129 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd703_2371 on replicon NC_012880
Organism: Dickeya dadantii Ech703



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012880  Dd703_2371  reverse transcriptase  100 
 
 
316 aa  622  1e-177  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004302  putative reverse transcriptase  28.63 
 
 
321 aa  89.7  5e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00831  retron EC86 RNA-directed DNA polymerase-like protein  26.13 
 
 
320 aa  86.7  5e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00839  hypothetical protein  26.13 
 
 
320 aa  86.7  5e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1962  RNA-directed DNA polymerase  28.32 
 
 
323 aa  85.9  9e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3135  putative reverse transcriptase  30.22 
 
 
236 aa  83.6  0.000000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2238  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.61 
 
 
338 aa  82.8  0.000000000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.928564  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2277  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.61 
 
 
338 aa  82.8  0.000000000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0293  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.76 
 
 
315 aa  81.6  0.00000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.127138 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2428  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.11 
 
 
310 aa  74.7  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.464026  normal  0.0789669 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0004  RNA-directed DNA polymerase  26.72 
 
 
324 aa  71.6  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00169574  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2352  RNA-directed DNA polymerase  25.56 
 
 
594 aa  71.2  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1389  RNA-directed DNA polymerase  24.46 
 
 
632 aa  70.9  0.00000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.297268  normal  0.184717 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2145  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.34 
 
 
482 aa  70.5  0.00000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.082634  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1181  RNA-directed DNA polymerase  23.64 
 
 
382 aa  70.5  0.00000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.334694  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2611  retron-type reverse transcriptase  32.88 
 
 
383 aa  70.1  0.00000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1151  retron-type reverse transcriptase  26.24 
 
 
482 aa  67.8  0.0000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0018  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  20.31 
 
 
451 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3129  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  22.63 
 
 
598 aa  67  0.0000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0115995  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4096  RNA-directed DNA polymerase  21.28 
 
 
503 aa  64.7  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.559536  decreased coverage  0.00132116 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1202  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.77 
 
 
343 aa  64.3  0.000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5150  RNA-directed DNA polymerase  21.28 
 
 
584 aa  63.2  0.000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3418  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.93 
 
 
332 aa  62.4  0.000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.339292  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3148  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.4 
 
 
315 aa  58.5  0.0000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.444355  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3254  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.27 
 
 
364 aa  58.2  0.0000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00964612 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1568  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.54 
 
 
449 aa  58.2  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.296067 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7580  hypothetical protein  21.88 
 
 
479 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.298723  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3648  ribonuclease H  23.18 
 
 
563 aa  56.6  0.0000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.620848  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3598  RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)  24.83 
 
 
374 aa  56.2  0.0000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6088  hypothetical protein  20.27 
 
 
479 aa  55.8  0.0000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2444  hypothetical protein  30.43 
 
 
415 aa  55.8  0.0000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0160  RNA-directed DNA polymerase  23.44 
 
 
658 aa  55.5  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.346916  normal  0.409193 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1325  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.33 
 
 
303 aa  55.5  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1363  RNA-directed DNA polymerase  26.05 
 
 
380 aa  53.9  0.000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5744  hypothetical protein  21.72 
 
 
449 aa  54.3  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6108  hypothetical protein  21.72 
 
 
449 aa  54.3  0.000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6590  hypothetical protein  21.78 
 
 
449 aa  54.3  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.923372  normal  0.0775109 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2027  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.1 
 
 
470 aa  53.5  0.000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0167  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.1 
 
 
470 aa  53.5  0.000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0487  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.1 
 
 
470 aa  53.5  0.000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0265658  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0749  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.1 
 
 
470 aa  53.5  0.000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01305  RNA-directed DNA polymerase  23.83 
 
 
350 aa  52.8  0.000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2180  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.87 
 
 
434 aa  52.4  0.000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00037099  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06379  RNA-directed DNA polymerase  24.15 
 
 
367 aa  52.4  0.000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1841  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.87 
 
 
448 aa  52.4  0.00001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2412  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.87 
 
 
448 aa  52.4  0.00001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0934  Ribonuclease H  21.97 
 
 
568 aa  52  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0735383  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00141  RNA-directed DNA polymerase  23.83 
 
 
430 aa  52.4  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00350  reverse transcriptase  23.83 
 
 
430 aa  52.4  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00759  RNA-directed DNA polymerase  23.83 
 
 
430 aa  52.4  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01083  RNA-directed DNA polymerase  23.83 
 
 
430 aa  52.4  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01296  RNA-directed DNA polymerase  23.83 
 
 
430 aa  52  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01811  RNA-directed DNA polymerase  23.83 
 
 
430 aa  52.4  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02490  RNA-directed DNA polymerase  23.83 
 
 
430 aa  52  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02652  RNA-directed DNA polymerase  23.83 
 
 
430 aa  52.4  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02975  RNA-directed DNA polymerase  23.83 
 
 
430 aa  52.4  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03119  RNA-directed DNA polymerase  23.83 
 
 
430 aa  52.4  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03266  RNA-directed DNA polymerase  23.83 
 
 
430 aa  52.4  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03670  RNA-directed DNA polymerase  23.83 
 
 
430 aa  52.4  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04800  RNA-directed DNA polymerase  23.83 
 
 
430 aa  52.4  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05463  RNA-directed DNA polymerase  23.83 
 
 
430 aa  52.4  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06317  RNA-directed DNA polymerase  23.83 
 
 
430 aa  52.4  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06609  RNA-directed DNA polymerase  23.83 
 
 
430 aa  52.4  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06996  Na-directed DNA polymerase  23.83 
 
 
430 aa  52.4  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3654  hypothetical protein  30.28 
 
 
566 aa  52.4  0.00001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.773483  hitchhiker  0.0000658966 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0955  group II intron, maturase  28.57 
 
 
434 aa  51.2  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2471  group II intron, maturase  28.57 
 
 
434 aa  51.2  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.546508  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1201  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.6 
 
 
420 aa  51.6  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3163  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.6 
 
 
420 aa  51.6  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2085  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.6 
 
 
420 aa  51.6  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02426  RNA-directed DNA polymerase  23.83 
 
 
430 aa  51.6  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03017  RNA-directed DNA polymerase  23.83 
 
 
430 aa  51.6  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03030  RNA-directed DNA polymerase  23.83 
 
 
430 aa  51.6  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1421  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.6 
 
 
420 aa  51.6  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05916  RNA-directed DNA polymerase  23.83 
 
 
430 aa  51.6  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0156  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.9 
 
 
470 aa  51.6  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0383  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.9 
 
 
346 aa  51.2  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0829  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.71 
 
 
470 aa  51.6  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.880768  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2224  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.71 
 
 
470 aa  51.6  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.321211  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3200  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.62 
 
 
467 aa  50.8  0.00003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2043  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  20.36 
 
 
446 aa  49.7  0.00006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0800  RNA-directed DNA polymerase  26.49 
 
 
377 aa  49.3  0.00008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.725182 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01846  RNA-directed DNA polymerase  26.35 
 
 
247 aa  48.5  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2067  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.1 
 
 
475 aa  48.1  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00121404  normal  0.0104805 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2778  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.1 
 
 
475 aa  48.1  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2652  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.1 
 
 
475 aa  48.1  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2426  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.1 
 
 
475 aa  48.1  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2185  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.1 
 
 
475 aa  48.1  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000124712 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3095  hypothetical protein  20.13 
 
 
440 aa  48.5  0.0002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000000138742  decreased coverage  0.0000000261203 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0142  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.1 
 
 
475 aa  48.1  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0584  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.1 
 
 
475 aa  48.1  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0624  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.1 
 
 
475 aa  48.1  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0812  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.1 
 
 
475 aa  48.1  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.158231  hitchhiker  0.0000219513 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0976  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.1 
 
 
475 aa  48.1  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.307448  normal  0.190974 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1387  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.1 
 
 
475 aa  48.1  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.017267  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1714  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.1 
 
 
475 aa  48.1  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.125991 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1820  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.1 
 
 
475 aa  48.1  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.102915  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1901  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.1 
 
 
475 aa  48.1  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1923  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.1 
 
 
475 aa  48.1  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1015  hypothetical protein  24.55 
 
 
541 aa  47  0.0004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>