170 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_3629 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008255  CHU_3629  ribosome-binding factor A  100 
 
 		 133 aa  266  5.9999999999999995e-71  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0998  ribosome-binding factor A  46.77 
 
 		 126 aa  119  9.999999999999999e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00108919  normal  0.25507 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4876  ribosome-binding factor A  43.2 
 
 		 127 aa  112  2.0000000000000002e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.26776 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4166  ribosome-binding factor A  41.67 
 
 		 127 aa  104  3e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.00000106795  hitchhiker  0.00000000804111 
 
 
-
 
NC_002950  PG0923  ribosome-binding factor A  43.75 
 
 		 111 aa  99.4  2e-20  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.816784 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1069  ribosome-binding factor A  38.39 
 
 		 130 aa  80.9  0.000000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0393  ribosome-binding factor A  35.71 
 
 		 124 aa  80.1  0.000000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.147401 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0243  hypothetical protein  31.82 
 
 		 125 aa  76.3  0.0000000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0368  ribosome-binding factor A  37.61 
 
 		 122 aa  71.6  0.000000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0159363  normal  0.435945 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1461  ribosome-binding factor A  36.61 
 
 		 123 aa  69.3  0.00000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00371256  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1310  ribosome-binding factor A  35.4 
 
 		 126 aa  67.4  0.00000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.03706  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3725  ribosome-binding factor A  29.84 
 
 		 123 aa  65.5  0.0000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0781  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 130 aa  65.9  0.0000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0301  ribosome-binding factor A  32.5 
 
 		 119 aa  62.4  0.000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000015742  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1445  ribosome-binding factor A  29.32 
 
 		 131 aa  62.4  0.000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000145103  normal  0.2265 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1778  ribosome-binding factor A  33.04 
 
 		 119 aa  61.6  0.000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00495715  normal  0.155999 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1335  ribosome-binding factor A  31.97 
 
 		 118 aa  61.2  0.000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0231832  hitchhiker  0.00144693 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3909  ribosome-binding factor A  31.97 
 
 		 118 aa  61.2  0.000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3633  ribosome-binding factor A  31.97 
 
 		 118 aa  61.2  0.000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0539851  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0403  ribosome-binding factor A  33.96 
 
 		 116 aa  61.2  0.000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000114311  normal  0.233989 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3046  ribosome-binding factor A  33.06 
 
 		 141 aa  60.8  0.000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1157  ribosome-binding factor A  31.03 
 
 		 126 aa  60.5  0.000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000826248  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1436  ribosome-binding factor A  37.21 
 
 		 118 aa  60.5  0.000000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.349731  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03290  ribosome-binding factor A  29.2 
 
 		 132 aa  60.5  0.000000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.441975  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0399  ribosome-binding factor A  32.14 
 
 		 119 aa  60.5  0.000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000842232  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07850  ribosome-binding factor A  33.04 
 
 		 122 aa  59.7  0.00000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1051  ribosome-binding factor A  30.89 
 
 		 122 aa  58.9  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000570949  hitchhiker  0.000000154001 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  31.82 
 
 		 127 aa  58.2  0.00000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1557  ribosome-binding factor A  27.2 
 
 		 119 aa  57.8  0.00000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000452845  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3223  ribosome-binding factor A  29.41 
 
 		 121 aa  57.8  0.00000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.275033 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1644  ribosome-binding factor A  30.91 
 
 		 119 aa  57.8  0.00000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1052  ribosome-binding factor A  34.4 
 
 		 132 aa  57.4  0.00000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000164371  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2350  ribosome-binding factor A  28.15 
 
 		 140 aa  57  0.00000008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.840269  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1046  ribosome-binding factor A  30.47 
 
 		 141 aa  57  0.00000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.12886  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2818  ribosome-binding factor A  26.52 
 
 		 145 aa  57  0.00000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.259467  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1210  ribosome-binding factor A  32.5 
 
 		 127 aa  57  0.00000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00755575  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0370  ribosome-binding factor A  30.83 
 
 		 116 aa  56.6  0.0000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000258707  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0837  ribosome-binding factor A  32.2 
 
 		 116 aa  55.5  0.0000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3680  ribosome-binding factor A  35.9 
 
 		 127 aa  55.5  0.0000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00259102  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1956  ribosome-binding factor A  32.17 
 
 		 120 aa  55.1  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2922  ribosome-binding factor A  27.56 
 
 		 145 aa  55.5  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0301917  normal  0.0601013 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2696  ribosome-binding factor A  27.56 
 
 		 145 aa  55.5  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.674256 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1693  ribosome-binding factor A  30.83 
 
 		 141 aa  54.7  0.0000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0101873  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0613  ribosome-binding factor A  36.36 
 
 		 136 aa  54.7  0.0000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.440259  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2610  ribosome-binding factor A  29.01 
 
 		 139 aa  54.7  0.0000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1304  ribosome-binding factor A  30.09 
 
 		 119 aa  54.7  0.0000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0293197  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3726  ribosome-binding factor A  29.09 
 
 		 142 aa  54.3  0.0000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.879451  normal  0.0692072 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2980  ribosome-binding factor A  30.09 
 
 		 119 aa  54.3  0.0000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.06185e-26 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03034  ribosome-binding factor A  27.2 
 
 		 133 aa  53.9  0.0000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.710808  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0538  ribosome-binding factor A  27.2 
 
 		 133 aa  53.9  0.0000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02985  hypothetical protein  27.2 
 
 		 133 aa  53.9  0.0000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.757266  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4488  ribosome-binding factor A  27.2 
 
 		 133 aa  53.9  0.0000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3604  ribosome-binding factor A  27.2 
 
 		 133 aa  53.9  0.0000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3359  ribosome-binding factor A  27.2 
 
 		 133 aa  53.9  0.0000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3651  ribosome-binding factor A  27.2 
 
 		 133 aa  53.9  0.0000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01271  ribosome-binding factor A  33.05 
 
 		 130 aa  53.9  0.0000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0531  ribosome-binding factor A  27.2 
 
 		 133 aa  53.9  0.0000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000335299 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3463  ribosome-binding factor A  27.2 
 
 		 133 aa  53.9  0.0000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.287723 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3604  ribosome-binding factor A  29.17 
 
 		 133 aa  53.5  0.0000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0265365 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1314  ribosome-binding factor A  35.8 
 
 		 119 aa  53.5  0.0000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1869  ribosome-binding factor A  32.81 
 
 		 131 aa  53.5  0.0000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03395  ribosome-binding factor A  30.36 
 
 		 137 aa  53.1  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4066  ribosome-binding factor A  30.11 
 
 		 134 aa  52.4  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3543  ribosome-binding factor A  26.4 
 
 		 133 aa  52  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3580  ribosome-binding factor A  26.4 
 
 		 133 aa  52  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3474  ribosome-binding factor A  26.4 
 
 		 133 aa  52.4  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1939  ribosome-binding factor A  29.66 
 
 		 116 aa  52.4  0.000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1657  ribosome-binding factor A  29.66 
 
 		 116 aa  52.4  0.000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0327  ribosome-binding factor A  38.64 
 
 		 116 aa  52.4  0.000002  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3642  ribosome-binding factor A  26.4 
 
 		 133 aa  52.4  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0838  ribosome-binding factor A  29.03 
 
 		 134 aa  52.8  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.102995 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3474  ribosome-binding factor A  26.4 
 
 		 133 aa  52.4  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002610  ribosome-binding factor A  29.91 
 
 		 131 aa  52.4  0.000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0341  ribosome-binding factor A  28.57 
 
 		 134 aa  52  0.000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3931  ribosome-binding factor A  32.43 
 
 		 133 aa  51.6  0.000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.627477  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0990  ribosome-binding factor A  29.57 
 
 		 123 aa  52  0.000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.645083  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0175  ribosome-binding factor A  29.57 
 
 		 136 aa  52  0.000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.146816  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4927  ribosome-binding factor A  31.54 
 
 		 132 aa  51.2  0.000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.128531  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1354  ribosome-binding factor A  31.82 
 
 		 117 aa  51.6  0.000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0564  ribosome-binding factor A  32.71 
 
 		 119 aa  51.6  0.000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1599  ribosome-binding factor A  32.71 
 
 		 119 aa  51.6  0.000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00660683  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0292  ribosome-binding factor A  29.73 
 
 		 151 aa  50.8  0.000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.887654  normal  0.0167928 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0927  ribosome-binding factor A  30.36 
 
 		 119 aa  51.2  0.000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.100451  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2294  ribosome-binding factor A  30.36 
 
 		 155 aa  50.8  0.000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.121706 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4619  ribosome-binding factor A  30.28 
 
 		 135 aa  50.4  0.000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.302767  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3815  ribosome-binding factor A  25 
 
 		 132 aa  50.4  0.000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.104911  normal  0.0213018 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3675  ribosome-binding factor A  28.23 
 
 		 125 aa  50.1  0.000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1356  ribosome-binding factor A  33.04 
 
 		 116 aa  50.4  0.000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.348543  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2815  ribosome-binding factor A  31.45 
 
 		 122 aa  50.1  0.000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.473664  hitchhiker  0.00211169 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2895  ribosome-binding factor A  29.75 
 
 		 137 aa  49.7  0.00001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.437558  normal  0.0229957 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26151  ribosome-binding factor A  30.09 
 
 		 142 aa  50.1  0.00001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.549053 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1902  ribosome-binding factor A  25.6 
 
 		 122 aa  50.1  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0066847  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1330  ribosome-binding factor A  33.04 
 
 		 130 aa  50.1  0.00001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.285304  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3442  ribosome-binding factor A  29.9 
 
 		 134 aa  50.1  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.728771  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1589  ribosome-binding factor A  27.27 
 
 		 118 aa  48.9  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00426148  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2819  ribosome-binding factor A  27.12 
 
 		 123 aa  49.3  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2688  ribosome-binding factor A  27.12 
 
 		 123 aa  49.3  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2665  ribosome-binding factor A  32.74 
 
 		 133 aa  48.9  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0640591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1587  ribosome-binding factor A  30.09 
 
 		 118 aa  49.3  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00540002  normal  0.129345 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0964  ribosome-binding factor A  30.71 
 
 		 122 aa  48.9  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.404033  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>