More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_1358 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_1358  glycyl-radical enzyme activating protein family  100 
 
 		 310 aa  646    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3281  radical-activating enzyme  61.61 
 
 		 320 aa  391  1e-108  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1418  glycyl-radical activating family protein  58.9 
 
 		 315 aa  360  2e-98  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3277  glycyl-radical activating family protein  54.98 
 
 		 318 aa  352  2.9999999999999997e-96  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4904  glycyl-radical enzyme activating protein family  51.88 
 
 		 327 aa  337  9.999999999999999e-92  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0943  pyruvate-formate lyase-activating enzyme  49.52 
 
 		 318 aa  301  1e-80  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0115559  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3544  glycyl-radical enzyme activating protein family  43.51 
 
 		 316 aa  290  3e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3715  glycyl-radical enzyme activating protein family  42.21 
 
 		 316 aa  272  6e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1396  glycerol dehydratase activating enzyme  40.79 
 
 		 322 aa  241  1e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.214688  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2966  glycyl-radical activating family protein  40.33 
 
 		 297 aa  232  6e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2477  glycyl-radical enzyme activating protein family  37.83 
 
 		 310 aa  229  3e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.731109  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4091  glycyl-radical enzyme activating protein family  40.8 
 
 		 305 aa  228  7e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0207  glycyl-radical activating family protein  40.4 
 
 		 306 aa  226  3e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1176  glycyl-radical activating protein  41.06 
 
 		 306 aa  225  6e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0916  pyruvate-formate lyase-activating enzyme  40.4 
 
 		 306 aa  224  1e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0858803  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0980  glycyl-radical activating family protein  41.33 
 
 		 297 aa  224  1e-57  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.131362 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2500  glycyl-radical enzyme activating protein family  39.27 
 
 		 294 aa  223  4e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0168  glycyl-radical enzyme activating protein family  39.93 
 
 		 303 aa  223  4e-57  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.465492  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2752  glycyl-radical activating family protein  41.67 
 
 		 310 aa  221  9.999999999999999e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1272  radical-activating enzyme  40.94 
 
 		 309 aa  220  1.9999999999999999e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2365  glycyl-radical enzyme activating protein family  39.47 
 
 		 306 aa  219  3e-56  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000514278  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1247  glycyl-radical enzyme activating protein family  38.83 
 
 		 299 aa  218  1e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1438  glycyl-radical enzyme activating protein family  40.39 
 
 		 301 aa  217  2e-55  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2102  pyruvate formate-lyase-activating enzyme, putative  37.79 
 
 		 298 aa  213  2.9999999999999995e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.510382  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0490  glycyl-radical activating family protein  40.4 
 
 		 307 aa  212  4.9999999999999996e-54  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.164514 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2144  glycyl-radical enzyme activating protein family  40.27 
 
 		 298 aa  207  1e-52  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0367  glycyl-radical enzyme activating protein family  37.83 
 
 		 310 aa  208  1e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1073  glycyl-radical enzyme activating protein family  36.48 
 
 		 298 aa  204  1e-51  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.949815  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1586  glycyl-radical enzyme activating protein family  39.67 
 
 		 314 aa  202  6e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0487316  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3054  radical-activating enzyme  36.24 
 
 		 302 aa  202  8e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.969131  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3704  glycyl-radical enzyme activating protein family  35.5 
 
 		 304 aa  191  1e-47  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1435  glycyl-radical enzyme activating protein family  39.79 
 
 		 312 aa  187  3e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3258  glycyl-radical enzyme activating protein family  33.66 
 
 		 303 aa  182  5.0000000000000004e-45  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.807185  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3029  glycyl-radical enzyme activating protein family  35.14 
 
 		 260 aa  178  1e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1318  glycyl-radical activating family protein  37.06 
 
 		 299 aa  176  4e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0352967  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2192  glycyl-radical activating family protein  34.85 
 
 		 307 aa  175  7e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17450  glycyl-radical enzyme activator family protein  37.67 
 
 		 311 aa  174  1.9999999999999998e-42  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.478583  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0325  pyruvate formate-lyase-activating enzyme  33.44 
 
 		 258 aa  173  3.9999999999999995e-42  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.719518  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1541  glycyl-radical activating protein  35.23 
 
 		 348 aa  169  6e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.883211  normal  0.703307 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0995  glycyl-radical enzyme activating protein family  37.63 
 
 		 299 aa  169  7e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4034  glycyl-radical enzyme activating protein family  32.46 
 
 		 292 aa  168  1e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00791  predicted pyruvate formate lyase activating enzyme  35.93 
 
 		 308 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00808  hypothetical protein  35.93 
 
 		 308 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0974  glycyl-radical enzyme activating protein family  37.28 
 
 		 299 aa  166  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.232079  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0945  glycyl-radical enzyme activating protein  37.28 
 
 		 299 aa  166  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0912  glycyl-radical enzyme activating protein family  37.28 
 
 		 299 aa  166  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0885  glycyl-radical enzyme activating protein family  37.28 
 
 		 299 aa  166  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0849  glycyl-radical activating family protein  35.84 
 
 		 299 aa  166  5e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2820  glycyl-radical activating family protein  36.14 
 
 		 299 aa  166  5e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0882  glycyl-radical activating family protein  36.14 
 
 		 299 aa  166  5e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2818  glycyl-radical enzyme activating protein family  36.14 
 
 		 299 aa  166  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0425809  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0895  glycyl-radical activating family protein  36.14 
 
 		 299 aa  166  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03837  pyruvate formate lyase II activase  32.13 
 
 		 292 aa  165  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2524  glycyl-radical enzyme activating protein family  35.93 
 
 		 308 aa  166  6.9999999999999995e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.275532  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03786  hypothetical protein  32.13 
 
 		 292 aa  165  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4491  pyruvate formate lyase II activase  32.13 
 
 		 292 aa  165  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.730323  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4186  pyruvate formate lyase II activase  32.13 
 
 		 292 aa  165  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5412  pyruvate formate lyase II activase  32.13 
 
 		 279 aa  165  8e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0974  glycyl-radical enzyme activating protein  35.79 
 
 		 299 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4064  pyruvate formate lyase II activase  31.8 
 
 		 292 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4520  pyruvate formate lyase II activase  31.48 
 
 		 292 aa  165  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000270977 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4438  pyruvate formate lyase II activase  32.13 
 
 		 292 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1938  glycyl-radical enzyme activating protein family  32.34 
 
 		 273 aa  162  6e-39  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.239617  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4446  pyruvate formate lyase II activase  33.21 
 
 		 292 aa  162  6e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.193926 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4399  pyruvate formate lyase II activase  31.8 
 
 		 292 aa  162  7e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.710487  normal  0.473369 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001155  pyruvate formate-lyase activating enzyme  32.98 
 
 		 309 aa  157  2e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000234207  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3460  glycyl-radical enzyme activating protein family  36.36 
 
 		 330 aa  154  1e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2641  glycyl-radical activating family protein  33.11 
 
 		 299 aa  154  2.9999999999999998e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00101807 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1175  glycyl-radical activating family protein  34.66 
 
 		 263 aa  153  4e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0579151  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0506  pyruvate formate-lyase activating enzyme  30.66 
 
 		 238 aa  138  1e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0339577  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2581  pyruvate formate-lyase activating enzyme  39.04 
 
 		 240 aa  129  5.0000000000000004e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2719  pyruvate formate-lyase activating enzyme  28.57 
 
 		 241 aa  124  3e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0427  pyruvate formate-lyase activating enzyme  28.24 
 
 		 243 aa  123  5e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1460  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  33.66 
 
 		 246 aa  119  3.9999999999999996e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23160  pyruvate formate-lyase activating enzyme  32.7 
 
 		 247 aa  119  6e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003978  pyruvate formate-lyase activating enzyme  34.33 
 
 		 246 aa  119  7.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0513  pyruvate formate-lyase-activating enzyme  27.24 
 
 		 243 aa  119  7.999999999999999e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4810  pyruvate formate-lyase-activating enzyme  27.24 
 
 		 243 aa  119  7.999999999999999e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3308  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  35.03 
 
 		 246 aa  119  9e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.760643  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1777  (Formate-C-acetyltransferase)-activating enzyme  29.15 
 
 		 279 aa  118  9.999999999999999e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000493175  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0425  formate acetyltransferase activating enzyme (pyruvate formate-lyase activating enzyme)  27.24 
 
 		 243 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0421  formate acetyltransferase activating enzyme (pyruvate formate-lyase activating enzyme)  27.24 
 
 		 243 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0432  pyruvate formate-lyase activating enzyme  26.91 
 
 		 243 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0564  pyruvate formate-lyase-activating enzyme  27.24 
 
 		 243 aa  117  3e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2820  pyruvate formate-lyase activating enzyme  39.53 
 
 		 250 aa  117  3e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000000272816  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0566  pyruvate formate-lyase-activating enzyme  27.24 
 
 		 243 aa  117  3e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0297  pyruvate formate-lyase activating enzyme  25.5 
 
 		 247 aa  117  3.9999999999999997e-25  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1578  radical SAM family protein  26.98 
 
 		 280 aa  116  5e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0482  pyruvate formate-lyase-activating enzyme  26.58 
 
 		 243 aa  116  6e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0510  pyruvate formate-lyase-activating enzyme  26.58 
 
 		 243 aa  116  6e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0491  pyruvate formate-lyase-activating enzyme  26.58 
 
 		 243 aa  116  6e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3391  pyruvate formate-lyase activating enzyme  27.67 
 
 		 249 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2391  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  35.18 
 
 		 246 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.227753  normal  0.208715 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01544  pyruvate formate-lyase 1 activating enzyme  32.84 
 
 		 215 aa  114  2.0000000000000002e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0637  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  28.9 
 
 		 273 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.581706  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1953  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  31.84 
 
 		 245 aa  113  4.0000000000000004e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0135  (Formate-C-acetyltransferase)-activating enzyme  27.06 
 
 		 294 aa  112  9e-24  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.957254 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1422  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  31.84 
 
 		 246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2219  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  31.82 
 
 		 246 aa  110  3e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.542279 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1068  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  31.31 
 
 		 265 aa  109  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.763935 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>