267 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_003579 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013456  VEA_003579  radical activating enzyme  100 
 
 
293 aa  610  1e-173  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02539  hypothetical protein  75.21 
 
 
236 aa  385  1e-106  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1084  putative 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  60.21 
 
 
303 aa  379  1e-104  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3944  radical SAM domain-containing protein  57.49 
 
 
292 aa  357  9e-98  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0267  putative pyruvate formate lyase activating enzyme  57.09 
 
 
298 aa  353  1e-96  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0149457 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0270  radical SAM domain-containing protein  57.44 
 
 
292 aa  353  1e-96  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000473608 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2284  radical SAM domain-containing protein  55.83 
 
 
298 aa  352  5e-96  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00260507  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2061  Radical SAM domain protein  56.03 
 
 
298 aa  351  8.999999999999999e-96  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  unclonable  0.00000000000288905 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2408  radical activating enzyme  55.83 
 
 
286 aa  350  2e-95  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2401  radical SAM domain-containing protein  56.03 
 
 
298 aa  343  1e-93  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.312992  unclonable  0.00000836266 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2065  radical SAM domain-containing protein  53.87 
 
 
300 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1984  radical SAM domain-containing protein  49.68 
 
 
320 aa  333  2e-90  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.450438  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4886  pyruvate formate lyase activating enzyme  50.93 
 
 
287 aa  291  8e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0614153  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4921  pyruvate formate lyase activating enzyme  50.93 
 
 
287 aa  291  9e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4819  pyruvate formate lyase activating enzyme  50.19 
 
 
287 aa  289  3e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.387597  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4973  pyruvate formate lyase activating enzyme  50.56 
 
 
287 aa  289  4e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.577557  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4980  pyruvate formate lyase activating enzyme  50.56 
 
 
287 aa  288  6e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.902486  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3677  radical SAM domain-containing protein  49.63 
 
 
287 aa  285  7e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.005025 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04255  predicted pyruvate formate lyase activating enzyme  49.11 
 
 
287 aa  283  4.0000000000000003e-75  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.542782  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3619  Radical SAM domain protein  49.11 
 
 
287 aa  283  4.0000000000000003e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04221  hypothetical protein  49.11 
 
 
287 aa  283  4.0000000000000003e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.606707  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4927  radical SAM domain-containing protein  49.26 
 
 
287 aa  282  4.0000000000000003e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4977  radical SAM domain-containing protein  49.11 
 
 
287 aa  281  1e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.258865  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4614  radical SAM domain-containing protein  48.75 
 
 
287 aa  280  2e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0539  radical SAM domain-containing protein  48 
 
 
286 aa  278  8e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.536382  normal  0.0504206 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4923  radical SAM domain protein  48.4 
 
 
287 aa  277  1e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5892  radical SAM domain protein  48.53 
 
 
287 aa  276  4e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1777  (Formate-C-acetyltransferase)-activating enzyme  40.28 
 
 
279 aa  207  2e-52  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000493175  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0637  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  44.39 
 
 
273 aa  198  7e-50  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.581706  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0641  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  45.33 
 
 
273 aa  198  7.999999999999999e-50  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0135  (Formate-C-acetyltransferase)-activating enzyme  41.6 
 
 
294 aa  194  2e-48  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.957254 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1578  radical SAM family protein  42.23 
 
 
280 aa  191  2e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1874  radical SAM domain-containing protein  35.74 
 
 
241 aa  160  3e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0207  glycyl-radical activating family protein  29.39 
 
 
306 aa  108  7.000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2477  glycyl-radical enzyme activating protein family  28.74 
 
 
310 aa  108  8.000000000000001e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.731109  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2365  glycyl-radical enzyme activating protein family  31.91 
 
 
306 aa  106  4e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000514278  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3258  glycyl-radical enzyme activating protein family  26.57 
 
 
303 aa  105  1e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.807185  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2752  glycyl-radical activating family protein  27.6 
 
 
310 aa  104  2e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3715  glycyl-radical enzyme activating protein family  27.65 
 
 
316 aa  99  9e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1396  glycerol dehydratase activating enzyme  27.24 
 
 
322 aa  97.8  2e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.214688  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1176  glycyl-radical activating protein  28.7 
 
 
306 aa  96.3  5e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2192  glycyl-radical activating family protein  27.95 
 
 
307 aa  92  9e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2820  pyruvate formate-lyase activating enzyme  28.19 
 
 
250 aa  91.7  1e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000000272816  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0367  glycyl-radical enzyme activating protein family  26.07 
 
 
310 aa  91.7  1e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1999  pyruvate-formate lyase activating enzyme  29.77 
 
 
263 aa  92  1e-17  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.637211  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0980  glycyl-radical activating family protein  28.57 
 
 
297 aa  91.3  2e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.131362 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2102  pyruvate formate-lyase-activating enzyme, putative  26.64 
 
 
298 aa  90.9  3e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.510382  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0916  pyruvate-formate lyase-activating enzyme  28 
 
 
306 aa  90.5  3e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0858803  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4091  glycyl-radical enzyme activating protein family  28.85 
 
 
305 aa  89.7  5e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3704  glycyl-radical enzyme activating protein family  27.42 
 
 
304 aa  89.4  6e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17450  glycyl-radical enzyme activator family protein  27.71 
 
 
311 aa  88.2  1e-16  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.478583  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3544  glycyl-radical enzyme activating protein family  24.81 
 
 
316 aa  87.8  2e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1247  glycyl-radical enzyme activating protein family  28.31 
 
 
299 aa  87.8  2e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2500  glycyl-radical enzyme activating protein family  27.8 
 
 
294 aa  87.8  2e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1073  glycyl-radical enzyme activating protein family  25.64 
 
 
298 aa  87.4  3e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.949815  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23160  pyruvate formate-lyase activating enzyme  26.81 
 
 
247 aa  86.7  4e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0168  glycyl-radical enzyme activating protein family  26.38 
 
 
303 aa  86.7  5e-16  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.465492  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2966  glycyl-radical activating family protein  27.27 
 
 
297 aa  86.7  5e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1272  radical-activating enzyme  26.32 
 
 
309 aa  84  0.000000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2581  pyruvate formate-lyase activating enzyme  27.89 
 
 
240 aa  84  0.000000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1728  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  25.85 
 
 
246 aa  83.2  0.000000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.548183  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0980  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  27.95 
 
 
265 aa  83.2  0.000000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.777271  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3054  radical-activating enzyme  24.54 
 
 
302 aa  83.2  0.000000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.969131  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2219  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  27.05 
 
 
246 aa  83.2  0.000000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.542279 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1996  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  27.12 
 
 
246 aa  82.8  0.000000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1083  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  27.18 
 
 
265 aa  82.8  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.704189  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1068  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  27.18 
 
 
265 aa  82.8  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.763935 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1034  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  27.18 
 
 
265 aa  82.8  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.633483  normal  0.712061 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0975  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  27.18 
 
 
265 aa  82.8  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.462536  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1003  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  27.18 
 
 
265 aa  82.8  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1722  pyruvate formate-lyase activating enzyme  25.66 
 
 
293 aa  82  0.00000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.461343  normal  0.162758 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1605  pyruvate-formate lyase activating enzyme  27.04 
 
 
266 aa  80.9  0.00000000000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2346  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  25.61 
 
 
246 aa  80.5  0.00000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0506  pyruvate formate-lyase activating enzyme  21.8 
 
 
238 aa  80.1  0.00000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0339577  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1701  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  26.92 
 
 
246 aa  79.7  0.00000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.276107 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2379  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  24.14 
 
 
246 aa  79  0.00000000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0648375  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0432  pyruvate formate-lyase activating enzyme  28.93 
 
 
243 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1435  glycyl-radical enzyme activating protein family  25.4 
 
 
312 aa  79  0.0000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2672  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  24.48 
 
 
246 aa  79  0.0000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.209524  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2679  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  26.3 
 
 
265 aa  77.8  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2691  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  23.73 
 
 
246 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00335137  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1438  glycyl-radical enzyme activating protein family  27.27 
 
 
301 aa  78.2  0.0000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2245  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  24.91 
 
 
246 aa  77.8  0.0000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1693  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  23.73 
 
 
246 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00927712  hitchhiker  0.00567391 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1618  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  26.3 
 
 
244 aa  78.2  0.0000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.344326  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1422  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  24.57 
 
 
246 aa  77.8  0.0000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2591  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  26.3 
 
 
244 aa  78.2  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2770  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  23.73 
 
 
246 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.789492  normal  0.831123 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2913  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  24.29 
 
 
246 aa  77  0.0000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1493  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  24.21 
 
 
246 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0621061  normal  0.601453 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3308  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  25.61 
 
 
246 aa  77  0.0000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.760643  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1560  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  23.86 
 
 
246 aa  76.6  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0861855  normal  0.127939 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1541  glycyl-radical activating protein  23.08 
 
 
348 aa  76.3  0.0000000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.883211  normal  0.703307 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0297  pyruvate formate-lyase activating enzyme  27.17 
 
 
247 aa  75.9  0.0000000000007  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1554  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  23.86 
 
 
246 aa  75.9  0.0000000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.202343 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0482  pyruvate formate-lyase-activating enzyme  28.29 
 
 
243 aa  75.1  0.000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0510  pyruvate formate-lyase-activating enzyme  28.29 
 
 
243 aa  75.1  0.000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0491  pyruvate formate-lyase-activating enzyme  28.29 
 
 
243 aa  75.1  0.000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0890  pyruvate formate-lyase activating  25.3 
 
 
275 aa  75.5  0.000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.999298  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4810  pyruvate formate-lyase-activating enzyme  26.29 
 
 
243 aa  75.1  0.000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>