More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_0917 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013173  Dbac_0917  serine dehydratase alpha chain  100 
 
 		 406 aa  830    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.365161  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3111  L-serine ammonia-lyase  63.37 
 
 		 404 aa  499  1e-140  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0084  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, single chain form  57.72 
 
 		 399 aa  442  1e-123  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.644978 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3034  L-serine ammonia-lyase  54.89 
 
 		 410 aa  412  1e-114  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2070  serine dehydratase alpha chain  51.28 
 
 		 403 aa  405  1.0000000000000001e-112  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1327  serine dehydratase alpha chain  53.16 
 
 		 410 aa  405  1.0000000000000001e-112  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00016553 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3112  serine dehydratase alpha chain  48.74 
 
 		 410 aa  395  1e-109  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0667312  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33030  L-serine dehydratase  42.98 
 
 		 458 aa  330  2e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.518916  hitchhiker  0.000319155 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6246  L-serine dehydratase 1  43.27 
 
 		 455 aa  329  5.0000000000000004e-89  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.187309  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0854  hypothetical protein  42.54 
 
 		 458 aa  328  1.0000000000000001e-88  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0828  hypothetical protein  42.09 
 
 		 458 aa  327  2.0000000000000001e-88  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2808  L-serine dehydratase  42.76 
 
 		 469 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.255142  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0423  L-serine dehydratase 1  42.33 
 
 		 470 aa  326  5e-88  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.149927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0654  L-serine dehydratase 1  43.56 
 
 		 462 aa  323  3e-87  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.344045  normal  0.592232 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3700  L-serine ammonia-lyase  41.56 
 
 		 457 aa  320  3.9999999999999996e-86  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4393  L-serine ammonia-lyase  41.65 
 
 		 458 aa  318  1e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3047  L-serine dehydratase 1  42.35 
 
 		 460 aa  318  1e-85  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2900  L-serine dehydratase 1  41.83 
 
 		 458 aa  315  6e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0679  L-serine dehydratase 1  41.59 
 
 		 460 aa  315  7e-85  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16840  L-serine ammonia-lyase  41.91 
 
 		 458 aa  315  8e-85  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.128912  normal  0.527215 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1149  L-serine dehydratase 1  39.87 
 
 		 499 aa  315  9.999999999999999e-85  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6540  L-serine dehydratase 1  41.56 
 
 		 459 aa  314  9.999999999999999e-85  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00743621  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26040  L-serine dehydratase  43.83 
 
 		 458 aa  314  1.9999999999999998e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4831  L-serine ammonia-lyase  42.38 
 
 		 462 aa  314  1.9999999999999998e-84  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01684  L-serine ammonia-lyase  41.69 
 
 		 468 aa  314  1.9999999999999998e-84  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.737007  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4547  L-serine ammonia-lyase  42.42 
 
 		 462 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4369  L-serine ammonia-lyase  41.76 
 
 		 464 aa  313  3.9999999999999997e-84  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0215032  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0518  L-serine dehydratase 1  42.44 
 
 		 457 aa  313  4.999999999999999e-84  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.244314  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0116  L-serine dehydratase 1  40.13 
 
 		 460 aa  311  9e-84  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.117006  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0485  L-serine ammonia-lyase  42.48 
 
 		 461 aa  311  1e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6165  L-serine dehydratase  43.78 
 
 		 485 aa  310  2e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.137181  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3503  L-serine dehydratase 1  42.48 
 
 		 461 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0045  L-serine dehydratase  42.26 
 
 		 461 aa  309  5.9999999999999995e-83  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.388959 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3015  L-serine dehydratase 1  42.07 
 
 		 462 aa  309  5.9999999999999995e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1601  L-serine ammonia-lyase  42.01 
 
 		 464 aa  308  6.999999999999999e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3591  L-serine dehydratase 1  39.61 
 
 		 475 aa  309  6.999999999999999e-83  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1754  L-serine ammonia-lyase  41.94 
 
 		 458 aa  308  8e-83  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.120711  normal  0.244789 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0992  L-serine dehydratase 1  41.2 
 
 		 458 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2019  L-serine dehydratase 1  42 
 
 		 454 aa  308  1.0000000000000001e-82  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1343  L-serine dehydratase 1  41.69 
 
 		 453 aa  308  1.0000000000000001e-82  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2570  L-serine dehydratase 1  41.3 
 
 		 458 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5127  L-serine dehydratase 1  42.32 
 
 		 461 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5152  L-serine dehydratase 1  42.32 
 
 		 461 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3884  L-serine dehydratase 1  42.54 
 
 		 462 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3215  L-serine dehydratase 1  42.32 
 
 		 529 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2892  L-serine dehydratase 1  40.27 
 
 		 458 aa  306  4.0000000000000004e-82  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.14665  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2402  L-serine dehydratase 1  41.98 
 
 		 458 aa  306  4.0000000000000004e-82  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000825911  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1325  L-serine ammonia-lyase  39.96 
 
 		 458 aa  306  4.0000000000000004e-82  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.138393 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6183  L-serine dehydratase 1  42.26 
 
 		 457 aa  306  4.0000000000000004e-82  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0918  L-serine dehydratase 1  41.46 
 
 		 453 aa  306  5.0000000000000004e-82  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000189103  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0995  L-serine ammonia-lyase  41.81 
 
 		 490 aa  306  6e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0897  L-serine dehydratase 1  40.89 
 
 		 450 aa  306  6e-82  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.266509  normal  0.482369 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02760  L-serine ammonia-lyase  41.2 
 
 		 472 aa  305  8.000000000000001e-82  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0052  L-serine ammonia-lyase  42.54 
 
 		 462 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3144  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, single chain form  40.82 
 
 		 458 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4231  L-serine dehydratase 1  40.98 
 
 		 458 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0608  L-serine dehydratase 1  41.39 
 
 		 476 aa  305  1.0000000000000001e-81  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1625  L-serine dehydratase 1  40.22 
 
 		 457 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.701794  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2667  L-serine dehydratase 1  41.56 
 
 		 456 aa  305  1.0000000000000001e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3334  L-serine dehydratase 1  41.54 
 
 		 462 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.503028 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5047  L-serine dehydratase 1  41.36 
 
 		 464 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.533739  normal  0.269496 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0987  L-serine dehydratase 1  41.11 
 
 		 458 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1928  L-serine dehydratase 1  41.46 
 
 		 454 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.38785  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0288  L-serine ammonia-lyase  41.2 
 
 		 455 aa  304  2.0000000000000002e-81  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1902  L-serine dehydratase  41.2 
 
 		 455 aa  304  2.0000000000000002e-81  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.457679  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1946  L-serine dehydratase 1  39.96 
 
 		 458 aa  304  2.0000000000000002e-81  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5070  L-serine dehydratase 1  42.09 
 
 		 461 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4547  L-serine dehydratase 1  42.09 
 
 		 461 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2940  L-serine dehydratase 1  41.5 
 
 		 455 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.544189  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1024  L-serine dehydratase 1  40.89 
 
 		 458 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.846352 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2223  L-serine dehydratase 1  41.43 
 
 		 454 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3038  L-serine ammonia-lyase  43.74 
 
 		 459 aa  304  2.0000000000000002e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.883779 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1429  L-serine ammonia-lyase  42.29 
 
 		 463 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01946  L-serine dehydratase 1  38.99 
 
 		 457 aa  303  3.0000000000000004e-81  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0568801  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1955  L-serine ammonia-lyase  41.59 
 
 		 504 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1806  L-serine dehydratase 1  39.39 
 
 		 458 aa  303  4.0000000000000003e-81  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0700873  normal  0.0255188 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0396  L-serine ammonia-lyase  41.59 
 
 		 545 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1863  L-serine ammonia-lyase  41.59 
 
 		 504 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2711  L-serine dehydratase 1  40.65 
 
 		 458 aa  302  7.000000000000001e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.468733 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1725  L-serine ammonia-lyase  39.74 
 
 		 458 aa  302  7.000000000000001e-81  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0395889 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1625  L-serine dehydratase 1  40.09 
 
 		 458 aa  302  9e-81  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0594859  normal  0.120267 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0317  L-serine dehydratase 1  42.67 
 
 		 458 aa  302  9e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0491818 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01908  L-serine dehydratase 1  41.2 
 
 		 453 aa  301  1e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0297  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, single chain form  42.44 
 
 		 458 aa  301  1e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000246036 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04817  L-serine deaminase  41.39 
 
 		 456 aa  301  1e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71060  L-serine dehydratase  43.83 
 
 		 458 aa  301  1e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01784  L-serine deaminase I  41.56 
 
 		 454 aa  301  2e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1829  L-serine dehydratase 1  41.56 
 
 		 454 aa  301  2e-80  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.693137  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1904  L-serine dehydratase 1  41.56 
 
 		 454 aa  301  2e-80  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1374  L-serine ammonia-lyase 1  41.56 
 
 		 454 aa  301  2e-80  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.779144  normal  0.0170145 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0527  L-serine dehydratase 1  43.42 
 
 		 459 aa  301  2e-80  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3620  L-serine dehydratase 1  40.85 
 
 		 467 aa  301  2e-80  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.294532  normal  0.0574017 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0329  L-serine dehydratase 1  41.67 
 
 		 463 aa  301  2e-80  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2543  L-serine ammonia-lyase 1  41.56 
 
 		 454 aa  301  2e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.263173  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1819  L-serine dehydratase 1  41.56 
 
 		 454 aa  301  2e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.561411  normal  0.687131 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2042  L-serine dehydratase 1  41.56 
 
 		 454 aa  301  2e-80  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.247567  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01772  hypothetical protein  41.56 
 
 		 454 aa  301  2e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0770  L-serine deaminase  39.58 
 
 		 486 aa  301  2e-80  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0687547  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2075  L-serine ammonia-lyase 1  41.56 
 
 		 454 aa  300  2e-80  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04899  L-serine dehydratase  41.72 
 
 		 456 aa  300  3e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>