More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6236 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008392  Bamb_6236  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  100 
 
 
392 aa  816    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.6562  normal  0.612429 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1773  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  46.74 
 
 
383 aa  388  1e-106  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0119557  normal  0.0397341 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0190  Rieske (2Fe-2S) protein  35.36 
 
 
365 aa  226  7e-58  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.305045 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0074  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.69 
 
 
396 aa  219  6e-56  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4273  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.57 
 
 
356 aa  214  1.9999999999999998e-54  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.56971  normal  0.449147 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1196  Rieske (2Fe-2S) protein  33.33 
 
 
401 aa  213  3.9999999999999995e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5229  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.25 
 
 
390 aa  209  6e-53  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.395256  normal  0.666696 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6845  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.08 
 
 
398 aa  199  5e-50  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4910  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.35 
 
 
390 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.357993  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3490  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.65 
 
 
392 aa  176  5e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3483  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  27.54 
 
 
394 aa  173  5e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2624  Rieske (2Fe-2S) region  30.53 
 
 
384 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0146  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.44 
 
 
358 aa  134  1.9999999999999998e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13182  dioxygenase  28.95 
 
 
382 aa  123  6e-27  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000395149  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3465  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  26.17 
 
 
384 aa  118  9.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3165  Rieske (2Fe-2S) region  27.13 
 
 
393 aa  117  5e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1672  Rieske (2Fe-2S) protein  25.31 
 
 
393 aa  114  4.0000000000000004e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0251995  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7447  Rieske (2Fe-2S) domain protein  27.81 
 
 
398 aa  112  2.0000000000000002e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.857744 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18770  ring-hydroxylating dioxygenase, large terminal subunit  27.49 
 
 
380 aa  111  2.0000000000000002e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.760818  normal  0.333095 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3935  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.52 
 
 
385 aa  110  6e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0946647  normal  0.167315 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0538  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  24.8 
 
 
432 aa  109  7.000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0332131  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3851  Rieske (2Fe-2S) protein  28.53 
 
 
374 aa  108  1e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0219002 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2253  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  26.12 
 
 
406 aa  108  1e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.664872  normal  0.256671 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5836  Rieske (2Fe-2S) region  26.18 
 
 
373 aa  107  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2893  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  28.28 
 
 
403 aa  108  2e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.045966  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3791  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.27 
 
 
362 aa  106  8e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.71996  normal  0.360216 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0979  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  27.46 
 
 
362 aa  104  2e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2062  Rieske 2Fe-2S domain protein  27.11 
 
 
374 aa  104  2e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.901443  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1386  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  27.11 
 
 
374 aa  104  3e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.373829  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1004  Rieske (2Fe-2S) protein  27.15 
 
 
445 aa  104  3e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01772  predicted 2Fe-2S cluster-containing protein  27.11 
 
 
374 aa  103  4e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1841  Rieske (2Fe-2S) domain protein  27.11 
 
 
374 aa  103  4e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.213142  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6020  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  26.95 
 
 
382 aa  103  4e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1890  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  27.11 
 
 
374 aa  103  4e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01760  hypothetical protein  27.11 
 
 
374 aa  103  4e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2528  Rieske 2Fe-2S domain protein  27.11 
 
 
374 aa  103  4e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0428403  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2028  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  27.11 
 
 
374 aa  103  4e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.121527  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2271  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.41 
 
 
443 aa  103  6e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.516645  normal  0.774548 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1516  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  26.5 
 
 
374 aa  103  6e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1619  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  26.5 
 
 
374 aa  103  6e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1753  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  26.5 
 
 
374 aa  103  6e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000408747 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3484  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.56 
 
 
469 aa  102  2e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1952  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.49 
 
 
376 aa  102  2e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2194  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.36 
 
 
373 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.143682  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1831  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  26.82 
 
 
374 aa  100  4e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.279236 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7702  putative dioxygenase  26.68 
 
 
380 aa  100  4e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4150  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.79 
 
 
384 aa  100  6e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.288761 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3082  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  27.91 
 
 
373 aa  99.8  8e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.5055 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08656  Rieske 2Fe-2S family protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_8G06450)  24.8 
 
 
431 aa  99  1e-19  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0973  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.3 
 
 
396 aa  98.2  2e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0971663  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3539  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.12 
 
 
448 aa  98.2  2e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3468  putative iron-sulphur Rieske protein  31.11 
 
 
387 aa  98.2  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.39757 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3962  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  26.34 
 
 
423 aa  98.6  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.835969 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0407  putative Rieske-type ring dioxygenase  32.51 
 
 
387 aa  97.8  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.523707  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0324  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.04 
 
 
442 aa  97.8  3e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02037  putative dioxygenase (alpha subunit) oxidoreductase protein  32.34 
 
 
414 aa  97.4  4e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.265627 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3044  Rieske (2Fe-2S) domain protein  25.82 
 
 
369 aa  97.1  5e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000332714 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2370  Rieske (2Fe-2S) domain protein  30.77 
 
 
387 aa  96.7  7e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1782  putative ring-hydroxylating dioxygenase subunit alpha  27.75 
 
 
383 aa  96.3  7e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.218178  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1874  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30 
 
 
436 aa  96.3  8e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2496  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit/Rieske (2Fe-2S) protein  28.86 
 
 
427 aa  95.9  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0124288  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4621  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.87 
 
 
423 aa  95.5  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.252321  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4137  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.9 
 
 
430 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6040  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.52 
 
 
382 aa  95.9  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0685009  hitchhiker  0.0092314 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0315  Rieske (2Fe-2S) domain protein  29.21 
 
 
430 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.276992  decreased coverage  0.0000264373 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2719  benzoate 1,2-dioxygenase large subunit  32.32 
 
 
455 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.602159  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3895  ring hydroxylating dioxygenase, Rieske (2Fe-2S) protein  27.06 
 
 
423 aa  95.1  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3525  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.86 
 
 
427 aa  95.1  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0996141 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5355  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.86 
 
 
427 aa  95.1  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.569805  normal  0.872686 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3901  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.36 
 
 
427 aa  94.4  3e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.812744 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2209  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  27.08 
 
 
427 aa  94  4e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3619  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.36 
 
 
427 aa  94.4  4e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0164916  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5079  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.15 
 
 
448 aa  93.6  5e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.253861 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2498  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  26.45 
 
 
385 aa  92.8  8e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0242656  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001292  phenylpropionate dioxygenase and related ring-hydroxylating dioxygenases large terminal subunit  26.9 
 
 
395 aa  92  1e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.99509  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3296  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.51 
 
 
426 aa  92.8  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.166676  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0763  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.41 
 
 
360 aa  92.4  1e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2461  Rieske (2Fe-2S) region  26.53 
 
 
385 aa  92.4  1e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.197522  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4490  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.85 
 
 
413 aa  92.4  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.400487  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2666  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  26.07 
 
 
424 aa  92.4  1e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0911716  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4188  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.5 
 
 
429 aa  92.8  1e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0795618 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2506  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  26.53 
 
 
385 aa  92.4  1e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.601093  normal  0.991153 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4892  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.71 
 
 
430 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00139713  normal  0.55904 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0327  benzoate 1,2-dioxygenase, alpha subunit  27.05 
 
 
427 aa  91.7  2e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2328  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  27.36 
 
 
456 aa  91.7  2e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.459675  normal  0.238108 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3814  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.1 
 
 
430 aa  92  2e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.387965  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5070  Rieske (2Fe-2S) domain protein  30.35 
 
 
437 aa  92  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.192805  hitchhiker  0.00646968 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5015  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.85 
 
 
413 aa  92  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.277088  normal  0.658452 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6197  putative ring hydroxylating dioxygenase, alpha-subunit  28.16 
 
 
429 aa  92  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32080  toluate 1,2-dioxygenase alpha subunit  31.31 
 
 
455 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71410  putative ring hydroxylating dioxygenase, alpha-subunit  28.16 
 
 
429 aa  92  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.306543  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0338  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.71 
 
 
430 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000696422  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6764  putative dioxygenase  26.55 
 
 
414 aa  90.9  3e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.963222 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1578  iron-sulphur Rieske protein  29.85 
 
 
437 aa  91.3  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4776  Rieske [2Fe-2S] region  29.7 
 
 
432 aa  90.9  4e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.115011 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4003  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  27.78 
 
 
383 aa  90.5  5e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0159  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.64 
 
 
340 aa  90.1  6e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4290  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.41 
 
 
423 aa  90.1  7e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.502996 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4815  Rieske (2Fe-2S) region  30.85 
 
 
413 aa  90.1  7e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0953607  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2156  Rieske (2Fe-2S) domain protein  28.5 
 
 
427 aa  89.7  9e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>