More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A4980 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011205  SeD_A4980  pyruvate formate lyase activating enzyme  100 
 
 		 287 aa  594  1e-169  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.902486  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4921  pyruvate formate lyase activating enzyme  99.65 
 
 		 287 aa  592  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4886  pyruvate formate lyase activating enzyme  99.3 
 
 		 287 aa  590  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0614153  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4819  pyruvate formate lyase activating enzyme  98.61 
 
 		 287 aa  585  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.387597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4973  pyruvate formate lyase activating enzyme  98.61 
 
 		 287 aa  586  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.577557  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04255  predicted pyruvate formate lyase activating enzyme  80.84 
 
 		 287 aa  489  1e-137  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.542782  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3619  Radical SAM domain protein  80.84 
 
 		 287 aa  489  1e-137  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4927  radical SAM domain-containing protein  81.18 
 
 		 287 aa  490  1e-137  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04221  hypothetical protein  80.84 
 
 		 287 aa  489  1e-137  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.606707  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4977  radical SAM domain-containing protein  80.84 
 
 		 287 aa  488  1e-137  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.258865  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3677  radical SAM domain-containing protein  80.49 
 
 		 287 aa  484  1e-136  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.005025 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4614  radical SAM domain-containing protein  80.14 
 
 		 287 aa  485  1e-136  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4923  radical SAM domain protein  80.49 
 
 		 287 aa  487  1e-136  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5892  radical SAM domain protein  80.49 
 
 		 287 aa  484  1e-136  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0539  radical SAM domain-containing protein  70.38 
 
 		 286 aa  421  1e-117  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.536382  normal  0.0504206 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0267  putative pyruvate formate lyase activating enzyme  54.36 
 
 		 298 aa  326  3e-88  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0149457 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0270  radical SAM domain-containing protein  52.58 
 
 		 292 aa  324  9e-88  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000473608 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3944  radical SAM domain-containing protein  52.07 
 
 		 292 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2284  radical SAM domain-containing protein  51.72 
 
 		 298 aa  317  2e-85  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00260507  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2061  Radical SAM domain protein  51.72 
 
 		 298 aa  315  7e-85  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000000288905 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2401  radical SAM domain-containing protein  52.41 
 
 		 298 aa  315  7e-85  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.312992  unclonable  0.00000836266 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2065  radical SAM domain-containing protein  51.37 
 
 		 300 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2408  radical activating enzyme  51.75 
 
 		 286 aa  311  6.999999999999999e-84  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1984  radical SAM domain-containing protein  46.08 
 
 		 320 aa  302  5.000000000000001e-81  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.450438  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1084  putative 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  47.22 
 
 		 303 aa  294  1e-78  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003579  radical activating enzyme  50.56 
 
 		 293 aa  288  6e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02539  hypothetical protein  45.76 
 
 		 236 aa  219  3.9999999999999997e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0135  (Formate-C-acetyltransferase)-activating enzyme  39.93 
 
 		 294 aa  214  1.9999999999999998e-54  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.957254 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1777  (Formate-C-acetyltransferase)-activating enzyme  39.33 
 
 		 279 aa  203  3e-51  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000493175  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1578  radical SAM family protein  41.7 
 
 		 280 aa  202  7e-51  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0641  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  35.53 
 
 		 273 aa  177  1e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0637  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  35.16 
 
 		 273 aa  177  2e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.581706  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1874  radical SAM domain-containing protein  37.72 
 
 		 241 aa  174  9.999999999999999e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0980  glycyl-radical activating family protein  30.67 
 
 		 297 aa  122  5e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.131362 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3258  glycyl-radical enzyme activating protein family  27.24 
 
 		 303 aa  121  9.999999999999999e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.807185  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2365  glycyl-radical enzyme activating protein family  32.09 
 
 		 306 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000514278  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2477  glycyl-radical enzyme activating protein family  27.68 
 
 		 310 aa  118  9e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.731109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2192  glycyl-radical activating family protein  32.45 
 
 		 307 aa  112  6e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0168  glycyl-radical enzyme activating protein family  28.79 
 
 		 303 aa  109  5e-23  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.465492  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2102  pyruvate formate-lyase-activating enzyme, putative  31.33 
 
 		 298 aa  107  2e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.510382  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3054  radical-activating enzyme  30.15 
 
 		 302 aa  104  2e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.969131  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1247  glycyl-radical enzyme activating protein family  24.41 
 
 		 299 aa  103  2e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2966  glycyl-radical activating family protein  28.81 
 
 		 297 aa  104  2e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0207  glycyl-radical activating family protein  32.32 
 
 		 306 aa  103  4e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4091  glycyl-radical enzyme activating protein family  28.23 
 
 		 305 aa  102  6e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3704  glycyl-radical enzyme activating protein family  27.78 
 
 		 304 aa  102  1e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2752  glycyl-radical activating family protein  27.46 
 
 		 310 aa  99.4  7e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3391  pyruvate formate-lyase activating enzyme  29.44 
 
 		 249 aa  97.8  2e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0513  pyruvate formate-lyase-activating enzyme  30.24 
 
 		 243 aa  97.1  3e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1272  radical-activating enzyme  30.15 
 
 		 309 aa  97.1  3e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0482  pyruvate formate-lyase-activating enzyme  29.84 
 
 		 243 aa  96.7  4e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0510  pyruvate formate-lyase-activating enzyme  29.84 
 
 		 243 aa  96.7  4e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0491  pyruvate formate-lyase-activating enzyme  29.84 
 
 		 243 aa  96.7  4e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3715  glycyl-radical enzyme activating protein family  26.69 
 
 		 316 aa  96.3  5e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0425  formate acetyltransferase activating enzyme (pyruvate formate-lyase activating enzyme)  29.96 
 
 		 243 aa  95.9  7e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1176  glycyl-radical activating protein  30.27 
 
 		 306 aa  95.5  9e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0564  pyruvate formate-lyase-activating enzyme  29.96 
 
 		 243 aa  95.1  1e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0421  formate acetyltransferase activating enzyme (pyruvate formate-lyase activating enzyme)  29.96 
 
 		 243 aa  95.5  1e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0566  pyruvate formate-lyase-activating enzyme  29.96 
 
 		 243 aa  95.1  1e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1396  glycerol dehydratase activating enzyme  29.88 
 
 		 322 aa  95.1  1e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.214688  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0432  pyruvate formate-lyase activating enzyme  29.44 
 
 		 243 aa  95.1  1e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4810  pyruvate formate-lyase-activating enzyme  29.84 
 
 		 243 aa  94.7  1e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0367  glycyl-radical enzyme activating protein family  25.77 
 
 		 310 aa  95.1  1e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17450  glycyl-radical enzyme activator family protein  28.87 
 
 		 311 aa  94  3e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.478583  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0427  pyruvate formate-lyase activating enzyme  30.24 
 
 		 243 aa  93.6  4e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1438  glycyl-radical enzyme activating protein family  27.31 
 
 		 301 aa  92.4  8e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2820  pyruvate formate-lyase activating enzyme  29.82 
 
 		 250 aa  92  9e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000000272816  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1435  glycyl-radical enzyme activating protein family  31.09 
 
 		 312 aa  90.9  2e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1999  pyruvate-formate lyase activating enzyme  27.52 
 
 		 263 aa  91.3  2e-17  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.637211  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0943  pyruvate-formate lyase-activating enzyme  30.09 
 
 		 318 aa  90.5  3e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0115559  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1073  glycyl-radical enzyme activating protein family  23.16 
 
 		 298 aa  89.7  4e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.949815  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1358  glycyl-radical enzyme activating protein family  28.88 
 
 		 310 aa  90.1  4e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2500  glycyl-radical enzyme activating protein family  27.78 
 
 		 294 aa  89.7  4e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1605  pyruvate-formate lyase activating enzyme  28.96 
 
 		 266 aa  89.7  5e-17  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1722  pyruvate formate-lyase activating enzyme  27.14 
 
 		 293 aa  89  8e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.461343  normal  0.162758 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23160  pyruvate formate-lyase activating enzyme  28.23 
 
 		 247 aa  87.8  2e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3544  glycyl-radical enzyme activating protein family  26.4 
 
 		 316 aa  87.8  2e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2581  pyruvate formate-lyase activating enzyme  29.52 
 
 		 240 aa  87  4e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16340  pyruvate formate-lyase 1-activating enzyme  27.5 
 
 		 287 aa  86.7  4e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.243728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0490  glycyl-radical activating family protein  31.06 
 
 		 307 aa  86.7  4e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.164514 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0506  pyruvate formate-lyase activating enzyme  25.76 
 
 		 238 aa  86.7  4e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0339577  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1460  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  28.06 
 
 		 246 aa  86.3  5e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0916  pyruvate-formate lyase-activating enzyme  26.26 
 
 		 306 aa  85.9  6e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0858803  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1953  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  31.6 
 
 		 245 aa  85.5  8e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0325  pyruvate formate-lyase-activating enzyme  27.11 
 
 		 258 aa  85.1  0.000000000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.719518  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1542  pyruvate formate-lyase activating enzyme  29.08 
 
 		 259 aa  84.3  0.000000000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00863407  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3308  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  27.27 
 
 		 246 aa  83.6  0.000000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.760643  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2672  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  28.94 
 
 		 246 aa  83.2  0.000000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.209524  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1728  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  29.2 
 
 		 246 aa  82.8  0.000000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.548183  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1996  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  29.2 
 
 		 246 aa  82.4  0.000000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2426  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  29.27 
 
 		 255 aa  82.4  0.000000000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0764987  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0038  pyruvate formate-lyase activating enzyme  27.05 
 
 		 229 aa  82.4  0.000000000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2691  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  28.42 
 
 		 246 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00335137  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1693  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  28.42 
 
 		 246 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00927712  hitchhiker  0.00567391 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1586  glycyl-radical enzyme activating protein family  30.22 
 
 		 314 aa  81.6  0.00000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0487316  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1418  glycyl-radical activating family protein  26.42 
 
 		 315 aa  81.6  0.00000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2770  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  28.42 
 
 		 246 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.789492  normal  0.831123 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003978  pyruvate formate-lyase activating enzyme  31.67 
 
 		 246 aa  82  0.00000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0980  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  29.33 
 
 		 265 aa  81.6  0.00000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.777271  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00913  hypothetical protein  29.33 
 
 		 246 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.880778  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>