228 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cag_0876 on replicon NC_007514
Organism: Chlorobium chlorochromatii CaD3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007514  Cag_0876  DNA photolyase, class 2  100 
 
 
459 aa  956    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1961  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  63.72 
 
 
468 aa  597  1e-169  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.351083  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0767  deoxyribodipyrimidine photolyase  57.24 
 
 
451 aa  536  1e-151  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.268516 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0522  DNA photolyase, class 2  52.97 
 
 
495 aa  513  1e-144  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.372488 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0527  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  48.92 
 
 
462 aa  473  1e-132  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2012  deoxyribodipyrimidine photolyase  52.25 
 
 
450 aa  471  1e-132  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2829  deoxyribodipyrimidine photolyase, putative  53.95 
 
 
461 aa  469  1.0000000000000001e-131  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.242896  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1321  deoxyribodipyrimidine photolyase  52.78 
 
 
469 aa  462  1e-129  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.533615  normal  0.0703748 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1775  deoxyribodipyrimidine photolyase  50.56 
 
 
447 aa  444  1e-123  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00154316  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0179  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  50.23 
 
 
487 aa  433  1e-120  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2851  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  50.45 
 
 
473 aa  434  1e-120  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0415  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  48.65 
 
 
452 aa  422  1e-117  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1936  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  49.36 
 
 
494 aa  405  1.0000000000000001e-112  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_30886  predicted protein  46.5 
 
 
506 aa  373  1e-102  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.25268 
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_41733  predicted protein  44.59 
 
 
477 aa  358  8e-98  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.908244  normal  0.188048 
 
 
-
 
NC_009375  OSTLU_36787  predicted protein  44.59 
 
 
477 aa  358  8e-98  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00684152  hitchhiker  0.00249943 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2693  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.21 
 
 
449 aa  352  1e-95  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_51952  class II CPD photolyase  41.33 
 
 
511 aa  349  5e-95  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3221  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.73 
 
 
448 aa  346  6e-94  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.147791  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0725  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.56 
 
 
455 aa  342  8e-93  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0663  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  41 
 
 
464 aa  341  1e-92  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04990  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.91 
 
 
466 aa  338  9.999999999999999e-92  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3500  DNA photolyase FAD-binding protein  39.41 
 
 
453 aa  337  2.9999999999999997e-91  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3129  DNA photolyase, FAD-binding  41.52 
 
 
468 aa  325  9e-88  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2139  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.87 
 
 
456 aa  318  1e-85  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4497  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  41.26 
 
 
446 aa  318  1e-85  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.112755  normal  0.578419 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3762  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.82 
 
 
462 aa  309  8e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.12101  normal  0.44256 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0155  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.15 
 
 
476 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6363  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.6 
 
 
465 aa  296  6e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.111638 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2459  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.52 
 
 
467 aa  295  1e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.343521 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2754  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.14 
 
 
467 aa  294  3e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.853539 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2531  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.88 
 
 
467 aa  288  2e-76  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.695435  normal 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_45715  predicted protein  38.53 
 
 
467 aa  263  4e-69  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.380145  normal  0.059566 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3226  DNA photolyase FAD-binding  36.25 
 
 
486 aa  249  5e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.575372  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2716  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.46 
 
 
490 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3125  DNA photolyase FAD-binding  36.05 
 
 
486 aa  243  3.9999999999999997e-63  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.848481  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3028  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  34.84 
 
 
490 aa  234  2.0000000000000002e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1430  DNA photolyase FAD-binding protein  32.7 
 
 
493 aa  233  5e-60  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4973  DNA photolyase FAD-binding protein  34.43 
 
 
496 aa  229  9e-59  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.179925 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3007  DNA photolyase FAD-binding  34.62 
 
 
493 aa  218  2e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.742505 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0288  DNA photolyase FAD-binding protein  32.21 
 
 
843 aa  204  4e-51  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1907  DNA photolyase, class 2  72.63 
 
 
104 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4086  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.34 
 
 
449 aa  84.3  0.000000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.703366  normal  0.759953 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.26 
 
 
479 aa  84  0.000000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1815  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.95 
 
 
486 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.496869  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1215  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.47 
 
 
477 aa  74.7  0.000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.300983  hitchhiker  0.000693547 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41430  Deoxyribodipyrimidine photolyase  27.2 
 
 
468 aa  72.8  0.00000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1272  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.94 
 
 
434 aa  72.4  0.00000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.73 
 
 
475 aa  72.4  0.00000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0998  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.66 
 
 
453 aa  70.1  0.00000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2714  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.05 
 
 
493 aa  70.1  0.00000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3068  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.1 
 
 
500 aa  69.7  0.0000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2357  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.32 
 
 
463 aa  69.7  0.0000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04795  photolyase  24.55 
 
 
472 aa  68.9  0.0000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.722935  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2903  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  31.19 
 
 
478 aa  68.9  0.0000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1309  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.59 
 
 
499 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0263  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.21 
 
 
490 aa  67.8  0.0000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0820  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.6 
 
 
469 aa  68.2  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.627339 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2256  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  31.5 
 
 
479 aa  68.6  0.0000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.786952  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001252  deoxyribodipyrimidine photolyase  24.6 
 
 
471 aa  67.8  0.0000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.553687  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3054  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  23.97 
 
 
505 aa  67.8  0.0000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.746759  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1165  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  24.42 
 
 
493 aa  67.4  0.0000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2677  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.1 
 
 
486 aa  67.4  0.0000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6799  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.54 
 
 
499 aa  67.4  0.0000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000114492  decreased coverage  0.000000135491 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0112  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.51 
 
 
484 aa  67  0.0000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.00531501  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2911  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.72 
 
 
534 aa  67.4  0.0000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.152719  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0636  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.1 
 
 
497 aa  67  0.0000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2800  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.1 
 
 
486 aa  67  0.0000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_49165  predicted protein  28.49 
 
 
495 aa  67  0.0000000007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.69324  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2376  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.1 
 
 
486 aa  67  0.0000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2734  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.1 
 
 
486 aa  67  0.0000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.913993  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1691  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.1 
 
 
486 aa  67  0.0000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.647987  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3211  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.19 
 
 
499 aa  67  0.0000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.941968 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2919  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.03 
 
 
478 aa  66.6  0.0000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.219923 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0575  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.37 
 
 
468 aa  66.6  0.0000000009  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  24.4 
 
 
474 aa  66.6  0.0000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5899  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.67 
 
 
519 aa  66.6  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0769953  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2178  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.67 
 
 
519 aa  66.6  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.240707  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1364  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.87 
 
 
473 aa  66.2  0.000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0237  deoxyribodipyrimidine photolyase-like  36.17 
 
 
114 aa  66.2  0.000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.969227  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4409  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.12 
 
 
504 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.421142  normal  0.735576 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0961  deoxyribodipyrimidine photolyase  24.15 
 
 
482 aa  65.9  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1759  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.03 
 
 
454 aa  65.5  0.000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0257219  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1236  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  24.47 
 
 
493 aa  65.9  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2747  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  32.3 
 
 
474 aa  65.9  0.000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00995843  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1166  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  23.84 
 
 
493 aa  65.5  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1615  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.68 
 
 
471 aa  65.5  0.000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.53 
 
 
481 aa  65.9  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3356  deoxyribodipyrimidine photolyase  31.67 
 
 
483 aa  64.7  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.617341  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4932  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  31.52 
 
 
481 aa  64.7  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3589  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.78 
 
 
483 aa  65.1  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0241  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.02 
 
 
492 aa  63.9  0.000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.76233  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4292  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  24.83 
 
 
479 aa  63.5  0.000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10630  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.04 
 
 
450 aa  63.5  0.000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0877345 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2095  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.97 
 
 
500 aa  63.2  0.000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0377  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.88 
 
 
486 aa  62.8  0.00000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.215425 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5488  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  34.13 
 
 
518 aa  63.2  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3098  deoxyribodipyrimidine photolyase  26.75 
 
 
487 aa  63.2  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.383524  normal  0.0341678 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2217  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.73 
 
 
525 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.511177  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1467  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.53 
 
 
481 aa  63.2  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>