More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_3328 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007951  Bxe_A0631  LysR family transcriptional regulator  97.86 
 
 		 327 aa  649    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.764037 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3328  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 327 aa  664    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.125153 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0413  LysR family transcriptional regulator  86.04 
 
 		 341 aa  542  1e-153  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.179367 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2609  LysR family transcriptional regulator  69.38 
 
 		 310 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.379478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2745  LysR family transcriptional regulator  69.38 
 
 		 310 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0606  LysR family transcriptional regulator  69.71 
 
 		 310 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2719  LysR family transcriptional regulator  68.73 
 
 		 310 aa  436  1e-121  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0227  LysR family transcriptional regulator  68.73 
 
 		 310 aa  436  1e-121  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0712  LysR family transcriptional regulator  68.4 
 
 		 310 aa  434  1e-121  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.894566  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0891  LysR family transcriptional regulator  68.73 
 
 		 310 aa  436  1e-121  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2439  LysR family transcriptional regulator  68.73 
 
 		 310 aa  436  1e-121  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.5931  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0592  LysR family transcriptional regulator  69.06 
 
 		 310 aa  437  1e-121  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2359  LysR family transcriptional regulator  68.73 
 
 		 310 aa  436  1e-121  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0726  LysR family transcriptional regulator  68.73 
 
 		 310 aa  436  1e-121  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2720  LysR family transcriptional regulator  67.75 
 
 		 310 aa  432  1e-120  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2692  LysR family transcriptional regulator  67.75 
 
 		 325 aa  432  1e-120  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2080  LysR family transcriptional regulator  67.75 
 
 		 325 aa  432  1e-120  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6020  LysR family transcriptional regulator  68.63 
 
 		 310 aa  418  1e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.691555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18200  LysR family transcriptional regulator  45.7 
 
 		 306 aa  241  1e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0591  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 304 aa  240  2e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1579  putative transcriptional regulator  46.05 
 
 		 306 aa  239  5e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1780  LysR family substrate binding transcriptional regulator  40.26 
 
 		 306 aa  233  4.0000000000000004e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0735  transcriptional regulator, LysR family  41.47 
 
 		 301 aa  233  4.0000000000000004e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.645433  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06651  transcriptional regulator  39.93 
 
 		 309 aa  232  6e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2686  LysR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 299 aa  231  9e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0915  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  37.38 
 
 		 311 aa  231  1e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000622  transcriptional regulator  38.31 
 
 		 311 aa  231  2e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  43.15 
 
 		 303 aa  229  3e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06494  transcriptional regulator  40.07 
 
 		 301 aa  227  2e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001136  transcriptional regulator  39.6 
 
 		 307 aa  227  2e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3711  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 304 aa  226  4e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3788  LysR family transcriptional regulator  43.23 
 
 		 310 aa  226  6e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0896823  normal  0.664423 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2914  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 299 aa  224  1e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 314 aa  224  2e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 304 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_003296  RS02329  transcription regulator protein  40.61 
 
 		 306 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0102283 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1239  LysR family transcriptional regulator  40.73 
 
 		 309 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3719  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 302 aa  221  1.9999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0668479 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 306 aa  220  3e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2713  LysR family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 323 aa  220  3e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.995522  normal  0.829711 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1100  LysR, substrate-binding  40.46 
 
 		 307 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 301 aa  219  5e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 301 aa  219  5e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 301 aa  219  5e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 301 aa  219  5e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0075  transcriptional regulator, LysR family  43.96 
 
 		 304 aa  219  7e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 333 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1158  LysR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 354 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.197117  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2174  transcriptional regulator, LysR family  40.8 
 
 		 331 aa  218  8.999999999999998e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.52777  normal  0.0251381 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2603  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 555 aa  218  1e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0246  LysR family transcriptional regulator  39.14 
 
 		 308 aa  218  1e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1704  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 301 aa  217  2e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.743789  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1850  transcriptional regulator, LysR family  40.8 
 
 		 331 aa  218  2e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0195634 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0670  LysR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 312 aa  217  2e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0580  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 313 aa  216  4e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0067  transcriptional regulator, LysR family  43.62 
 
 		 304 aa  216  5e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.07 
 
 		 304 aa  216  5.9999999999999996e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0659  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.47 
 
 		 307 aa  215  7e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4453  LysR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 302 aa  215  7e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0347042 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4064  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 304 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0668  LysR family transcriptional regulator  45.18 
 
 		 309 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 311 aa  212  7.999999999999999e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 305 aa  211  9e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3218  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 319 aa  211  1e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 308 aa  211  1e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  38.72 
 
 		 300 aa  211  1e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0396  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 304 aa  211  2e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4284  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 308 aa  211  2e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0506  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 305 aa  210  3e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 300 aa  210  3e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2312  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 302 aa  208  1e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3977  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 323 aa  207  2e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4112  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 300 aa  207  2e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000269133 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0755  transcriptional regulator, LysR family  42.47 
 
 		 307 aa  207  2e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 300 aa  206  3e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3695  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 303 aa  207  3e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 307 aa  206  4e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0336  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 307 aa  206  6e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 300 aa  206  6e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 301 aa  205  7e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4154  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 303 aa  205  1e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3187  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 307 aa  204  2e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0511  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 301 aa  204  2e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.533248  hitchhiker  0.00184272 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3175  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 309 aa  203  3e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000303245 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2512  transcriptional regulator, LysR family protein  33.91 
 
 		 299 aa  203  3e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 313 aa  203  4e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 300 aa  202  5e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 300 aa  202  5e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 300 aa  202  5e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 300 aa  202  5e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 310 aa  202  5e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 300 aa  202  5e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 301 aa  202  6e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 327 aa  202  7e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 301 aa  202  7e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6245  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 294 aa  202  7e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0747669 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5101  LysR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 304 aa  202  7e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 327 aa  202  7e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 297 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 327 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>