81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd1591_4254 on replicon NC_012912
Organism: Dickeya zeae Ech1591



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012912  Dd1591_4254  phage transcriptional regulator, AlpA  100 
 
 		 62 aa  126  1.0000000000000001e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.631275  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0271  excisionase/Xis, DNA-binding  66.1 
 
 		 139 aa  84.7  4e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.000397414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01114  hypothetical protein  68.52 
 
 		 56 aa  82.4  0.000000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3553  phage transcriptional regulator, AlpA  60 
 
 		 126 aa  80.9  0.000000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.654297  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2780  phage transcriptional regulator, AlpA  68.63 
 
 		 57 aa  80.9  0.000000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0923797  normal  0.386289 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1182  phage transcriptional regulator, AlpA  60 
 
 		 72 aa  79.7  0.00000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.592067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4353  putative transcriptional regulator  54.84 
 
 		 74 aa  79.7  0.00000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2614  phage transcriptional regulator, AlpA  60.34 
 
 		 75 aa  79.7  0.00000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.317776 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0665  excisionase/Xis, DNA-binding  68.75 
 
 		 73 aa  76.3  0.0000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.950953  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0156  DNA binding domain-containing protein  58 
 
 		 70 aa  76.6  0.0000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000704193 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0957  excision promoter, Xis  57.14 
 
 		 69 aa  74.7  0.0000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.392434  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2531  phage transcriptional regulator, AlpA  57.14 
 
 		 66 aa  73.9  0.0000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.334421  hitchhiker  0.000129846 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15570  hypothetical protein  57.14 
 
 		 66 aa  73.9  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000408648  unclonable  2.14199e-22 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4598  DNA binding domain protein, excisionase family  54.9 
 
 		 76 aa  73.9  0.0000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0279  DNA binding domain-containing protein  55.36 
 
 		 89 aa  73.2  0.000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.908043  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0630  DNA binding domain protein, excisionase family  51.72 
 
 		 93 aa  71.6  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.168372 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2286  DNA binding domain-containing protein  51.72 
 
 		 93 aa  71.2  0.000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1172  phage transcriptional regulator, AlpA  51.72 
 
 		 93 aa  71.2  0.000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1106  response regulator receiver protein  45.83 
 
 		 180 aa  60.5  0.000000007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0674112  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1294  DNA-binding response regulator  45.83 
 
 		 180 aa  60.5  0.000000008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000125664  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1078  DNA-binding response regulator  45.83 
 
 		 180 aa  60.5  0.000000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.00000000000063084  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0094  DNA binding domain-containing protein  52.08 
 
 		 87 aa  58.9  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0288586  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1498  DNA binding domain protein, excisionase family  45.83 
 
 		 67 aa  54.7  0.0000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0810  DNA binding domain-containing protein  44 
 
 		 60 aa  54.7  0.0000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0378139 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2438  DNA binding domain-containing protein  47.92 
 
 		 291 aa  53.5  0.0000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6047  putative PTS IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN  41.27 
 
 		 380 aa  51.6  0.000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0194  DNA binding domain-containing protein  51.06 
 
 		 303 aa  52  0.000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.741486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1738  DNA binding domain-containing protein  50 
 
 		 272 aa  51.2  0.000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3717  DNA binding domain protein, excisionase family  45.65 
 
 		 307 aa  50.4  0.000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.222458  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4820  DNA binding domain-containing protein  41.67 
 
 		 301 aa  50.1  0.000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1468  excisionase/Xis, DNA-binding  32 
 
 		 78 aa  50.1  0.000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.118441  normal  0.471472 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3620  hypothetical protein  38.6 
 
 		 302 aa  50.4  0.000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0052  DNA binding domain-containing protein  41.67 
 
 		 301 aa  49.7  0.00001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7292  DNA binding domain-containing protein  42.86 
 
 		 76 aa  50.1  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.137944  normal  0.216575 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3713  DNA binding domain-containing protein  39.58 
 
 		 301 aa  48.9  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.017295  normal  0.392744 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4502  hypothetical protein  39.58 
 
 		 301 aa  49.3  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1908  excisionase/Xis, DNA-binding  45.65 
 
 		 307 aa  48.9  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4099  DNA binding domain-containing protein  39.58 
 
 		 301 aa  49.3  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00105408  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4428  DNA binding domain-containing protein  41.67 
 
 		 301 aa  49.3  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5502  DNA binding domain-containing protein  42.55 
 
 		 291 aa  49.3  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2133  DNA binding domain-containing protein  50 
 
 		 252 aa  49.3  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3909  DNA binding domain-containing protein  39.58 
 
 		 301 aa  49.3  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00007474  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0344  DNA binding domain-containing protein  39.58 
 
 		 301 aa  49.3  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000000433328  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3784  DNA binding domain-containing protein  39.58 
 
 		 301 aa  48.9  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000134193  normal  0.867769 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4129  DNA binding domain-containing protein  39.58 
 
 		 301 aa  49.3  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000950861  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4217  DNA binding domain-containing protein  39.58 
 
 		 301 aa  49.3  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00203903  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0119  excisionase/Xis, DNA-binding  43.75 
 
 		 309 aa  49.3  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0240  DNA binding domain protein, excisionase family  39.58 
 
 		 301 aa  49.3  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.256207  hitchhiker  0.000155098 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1575  DNA binding domain-containing protein  46.15 
 
 		 293 aa  48.1  0.00004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.410844  hitchhiker  0.00561125 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4144  DNA binding domain-containing protein  37.5 
 
 		 301 aa  47.8  0.00005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0369  DNA binding domain-containing protein  39.58 
 
 		 308 aa  47.4  0.00006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.0000403691  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0057  DNA binding domain protein, excisionase family  41.67 
 
 		 126 aa  47.8  0.00006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0674  molybdate-binding domain-containing protein  40.82 
 
 		 304 aa  47  0.0001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.95042e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2195  phage transcriptional regulator, AlpA  36 
 
 		 70 aa  46.2  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.248245  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1683  DNA binding domain protein, excisionase family  33.33 
 
 		 64 aa  45.8  0.0002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.629523  decreased coverage  0.0000560234 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04063  VrlI like protein  32.79 
 
 		 65 aa  46.2  0.0002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2264  DNA binding domain protein, excisionase family  44.68 
 
 		 328 aa  46.2  0.0002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1001  DNA-binding excisionase/Xis  44.23 
 
 		 290 aa  45.4  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3430  putative transcriptional regulator  35.29 
 
 		 84 aa  45.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1059  DNA binding domain protein, excisionase family  44.23 
 
 		 292 aa  45.4  0.0003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2677  DNA binding domain protein, excisionase family  43.75 
 
 		 248 aa  45.1  0.0003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000000367572  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1174  phage transcriptional regulator, AlpA  33.33 
 
 		 65 aa  45.1  0.0004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.195229  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1062  DNA binding domain protein, excisionase family  44 
 
 		 291 aa  44.7  0.0005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1862  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 71 aa  44.3  0.0006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.382901  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2760  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 67 aa  43.9  0.0007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000466966 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3682  prophage CP4-57 regulatory protein (AlpA)  31.37 
 
 		 83 aa  43.9  0.0007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0048  DNA binding domain-containing protein  35.59 
 
 		 296 aa  43.5  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.774788 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3263  excision promoter, Xis  36 
 
 		 75 aa  42.7  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.174244 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0484  DNA binding domain-containing protein  36 
 
 		 67 aa  43.1  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.111356  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0554  phage transcriptional regulator, AlpA  31.37 
 
 		 69 aa  43.1  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2228  putative PTS IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN  36.36 
 
 		 245 aa  42.4  0.002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.193382  normal  0.0677009 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3695  putative helicase  34 
 
 		 676 aa  42.4  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.783104  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0602  DNA binding domain protein, excisionase family  30.77 
 
 		 147 aa  42  0.003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8339  excision promoter, Xis  37.5 
 
 		 74 aa  42  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3991  phage transcriptional regulator, AlpA  41.18 
 
 		 114 aa  41.6  0.004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0612  phage transcriptional regulator, AlpA  36.96 
 
 		 66 aa  40.8  0.006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.274045  normal  0.0916726 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1923  phage transcriptional regulator, AlpA  31.37 
 
 		 65 aa  40.8  0.006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.151509  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1557  molybdate-binding protein  36.67 
 
 		 317 aa  40.8  0.006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1532  DNA binding domain-containing protein  36.17 
 
 		 201 aa  40.8  0.006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  unclonable  0.0000000035753  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2705  excisionase/Xis, DNA-binding  34.78 
 
 		 77 aa  40.8  0.007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.34571  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0333  DNA binding domain protein, excisionase family  35.48 
 
 		 296 aa  40.4  0.008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0102766 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>