169 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1300 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_1300  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 		 224 aa  459  9.999999999999999e-129  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3454  cyclic nucleotide-binding domain protein  34.87 
 
 		 230 aa  106  3e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.636337  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3165  transcriptional regulator  34.36 
 
 		 230 aa  104  9e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.603206  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3481  cyclic nucleotide-binding domain protein  34.36 
 
 		 243 aa  104  9e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0295032  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1794  cyclic nucleotide-binding domain protein  33.85 
 
 		 230 aa  104  1e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3470  cyclic nucleotide-binding domain protein  33.85 
 
 		 230 aa  103  3e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3255  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  33.33 
 
 		 230 aa  101  8e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00717521  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3228  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 230 aa  101  8e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000617944  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3510  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  33.33 
 
 		 230 aa  101  8e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3162  cyclic nucleotide-binding protein  35.45 
 
 		 230 aa  100  1e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.360418  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3461  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  32.82 
 
 		 230 aa  99  5e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.308589  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0336  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  37.91 
 
 		 223 aa  96.3  4e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0158598  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2460  DNA-binding transcriptional activator YeiL  28.49 
 
 		 219 aa  93.2  3e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.572747  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2310  DNA-binding transcriptional activator YeiL  28.57 
 
 		 232 aa  91.7  9e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.143581  decreased coverage  0.000186485 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1495  cyclic nucleotide-binding protein  28.57 
 
 		 232 aa  91.3  1e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0722482  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3299  DNA-binding transcriptional activator YeiL  28.57 
 
 		 232 aa  91.3  1e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0288775  normal  0.0803895 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5589  DNA-binding transcriptional activator YeiL  29.89 
 
 		 223 aa  90.1  3e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1894  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  30.73 
 
 		 214 aa  89.7  4e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00000758315  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5089  DNA-binding transcriptional activator YeiL  29.35 
 
 		 223 aa  89.4  4e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5261  DNA-binding transcriptional activator YeiL  29.35 
 
 		 223 aa  88.6  7e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00514717  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5106  DNA-binding transcriptional activator YeiL  29.35 
 
 		 223 aa  88.6  7e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.888495  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5659  DNA-binding transcriptional activator YeiL  29.35 
 
 		 223 aa  88.6  7e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0206  transcriptional regulator  32.04 
 
 		 212 aa  88.6  7e-17  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00000707778  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5203  DNA-binding transcriptional activator YeiL  29.89 
 
 		 223 aa  88.6  7e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02092  DNA-binding transcriptional activator of stationary phase nitrogen survival  27.96 
 
 		 219 aa  88.6  8e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1485  DNA-binding transcriptional activator YeiL  27.96 
 
 		 219 aa  88.6  8e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0399687  hitchhiker  0.0009131 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02051  hypothetical protein  27.96 
 
 		 219 aa  88.6  8e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5538  DNA-binding transcriptional activator YeiL  30.43 
 
 		 223 aa  87.8  1e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5504  DNA-binding transcriptional activator YeiL  29.35 
 
 		 223 aa  87.8  1e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2299  DNA-binding transcriptional activator YeiL  27.96 
 
 		 219 aa  87.4  1e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.266371  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5533  DNA-binding transcriptional activator YeiL  29.89 
 
 		 223 aa  85.9  4e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5419  DNA-binding transcriptional activator YeiL  29.89 
 
 		 223 aa  85.9  4e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3735  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28 
 
 		 227 aa  82  0.000000000000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0522  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.94 
 
 		 224 aa  81.3  0.00000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.192194  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1761  cyclic nucleotide-binding protein  30.6 
 
 		 205 aa  80.1  0.00000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2212  cyclic nucleotide-binding protein  30.6 
 
 		 230 aa  70.5  0.00000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.328498  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2964  catabolite gene activator  30.6 
 
 		 231 aa  67.8  0.0000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.117686  normal  0.0504815 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2368  catabolite gene activator  30.05 
 
 		 231 aa  67  0.0000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3786  transcriptional regulator  29.38 
 
 		 229 aa  61.6  0.000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0919672  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2419  catabolite gene activator  28.5 
 
 		 231 aa  61.2  0.00000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1550  protein YieJ  25.26 
 
 		 212 aa  60.8  0.00000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0436  transcription regulator  24.73 
 
 		 214 aa  58.2  0.00000009  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0316636  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2731  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  22.4 
 
 		 192 aa  54.3  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.19887  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0981  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.96 
 
 		 246 aa  54.7  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0154476 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0857  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.96 
 
 		 229 aa  54.7  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0079  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.2 
 
 		 225 aa  52.4  0.000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.849443  normal  0.162256 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2644  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 248 aa  52  0.000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.446339  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3945  cAMP-regulatory protein  25.45 
 
 		 210 aa  52  0.000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3702  cAMP-regulatory protein  25.45 
 
 		 210 aa  52  0.000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0248  cAMP-regulatory protein  25.45 
 
 		 210 aa  52  0.000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.74 
 
 		 229 aa  51.2  0.00001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.98476 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4032  cAMP-regulatory protein  24.55 
 
 		 210 aa  50.8  0.00001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.203601  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0293  cAMP-regulatory protein  24.14 
 
 		 210 aa  50.4  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.160804  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3800  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.16 
 
 		 225 aa  50.4  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.83 
 
 		 227 aa  50.4  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4580  cAMP-regulatory protein  24.55 
 
 		 210 aa  50.8  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0550419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3663  cAMP-regulatory protein  24.55 
 
 		 210 aa  50.1  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0369  cAMP-regulatory protein  24.14 
 
 		 210 aa  50.1  0.00003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3737  cAMP-regulatory protein  24.55 
 
 		 210 aa  50.1  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0176942 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3771  cAMP-regulatory protein  24.55 
 
 		 210 aa  50.1  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.275024  normal  0.523362 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3951  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.98 
 
 		 220 aa  50.1  0.00003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3834  cAMP-regulatory protein  24.55 
 
 		 210 aa  50.1  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.429858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3663  cAMP-regulatory protein  24.55 
 
 		 210 aa  50.1  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.185514  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3827  cAMP-regulatory protein  24.55 
 
 		 210 aa  50.1  0.00003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3190  cAMP-regulatory protein  25 
 
 		 211 aa  49.7  0.00004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000213612  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0548  cAMP-regulatory protein  25.45 
 
 		 210 aa  49.3  0.00005  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.549862  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2016  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.35 
 
 		 229 aa  48.9  0.00006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776172  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3853  cAMP-regulatory protein  23.64 
 
 		 210 aa  48.9  0.00006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03208  DNA-binding transcriptional dual regulator  23.64 
 
 		 210 aa  48.9  0.00007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0221065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0355  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.64 
 
 		 210 aa  48.9  0.00007  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000236327  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4667  cAMP-regulatory protein  23.64 
 
 		 210 aa  48.9  0.00007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00224827  normal  0.233908 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3639  cAMP-regulatory protein  23.64 
 
 		 210 aa  48.9  0.00007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000269957 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3733  cAMP-regulatory protein  23.64 
 
 		 210 aa  48.9  0.00007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.63 
 
 		 228 aa  48.5  0.00007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03160  hypothetical protein  23.64 
 
 		 210 aa  48.9  0.00007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0202429  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3554  cAMP-regulatory protein  23.64 
 
 		 210 aa  48.9  0.00007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0355  cAMP-regulatory protein  23.64 
 
 		 210 aa  48.9  0.00007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0526852  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3553  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.41 
 
 		 348 aa  47.8  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.528491 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4121  cyclic nucleotide-binding domain protein  21.61 
 
 		 263 aa  47.8  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3784  cAMP-regulatory protein  23.64 
 
 		 210 aa  48.1  0.0001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0916512  hitchhiker  0.00483948 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0003  putative cyclic nucleotide binding protein  25.81 
 
 		 226 aa  48.1  0.0001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000897853  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2191  cAMP-regulatory protein  23.28 
 
 		 210 aa  47.8  0.0001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5297  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.64 
 
 		 248 aa  47.8  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1312  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 209 aa  47  0.0002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.000433355  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4136  cyclic nucleotide-binding domain protein  21.61 
 
 		 233 aa  47  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0662  cAMP-regulatory protein  24.14 
 
 		 211 aa  47.4  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000339306  hitchhiker  0.000137041 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3873  cAMP-regulatory protein  24.14 
 
 		 211 aa  47.4  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000105148  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1271  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.65 
 
 		 350 aa  46.6  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002279  cyclic AMP receptor protein  22.41 
 
 		 210 aa  46.6  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3004  cAMP-regulatory protein  24.14 
 
 		 211 aa  46.6  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000032723  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1007  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  19.69 
 
 		 242 aa  46.6  0.0003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1091  CRP/FNR family transcriptional regulator  19.69 
 
 		 247 aa  46.6  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.140321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0585  cAMP-regulatory protein  24.14 
 
 		 211 aa  47  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000009188  normal  0.481967 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00075  cAMP-regulatory protein  22.41 
 
 		 210 aa  46.6  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3509  cAMP-regulatory protein  24.14 
 
 		 211 aa  46.6  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000247338  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0602  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.66 
 
 		 225 aa  46.2  0.0004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.628877 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2630  Crp/FNR family transcriptional regulator  19.29 
 
 		 249 aa  46.2  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000270783  hitchhiker  0.0000314501 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3735  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.06 
 
 		 210 aa  46.2  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1785  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.67 
 
 		 209 aa  46.2  0.0004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4486  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.7 
 
 		 248 aa  45.8  0.0005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>