More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_1365 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_1365  LysR family substrate binding transcriptional regulator  100 
 
 		 267 aa  559  1e-158  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.20591  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0046  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 316 aa  164  1.0000000000000001e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 317 aa  130  2.0000000000000002e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.71 
 
 		 312 aa  127  3e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.23 
 
 		 314 aa  125  5e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.09 
 
 		 322 aa  124  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.49 
 
 		 322 aa  124  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0491  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.26 
 
 		 315 aa  122  8e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0793  transcriptional regulator, LysR family  28.4 
 
 		 298 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.786364  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.46 
 
 		 329 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2866  transcriptional regulator, LysR family  29.76 
 
 		 298 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.490862  normal  0.457382 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.46 
 
 		 329 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2275  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.46 
 
 		 329 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.49 
 
 		 334 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0906  transcriptional regulator, LysR family  28 
 
 		 298 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.150508 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4195  transcriptional regulator  28.85 
 
 		 296 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.140218  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2514  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  27.68 
 
 		 315 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.06 
 
 		 348 aa  120  3e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1305  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  27.48 
 
 		 311 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.334455  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02274  DNA-binding transcriptional dual regulator  27.48 
 
 		 311 aa  119  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02235  hypothetical protein  27.48 
 
 		 311 aa  119  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 299 aa  119  4.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49110  transcriptional regulator  27.09 
 
 		 296 aa  118  7.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000474321 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3138  transcriptional regulator, LysR family  29.92 
 
 		 298 aa  118  7.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.224221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28 
 
 		 320 aa  118  9e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1293  transcriptional regulator, LysR family  27.1 
 
 		 311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002638  putative transcriptional regulator LysR family  27.41 
 
 		 316 aa  116  3e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0120713  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.27 
 
 		 328 aa  116  5e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2501  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  27.1 
 
 		 311 aa  115  5e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.987278  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0572  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 311 aa  115  8.999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.220776  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4130  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  26.62 
 
 		 307 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.10241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2802  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.06 
 
 		 323 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6156  LysR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 308 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4025  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  26.62 
 
 		 312 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4188  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  26.62 
 
 		 312 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.938307  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2940  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.06 
 
 		 328 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01684  DNA-binding transcriptional activator GcvA  26.88 
 
 		 313 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  27.42 
 
 		 295 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3951  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 295 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2723  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 310 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6449  LysR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 309 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.585538  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4080  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  26.62 
 
 		 307 aa  113  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  26.4 
 
 		 321 aa  113  3e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  26.4 
 
 		 321 aa  113  3e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2451  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  25.38 
 
 		 311 aa  113  3e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.141561  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  26.4 
 
 		 321 aa  113  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0462  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 309 aa  113  3e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.663626 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  26.4 
 
 		 321 aa  113  3e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  26.4 
 
 		 321 aa  113  3e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  26.4 
 
 		 321 aa  113  3e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  26.4 
 
 		 321 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  25.97 
 
 		 306 aa  112  4.0000000000000004e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3068  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.41 
 
 		 315 aa  112  5e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4009  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  26.34 
 
 		 312 aa  112  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3201  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 307 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5166  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 307 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.862183 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0422  transcriptional regulator LysR family  28.04 
 
 		 314 aa  111  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5113  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 307 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 307 aa  110  3e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 327 aa  110  3e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2568  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 294 aa  109  5e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 308 aa  108  8.000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4658  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  25.76 
 
 		 319 aa  108  1e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.868216  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 302 aa  108  1e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0304  LysR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 294 aa  108  1e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  26.8 
 
 		 309 aa  107  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0361  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  25.39 
 
 		 314 aa  107  2e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  29.37 
 
 		 312 aa  107  2e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 311 aa  106  3e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 311 aa  105  6e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5074  transcriptional regulator, LysR family  27.56 
 
 		 304 aa  105  7e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00820352 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  28.85 
 
 		 314 aa  105  9e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 315 aa  104  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4301  transcriptional regulator, LysR family  27.71 
 
 		 290 aa  105  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3451  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  24.34 
 
 		 323 aa  105  1e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  28.46 
 
 		 312 aa  104  1e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2120  LysR family regulatory protein  28.06 
 
 		 339 aa  103  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.246446  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1385  LysR family transcriptional regulator  24.54 
 
 		 311 aa  104  2e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.765137  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0840  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 301 aa  103  2e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0483  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 299 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1967  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 299 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.166127  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0698  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 343 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18558  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0994  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 299 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367666  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 305 aa  103  4e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0568  regulatory protein, LysR  27.67 
 
 		 300 aa  103  4e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.643445 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  25.6 
 
 		 300 aa  103  4e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0994  transcriptional regulator, LysR family  25.67 
 
 		 327 aa  103  4e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.414086  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3540  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 310 aa  102  5e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2456  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 318 aa  102  5e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 318 aa  102  6e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0752  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 292 aa  102  6e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1856  LysR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 299 aa  102  6e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144419  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 311 aa  102  6e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 305 aa  102  6e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3327  transcriptional regulator, LysR family  27.41 
 
 		 303 aa  102  7e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1466  LysR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 305 aa  102  7e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.226642 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7408  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 330 aa  102  8e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.936004 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1025  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  27.07 
 
 		 305 aa  102  9e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 305 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1887  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 295 aa  101  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>