More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_0641 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008261  CPF_0641  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  100 
 
 		 273 aa  542  1e-153  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0637  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  95.97 
 
 		 273 aa  526  1e-148  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.581706  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1777  (Formate-C-acetyltransferase)-activating enzyme  53.47 
 
 		 279 aa  272  4.0000000000000004e-72  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000493175  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1578  radical SAM family protein  48.39 
 
 		 280 aa  240  2e-62  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0135  (Formate-C-acetyltransferase)-activating enzyme  41.58 
 
 		 294 aa  230  2e-59  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.957254 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003579  radical activating enzyme  45.33 
 
 		 293 aa  204  1e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3944  radical SAM domain-containing protein  41.09 
 
 		 292 aa  200  3e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0270  radical SAM domain-containing protein  38.16 
 
 		 292 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000473608 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1084  putative 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  39.76 
 
 		 303 aa  195  7e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2401  radical SAM domain-containing protein  36.22 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.312992  unclonable  0.00000836266 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2408  radical activating enzyme  33.1 
 
 		 286 aa  186  3e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2061  Radical SAM domain protein  35.43 
 
 		 298 aa  185  6e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000000288905 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2284  radical SAM domain-containing protein  35.43 
 
 		 298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00260507  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4921  pyruvate formate lyase activating enzyme  35.16 
 
 		 287 aa  182  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4886  pyruvate formate lyase activating enzyme  35.16 
 
 		 287 aa  182  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0614153  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4819  pyruvate formate lyase activating enzyme  35.16 
 
 		 287 aa  182  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.387597  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4927  radical SAM domain-containing protein  36.43 
 
 		 287 aa  182  7e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4980  pyruvate formate lyase activating enzyme  35.53 
 
 		 287 aa  181  8.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.902486  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04255  predicted pyruvate formate lyase activating enzyme  36.06 
 
 		 287 aa  181  1e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.542782  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3619  Radical SAM domain protein  36.06 
 
 		 287 aa  181  1e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4973  pyruvate formate lyase activating enzyme  35.16 
 
 		 287 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.577557  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04221  hypothetical protein  36.06 
 
 		 287 aa  181  1e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.606707  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3677  radical SAM domain-containing protein  36.06 
 
 		 287 aa  181  1e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.005025 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4923  radical SAM domain protein  37.22 
 
 		 287 aa  181  1e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4977  radical SAM domain-containing protein  37.22 
 
 		 287 aa  180  2e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.258865  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0539  radical SAM domain-containing protein  35.82 
 
 		 286 aa  180  2e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.536382  normal  0.0504206 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0267  putative pyruvate formate lyase activating enzyme  37.25 
 
 		 298 aa  180  2e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0149457 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2065  radical SAM domain-containing protein  34.38 
 
 		 300 aa  180  2e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4614  radical SAM domain-containing protein  35.69 
 
 		 287 aa  178  9e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1984  radical SAM domain-containing protein  31.17 
 
 		 320 aa  177  1e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.450438  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5892  radical SAM domain protein  36.09 
 
 		 287 aa  176  4e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1874  radical SAM domain-containing protein  33.2 
 
 		 241 aa  138  1e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02539  hypothetical protein  34.93 
 
 		 236 aa  132  5e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3258  glycyl-radical enzyme activating protein family  31.1 
 
 		 303 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.807185  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2365  glycyl-radical enzyme activating protein family  32.26 
 
 		 306 aa  124  2e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000514278  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3054  radical-activating enzyme  31.98 
 
 		 302 aa  121  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.969131  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1176  glycyl-radical activating protein  29.84 
 
 		 306 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2966  glycyl-radical activating family protein  32.91 
 
 		 297 aa  120  3e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2752  glycyl-radical activating family protein  31.91 
 
 		 310 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0916  pyruvate-formate lyase-activating enzyme  31.43 
 
 		 306 aa  116  3e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0858803  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0367  glycyl-radical enzyme activating protein family  30.11 
 
 		 310 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1396  glycerol dehydratase activating enzyme  31.58 
 
 		 322 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.214688  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0980  glycyl-radical activating family protein  32.93 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.131362 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3715  glycyl-radical enzyme activating protein family  29.62 
 
 		 316 aa  110  3e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3544  glycyl-radical enzyme activating protein family  29.77 
 
 		 316 aa  109  5e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4091  glycyl-radical enzyme activating protein family  30.65 
 
 		 305 aa  109  6e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1073  glycyl-radical enzyme activating protein family  33.33 
 
 		 298 aa  108  9.000000000000001e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.949815  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0168  glycyl-radical enzyme activating protein family  33.33 
 
 		 303 aa  107  2e-22  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.465492  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2102  pyruvate formate-lyase-activating enzyme, putative  25.74 
 
 		 298 aa  106  3e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.510382  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2477  glycyl-radical enzyme activating protein family  30.26 
 
 		 310 aa  106  4e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.731109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3277  glycyl-radical activating family protein  29.63 
 
 		 318 aa  105  8e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1418  glycyl-radical activating family protein  31.8 
 
 		 315 aa  105  1e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0207  glycyl-radical activating family protein  29.84 
 
 		 306 aa  104  2e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3704  glycyl-radical enzyme activating protein family  28.02 
 
 		 304 aa  103  3e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4904  glycyl-radical enzyme activating protein family  29.46 
 
 		 327 aa  103  4e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1438  glycyl-radical enzyme activating protein family  29.46 
 
 		 301 aa  102  7e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1605  pyruvate-formate lyase activating enzyme  29.73 
 
 		 266 aa  100  2e-20  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3281  radical-activating enzyme  31.58 
 
 		 320 aa  99.8  5e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1358  glycyl-radical enzyme activating protein family  29.28 
 
 		 310 aa  99.4  6e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2219  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  30.68 
 
 		 246 aa  98.2  1e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.542279 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1272  radical-activating enzyme  27.91 
 
 		 309 aa  97.8  2e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1247  glycyl-radical enzyme activating protein family  29.65 
 
 		 299 aa  97.8  2e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1707  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  30.61 
 
 		 246 aa  97.8  2e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0231805 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1671  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  28.98 
 
 		 246 aa  97.4  2e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0803873  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0490  glycyl-radical activating family protein  30.38 
 
 		 307 aa  96.7  4e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.164514 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00906  pyruvate formate lyase activating enzyme 1  30.28 
 
 		 246 aa  96.3  5e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.84876  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2741  pyruvate formate-lyase activating enzyme  30.28 
 
 		 246 aa  96.3  5e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00913  hypothetical protein  30.28 
 
 		 246 aa  96.3  5e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.880778  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1008  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  30.28 
 
 		 246 aa  96.3  5e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.312248  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2694  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  30.28 
 
 		 246 aa  96.3  5e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.489101 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1063  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  30.28 
 
 		 246 aa  96.3  5e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2426  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  30.28 
 
 		 255 aa  96.3  5e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0764987  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2474  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  28.23 
 
 		 245 aa  95.9  7e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17450  glycyl-radical enzyme activator family protein  29.66 
 
 		 311 aa  95.5  8e-19  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.478583  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2884  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  29.8 
 
 		 246 aa  95.5  8e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00506631  hitchhiker  0.00000444162 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2379  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  31.17 
 
 		 246 aa  95.5  8e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0648375  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2672  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  30.74 
 
 		 246 aa  95.5  8e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.209524  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2913  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  30.67 
 
 		 246 aa  94.4  2e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2691  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  30.74 
 
 		 246 aa  94  2e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00335137  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1422  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  29.88 
 
 		 246 aa  94.7  2e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1618  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  29.72 
 
 		 244 aa  94  2e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.344326  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2591  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  29.72 
 
 		 244 aa  94  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1728  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  29.48 
 
 		 246 aa  94.4  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.548183  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1693  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  30.74 
 
 		 246 aa  94  2e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00927712  hitchhiker  0.00567391 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2245  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  29.08 
 
 		 246 aa  94  2e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2770  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  30.74 
 
 		 246 aa  94  2e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.789492  normal  0.831123 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1996  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  29.48 
 
 		 246 aa  94.4  2e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0980  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  30 
 
 		 265 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.777271  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1460  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  29.15 
 
 		 246 aa  94.4  2e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2192  glycyl-radical activating family protein  27.94 
 
 		 307 aa  93.6  3e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1560  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  30.67 
 
 		 246 aa  93.6  3e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0861855  normal  0.127939 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1554  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  30.67 
 
 		 246 aa  93.6  3e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.202343 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0975  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  29.6 
 
 		 265 aa  93.2  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.462536  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1068  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  29.6 
 
 		 265 aa  93.2  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.763935 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1003  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  29.6 
 
 		 265 aa  93.2  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2500  glycyl-radical enzyme activating protein family  28.57 
 
 		 294 aa  93.2  4e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1493  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  30.22 
 
 		 246 aa  93.2  4e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0621061  normal  0.601453 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2679  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  29.6 
 
 		 265 aa  93.2  4e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1034  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  29.6 
 
 		 265 aa  93.2  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.633483  normal  0.712061 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1083  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  29.6 
 
 		 265 aa  93.2  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.704189  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>