More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_2353 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_2353  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 330 aa  679    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000000399478  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0402  transcriptional regulator, LacI family  37.72 
 
 		 339 aa  231  2e-59  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000159796  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  33.43 
 
 		 338 aa  189  7e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0911  transcriptional regulator, LacI family  29.52 
 
 		 332 aa  175  9e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.84 
 
 		 336 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00410  transcriptional regulator, LacI family  29.46 
 
 		 337 aa  159  8e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0509  transcriptional regulator, LacI family  33.53 
 
 		 335 aa  154  1e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.0000000057395  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  30.18 
 
 		 348 aa  152  8.999999999999999e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1559  alanine racemase  30.99 
 
 		 333 aa  149  5e-35  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000066632  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.11 
 
 		 342 aa  149  7e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.11 
 
 		 342 aa  149  7e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.12 
 
 		 339 aa  149  8e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  30.12 
 
 		 333 aa  148  2.0000000000000003e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2863  putative catabolite control protein A  30.03 
 
 		 332 aa  146  6e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2548  catabolite control protein A, putative  30.03 
 
 		 332 aa  145  8.000000000000001e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.16 
 
 		 335 aa  145  1e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  30.41 
 
 		 337 aa  144  2e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3795  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.22 
 
 		 356 aa  144  2e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13150  transcriptional regulator, LacI family  30.61 
 
 		 344 aa  144  2e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.22 
 
 		 342 aa  144  2e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  30.29 
 
 		 341 aa  143  3e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.95 
 
 		 330 aa  144  3e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.92 
 
 		 335 aa  142  6e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.79 
 
 		 341 aa  142  7e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  28.1 
 
 		 341 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  28.1 
 
 		 341 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.1 
 
 		 341 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1600  LacI family transcription regulator  29.08 
 
 		 328 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.1 
 
 		 343 aa  141  9.999999999999999e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.1 
 
 		 341 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.1 
 
 		 330 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.1 
 
 		 341 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.1 
 
 		 341 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2046  LacI family transcription regulator  27.46 
 
 		 344 aa  141  9.999999999999999e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.1 
 
 		 341 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  28.1 
 
 		 341 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.1 
 
 		 341 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.1 
 
 		 341 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.1 
 
 		 343 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.1 
 
 		 341 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1550  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.78 
 
 		 328 aa  140  3e-32  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000390905  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0121  LacI family transcription regulator  29.29 
 
 		 335 aa  139  6e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0425024  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2245  LacI family transcription regulator  28.61 
 
 		 338 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.115687  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20880  transcriptional regulator, LacI family  27.63 
 
 		 343 aa  137  2e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  29.08 
 
 		 332 aa  138  2e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  25.6 
 
 		 348 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3179  transcriptional regulator, LacI family  29.53 
 
 		 355 aa  137  3.0000000000000003e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.588941  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2175  transcriptional regulator, LacI family  28.1 
 
 		 349 aa  136  4e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.408939  normal  0.717598 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0116  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.63 
 
 		 356 aa  136  5e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.48 
 
 		 337 aa  136  5e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1398  ribose operon repressor RbsR  26.05 
 
 		 334 aa  136  6.0000000000000005e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.35 
 
 		 333 aa  136  6.0000000000000005e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8463  transcriptional regulator, LacI family  28.96 
 
 		 350 aa  136  6.0000000000000005e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0746205 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  28.35 
 
 		 333 aa  135  7.000000000000001e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2170  LacI family transcription regulator  29.29 
 
 		 366 aa  135  8e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.626121  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19800  transcriptional regulator, LacI family  29.89 
 
 		 336 aa  135  9e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  28.83 
 
 		 337 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2467  LacI family transcription regulator  29.85 
 
 		 351 aa  134  1.9999999999999998e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000453597  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0168  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.11 
 
 		 347 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  28.4 
 
 		 347 aa  133  3e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  27 
 
 		 335 aa  134  3e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  28.4 
 
 		 333 aa  133  3e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3700  LacI family transcription regulator  29.33 
 
 		 349 aa  134  3e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000000696494  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  26.95 
 
 		 338 aa  134  3e-30  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0366  transcriptional regulator, LacI family  28.48 
 
 		 344 aa  133  3.9999999999999996e-30  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0919  LacI family transcription regulator  27.54 
 
 		 327 aa  133  3.9999999999999996e-30  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3351  LacI family transcription regulator  28.9 
 
 		 354 aa  133  5e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.428373  decreased coverage  0.0034898 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2790  LacI family transcription regulator  27.6 
 
 		 348 aa  133  5e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.41 
 
 		 335 aa  133  5e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0415  LacI family transcription regulator  29.34 
 
 		 335 aa  132  6e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.280412  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1824  transcriptional regulator, LacI family  27.93 
 
 		 347 aa  132  6e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.021809  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2788  transcriptional regulator, LacI family  28.06 
 
 		 339 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0182  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.11 
 
 		 347 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0061  transcriptional regulator, LacI family  29.25 
 
 		 341 aa  132  1.0000000000000001e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.408611  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3000  transcriptional regulator, LacI family  31.67 
 
 		 346 aa  131  1.0000000000000001e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0114429  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1882  LacI family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 343 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.711539 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3343  LacI family transcription regulator  29.25 
 
 		 349 aa  130  3e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.716413  normal  0.0750883 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22540  transcriptional regulator, LacI family  27.33 
 
 		 332 aa  130  3e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  27.33 
 
 		 333 aa  130  3e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  28.48 
 
 		 368 aa  130  3e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3766  LacI family transcription regulator  31.65 
 
 		 361 aa  130  3e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1856  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.11 
 
 		 342 aa  130  3e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.945809  hitchhiker  0.0011577 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3984  LacI family transcription regulator  25.9 
 
 		 339 aa  130  4.0000000000000003e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.125023  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0294  LacI family transcription regulator  28.12 
 
 		 335 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.28119  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13850  transcriptional regulator, LacI family  27.71 
 
 		 356 aa  130  4.0000000000000003e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0279  transcriptional regulator, LacI family  25.88 
 
 		 351 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2320  LacI family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 340 aa  130  5.0000000000000004e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.316441  normal  0.202359 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  26.73 
 
 		 386 aa  129  6e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0971  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.98 
 
 		 350 aa  129  6e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0355372 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0262  LacI family transcription regulator  28.75 
 
 		 344 aa  129  7.000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  27.62 
 
 		 337 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3343  ribose operon repressor RbsR  27.49 
 
 		 337 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142594  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3319  transcriptional regulator, LacI family  28.27 
 
 		 337 aa  127  2.0000000000000002e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.419074  normal  0.0675752 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2311  transcriptional regulator, LacI family  26.63 
 
 		 335 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000106518  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  26.19 
 
 		 349 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4116  alanine racemase  27.6 
 
 		 334 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2594  transcriptional regulator, LacI family  26.76 
 
 		 339 aa  127  2.0000000000000002e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1528  transcriptional regulator, LacI family  28.01 
 
 		 356 aa  127  2.0000000000000002e-28  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.126847  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27370  transcriptional regulator, LacI family  29.34 
 
 		 339 aa  127  3e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0316556  normal  0.625648 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3324  LacI family transcription regulator  28.19 
 
 		 347 aa  127  3e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.370251  normal  0.267565 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>