77.8  0.0000000000006  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.76262  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2935  MutS2 family protein  26.94 
 
 
788 aa  77.8  0.0000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1486  DNA mismatch repair protein MutS  30.1 
 
 
867 aa  77  0.0000000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.387316  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03749  DNA mismatch repair protein msh3 (MutS protein homolog 3) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5B6T1]  29.67 
 
 
1091 aa  76.6  0.000000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.642565  normal 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_10621  DNA mismatch repair protein Msh2, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G09850)  22.79 
 
 
945 aa  77  0.000000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0358  DNA mismatch repair protein MutS  27.15 
 
 
918 aa  76.6  0.000000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.613152  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1449  DNA mismatch repair protein MutS  29.13 
 
 
868 aa  76.6  0.000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.0000177149  normal  0.302427 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0545  MutS2 family protein  27.78 
 
 
775 aa  75.9  0.000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.807648  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1077  DNA mismatch repair protein MutS  26.42 
 
 
853 aa  75.9  0.000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2381  DNA mismatch repair protein MutS  28.99 
 
 
932 aa  76.3  0.000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1611  DNA mismatch repair protein MutS  25.65 
 
 
867 aa  75.9  0.000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.749504  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0837  DNA mismatch repair protein MutS  29.51 
 
 
878 aa  75.9  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.624644  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0824  recombination and DNA strand exchange inhibitor protein  28.91 
 
 
792 aa  75.1  0.000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1015  DNA mismatch repair protein MutS  29.51 
 
 
793 aa  75.1  0.000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1537  DNA mismatch repair protein MutS  27.78 
 
 
880 aa  75.5  0.000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1250  DNA mismatch repair protein MutS  26.94 
 
 
823 aa  75.5  0.000000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.297858  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1064  DNA mismatch repair protein MutS  28.46 
 
 
870 aa  75.5  0.000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1115  DNA mismatch repair protein MutS  29.1 
 
 
793 aa  75.1  0.000000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>