More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6580 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008392  Bamb_6580  endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 130 aa  264  2e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.121518  normal  0.64556 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6295  endoribonuclease L-PSP  96.92 
 
 		 130 aa  255  2e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.114963  hitchhiker  0.00251827 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6135  endoribonuclease L-PSP  94.62 
 
 		 132 aa  249  9.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1302  endoribonuclease L-PSP  93.85 
 
 		 132 aa  248  2e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6528  endoribonuclease L-PSP  93.85 
 
 		 132 aa  248  2e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7050  endoribonuclease L-PSP  86.92 
 
 		 132 aa  236  9e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.130103 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3242  endoribonuclease L-PSP  83.08 
 
 		 132 aa  224  3e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.57366  normal  0.136593 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2374  endoribonuclease L-PSP  47.73 
 
 		 131 aa  124  3e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00553105 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3080  endoribonuclease L-PSP  50.4 
 
 		 134 aa  120  4e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0669156  normal  0.0908777 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3818  endoribonuclease L-PSP  44.19 
 
 		 135 aa  118  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.515952  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2477  endoribonuclease L-PSP family protein  42.42 
 
 		 132 aa  117  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.395896  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2243  endoribonuclease L-PSP  43.18 
 
 		 133 aa  117  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0340055  normal  0.738616 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4362  endoribonuclease L-PSP  50.79 
 
 		 137 aa  114  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5043  endoribonuclease L-PSP  50.79 
 
 		 137 aa  114  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.637864  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5817  endoribonuclease L-PSP  50.79 
 
 		 137 aa  114  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4322  Endoribonuclease L-PSP  48.41 
 
 		 137 aa  111  3e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.366226  normal  0.0989131 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4432  Endoribonuclease L-PSP  48.41 
 
 		 137 aa  111  3e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0220877  normal  0.494212 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1735  hypothetical protein  46.51 
 
 		 132 aa  109  1.0000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.338014  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0780  Endoribonuclease L-PSP  44.96 
 
 		 129 aa  108  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4166  endoribonuclease L-PSP  43.41 
 
 		 130 aa  105  3e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5718  Endoribonuclease L-PSP  43.41 
 
 		 132 aa  104  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.698181 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6837  endoribonuclease L-PSP  48.03 
 
 		 137 aa  103  7e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0440077  normal  0.0291041 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2736  endoribonuclease L-PSP  44.88 
 
 		 138 aa  102  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2774  Endoribonuclease L-PSP  44.19 
 
 		 132 aa  103  1e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6387  endoribonuclease L-PSP  46.83 
 
 		 137 aa  100  5e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3519  endoribonuclease L-PSP  42.64 
 
 		 131 aa  99  2e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.129578 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1711  endoribonuclease L-PSP  41.09 
 
 		 135 aa  97.1  8e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1620  endoribonuclease L-PSP family protein  41.86 
 
 		 129 aa  96.7  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.384169  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0180  endoribonuclease L-PSP  42.06 
 
 		 131 aa  96.3  1e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00581457  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1720  endoribonuclease L-PSP family protein  41.86 
 
 		 129 aa  96.3  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.195572  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04115  predicted mRNA endoribonuclease  38.76 
 
 		 131 aa  92.4  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3748  Endoribonuclease L-PSP  38.76 
 
 		 131 aa  92  2e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4836  endoribonuclease L-PSP family protein  38.76 
 
 		 131 aa  92.8  2e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4504  endoribonuclease L-PSP family protein  38.76 
 
 		 131 aa  92.4  2e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.282438  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4820  endoribonuclease L-PSP family protein  38.76 
 
 		 131 aa  92  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04079  hypothetical protein  38.76 
 
 		 131 aa  92.4  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4728  endoribonuclease L-PSP family protein  38.76 
 
 		 131 aa  92  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5769  endoribonuclease L-PSP family protein  38.76 
 
 		 131 aa  92.8  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.81717  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3764  endoribonuclease L-PSP  38.76 
 
 		 131 aa  92  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5271  endoribonuclease L-PSP  41.86 
 
 		 140 aa  90.1  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0355  endoribonuclease L-PSP  48.65 
 
 		 127 aa  89.4  1e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000606003 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0130  endoribonuclease L-PSP  37.98 
 
 		 130 aa  87.8  5e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0429607  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5303  endoribonuclease  47.75 
 
 		 126 aa  86.3  1e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.141797 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5351  endoribonuclease L-PSP  47.75 
 
 		 126 aa  86.7  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120193  normal  0.233615 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4584  endoribonuclease L-PSP  47.92 
 
 		 127 aa  86.7  1e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0241713  unclonable  0.0000000230833 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4391  endoribonuclease L-PSP  47.75 
 
 		 126 aa  86.7  1e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0665991 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5212  putative endoribonuclease L-PSP  47.75 
 
 		 126 aa  86.3  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.36615 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6115  hypothetical protein  48.65 
 
 		 126 aa  86.3  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3954  Endoribonuclease L-PSP  38.17 
 
 		 129 aa  85.5  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5714  endoribonuclease L-PSP  40.17 
 
 		 132 aa  85.9  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0170  endoribonuclease L-PSP  47.75 
 
 		 126 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0281593 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0333  putative endoribonuclease L-PSP  46.88 
 
 		 127 aa  84.7  4e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.117163 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0759  endoribonuclease L-PSP  38.17 
 
 		 134 aa  84.7  4e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70480  hypothetical protein  47.75 
 
 		 126 aa  84.3  5e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5552  endoribonuclease L-PSP  45.95 
 
 		 126 aa  84.3  6e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3500  putative endoribonuclease L-PSP  46.88 
 
 		 127 aa  83.6  9e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1357  Endoribonuclease L-PSP  38.17 
 
 		 129 aa  83.6  9e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0208  YjgF-like protein  45.95 
 
 		 126 aa  82.8  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0263  YjgF-like protein  48.96 
 
 		 127 aa  82.8  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.668867  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0072  endoribonuclease L-PSP, putative  45.05 
 
 		 126 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02800  Endoribonuclease L-PSP family protein  48.21 
 
 		 127 aa  82.4  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.140231  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3880  putative endoribonuclease L-PSP  45.83 
 
 		 127 aa  81.6  0.000000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.196354  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3756  putative mRNA endoribonuclease  38.66 
 
 		 207 aa  81.6  0.000000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3633  putative endoribonuclease L-PSP  45.83 
 
 		 127 aa  80.9  0.000000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00280207  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0358  endoribonuclease L-PSP, putative  44.79 
 
 		 127 aa  80.5  0.000000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3616  putative endoribonuclease L-PSP  44.79 
 
 		 127 aa  80.5  0.000000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0327  putative endoribonuclease L-PSP  44.79 
 
 		 127 aa  80.5  0.000000000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.701439  normal  0.523278 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2024  endoribonuclease L-PSP, putative  45.54 
 
 		 128 aa  79.7  0.00000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5597  Endoribonuclease L-PSP  36.64 
 
 		 135 aa  79.7  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3813  putative endoribonuclease L-PSP  44.79 
 
 		 127 aa  79.7  0.00000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.805449  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09920  putative translation initiation inhibitor  36.22 
 
 		 132 aa  79.3  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00640677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0352  putative endoribonuclease L-PSP  44.79 
 
 		 127 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.249855  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0350  putative endoribonuclease L-PSP  44.79 
 
 		 127 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.039857  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0360  endoribonuclease L-PSP  44.79 
 
 		 127 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000617851 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0051  endoribonuclease L-PSP  50 
 
 		 128 aa  78.6  0.00000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04775  putative transmembrane protein  37.82 
 
 		 145 aa  78.2  0.00000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05662  hypothetical protein  37.82 
 
 		 145 aa  78.2  0.00000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3436  YjgF-like protein  43.75 
 
 		 127 aa  78.2  0.00000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5952  endoribonuclease L-PSP  36.64 
 
 		 132 aa  76.6  0.00000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0362  putative endoribonuclease L-PSP  42.2 
 
 		 127 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0767  Endoribonuclease L-PSP  45.3 
 
 		 129 aa  75.5  0.0000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0528895  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3184  endoribonuclease L-PSP, putative  47.71 
 
 		 126 aa  75.5  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0637  putative endoribonuclease L-PSP  43.75 
 
 		 128 aa  75.9  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3698  peptidase S1C, Do  39.29 
 
 		 127 aa  75.5  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.239756 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0357  putative endoribonuclease L-PSP  43.75 
 
 		 127 aa  75.5  0.0000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00527339  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2367  endoribonuclease L-PSP  36.22 
 
 		 134 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0969826 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6257  endoribonuclease L-PSP  37.01 
 
 		 136 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5273  endoribonuclease L-PSP  36.09 
 
 		 134 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0885  YjgF-like protein  42.48 
 
 		 129 aa  74.7  0.0000000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2006  YjgF-like protein  42.34 
 
 		 126 aa  74.3  0.0000000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.011339 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3236  YjgF-like protein  42.86 
 
 		 129 aa  73.9  0.0000000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3087  Endoribonuclease L-PSP  39.83 
 
 		 140 aa  73.2  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1726  endoribonuclease L-PSP  41.44 
 
 		 126 aa  73.2  0.000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.622366 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3176  endoribonuclease L-PSP  39.42 
 
 		 172 aa  72  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06141  YjgF family translation initiation inhibitor  35.4 
 
 		 130 aa  72  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.617188  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05841  YjgF family translation initiation inhibitor  37.17 
 
 		 130 aa  72.4  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0821  endoribonuclease L-PSP  41.44 
 
 		 126 aa  71.6  0.000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2441  endoribonuclease L-PSP  45.54 
 
 		 127 aa  71.6  0.000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248917 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1215  YjgF-like protein  44.04 
 
 		 128 aa  70.9  0.000000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.55454  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0558  endoribonuclease L-PSP  37.17 
 
 		 130 aa  70.9  0.000000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0908554  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>