More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4890 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008391  Bamb_4890  short chain dehydrogenase  100 
 
 
254 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0244727 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5440  short chain dehydrogenase  98.43 
 
 
254 aa  497  1e-140  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0792659  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0080  short chain dehydrogenase  87.35 
 
 
254 aa  449  1e-125  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.104238  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5248  short chain dehydrogenase  86.9 
 
 
253 aa  427  1e-119  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5611  short chain dehydrogenase  86.9 
 
 
253 aa  427  1e-119  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.637794  normal  0.281069 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3230  short chain dehydrogenase  85.32 
 
 
254 aa  426  1e-118  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.272744 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4617  short chain dehydrogenase  86.11 
 
 
253 aa  419  1e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.891469  hitchhiker  0.00163121 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0946  short chain dehydrogenase  71.6 
 
 
253 aa  350  2e-95  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1234  short chain dehydrogenase  71.6 
 
 
279 aa  349  2e-95  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.446635  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0309  short chain dehydrogenase  72.54 
 
 
246 aa  348  6e-95  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1931  short chain dehydrogenase  72.54 
 
 
246 aa  348  6e-95  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1673  short chain dehydrogenase  72.54 
 
 
246 aa  348  6e-95  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2209  short chain dehydrogenase  72.54 
 
 
246 aa  348  6e-95  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0219  short chain dehydrogenase  72.13 
 
 
246 aa  347  1e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0225  short chain dehydrogenase  71.89 
 
 
311 aa  331  8e-90  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4245  short chain dehydrogenase  65.48 
 
 
249 aa  326  2.0000000000000001e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3005  short chain dehydrogenase  65.34 
 
 
252 aa  304  7e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.702214  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6980  short chain dehydrogenase  66.14 
 
 
252 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3544  short chain dehydrogenase  54.13 
 
 
246 aa  232  4.0000000000000004e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.16365  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1275  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
251 aa  160  3e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.805935  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5003  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.68 
 
 
256 aa  154  1e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0899775  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1035  short chain dehydrogenase  38.46 
 
 
256 aa  149  5e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.158204 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4337  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 
258 aa  148  7e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0532431 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1735  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.72 
 
 
260 aa  139  3e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.355166  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3250  short chain dehydrogenase  34.51 
 
 
249 aa  139  3.9999999999999997e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0558976  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3256  short chain dehydrogenase  34.07 
 
 
249 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3561  short chain dehydrogenase  33.78 
 
 
249 aa  138  1e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0894  short chain dehydrogenase  37.86 
 
 
246 aa  137  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.211983  normal  0.0749879 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1932  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
260 aa  137  1e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.125802  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3341  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
249 aa  137  2e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.431422  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3306  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
249 aa  137  2e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3602  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
249 aa  137  2e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0750697  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3555  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
249 aa  137  2e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000931047 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3565  short chain dehydrogenase  33.93 
 
 
249 aa  135  5e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.578221  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0959  short chain dehydrogenase  38.52 
 
 
246 aa  135  6.0000000000000005e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0597094 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3655  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
249 aa  135  7.000000000000001e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1662  short chain dehydrogenase  32.89 
 
 
249 aa  135  8e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.637972  hitchhiker  0.000000702398 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3151  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 
270 aa  133  1.9999999999999998e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.11649  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1071  short chain dehydrogenase  37.75 
 
 
272 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2223  short chain dehydrogenase  31.36 
 
 
249 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.637126  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1029  short chain dehydrogenase  39.09 
 
 
246 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.264626  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5381  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.32 
 
 
251 aa  118  7.999999999999999e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.000130997  normal  0.577572 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2989  short-chain alcohol dehydrogenase/reductase  33.94 
 
 
243 aa  117  3e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1401  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.75 
 
 
260 aa  113  3e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.278227  normal  0.338656 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0009  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.44 
 
 
257 aa  112  8.000000000000001e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.247011  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3334  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.85 
 
 
258 aa  110  2.0000000000000002e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0120  hypothetical protein  34.21 
 
 
265 aa  95.1  1e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2637  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.46 
 
 
249 aa  85.9  5e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_61312  predicted protein  33.63 
 
 
253 aa  84.7  0.000000000000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.243713  normal  0.492851 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.84 
 
 
250 aa  80.9  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.109628  normal  0.14985 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1811  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37 
 
 
240 aa  80.5  0.00000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.300255  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3795  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.63 
 
 
252 aa  80.1  0.00000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.586754  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4772  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.27 
 
 
239 aa  79.7  0.00000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00775431  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3904  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.3 
 
 
228 aa  80.1  0.00000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.164626 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0994  3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  29.25 
 
 
243 aa  79.3  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.840356  normal  0.274345 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3071  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.08 
 
 
241 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.362756  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_46579  predicted protein  30.38 
 
 
308 aa  77.4  0.0000000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1086  short chain dehydrogenase  30.46 
 
 
232 aa  77  0.0000000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4264  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.58 
 
 
252 aa  76.3  0.0000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.281349  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0979  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.46 
 
 
232 aa  76.3  0.0000000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1097  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.25 
 
 
243 aa  74.7  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4592  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.43 
 
 
247 aa  73.2  0.000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.278018 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5053  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.43 
 
 
247 aa  73.2  0.000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.607642  normal  0.406832 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2560  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.86 
 
 
240 aa  72.4  0.000000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.008135 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2374  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.05 
 
 
256 aa  72  0.000000000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2415  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.96 
 
 
281 aa  72  0.000000000009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.013763 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5077  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.77 
 
 
243 aa  71.6  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.453828  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00332  FAD linked oxidase, N-terminal  25.42 
 
 
705 aa  71.6  0.00000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3078  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.19 
 
 
255 aa  71.6  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.485877  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0577  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.51 
 
 
241 aa  71.2  0.00000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.52827  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_09357  short-chain dehydrogenase/reductase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G02370)  29.36 
 
 
258 aa  70.9  0.00000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  hitchhiker  0.00364064 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2597  dehydrogenase/reductase oxidoreductase protein  30.93 
 
 
252 aa  71.2  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0920  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  27.14 
 
 
249 aa  70.9  0.00000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4381  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.72 
 
 
248 aa  71.2  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.297747  hitchhiker  0.00314525 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1181  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  27.14 
 
 
249 aa  71.2  0.00000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1113  sorbitol dehydrogenase  32.57 
 
 
262 aa  70.5  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1561  short chain dehydrogenase  30.37 
 
 
516 aa  70.9  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.636243  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2697  putative short-chain type dehydrogenase/reductase  34.7 
 
 
247 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05466  dehydrogenase oxidoreductase protein  31.25 
 
 
255 aa  70.1  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.968817  normal  0.104137 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0247  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.35 
 
 
223 aa  70.1  0.00000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.14 
 
 
249 aa  70.1  0.00000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.94443  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4318  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.69 
 
 
264 aa  70.5  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.319531  normal  0.0832513 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0363  sorbitol dehydrogenase  29.33 
 
 
257 aa  69.7  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4780  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.45 
 
 
227 aa  69.3  0.00000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.18592  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3247  sorbitol dehydrogenase  32.21 
 
 
260 aa  69.3  0.00000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0320221  normal  0.626785 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0275  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.32 
 
 
243 aa  69.3  0.00000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000379715  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.47 
 
 
252 aa  69.3  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.673149  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.43 
 
 
223 aa  69.3  0.00000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.209414  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0914  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.98 
 
 
250 aa  68.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.66283  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.98 
 
 
250 aa  68.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.331162 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0066  dehydrogenase/reductase  35.34 
 
 
252 aa  68.6  0.00000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000301861 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0850  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  26.13 
 
 
249 aa  68.6  0.00000000009  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02810  hypothetical protein  28.57 
 
 
247 aa  68.6  0.00000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0747  hypothetical protein  28.44 
 
 
253 aa  68.2  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1614  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.25 
 
 
253 aa  67.8  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0547221  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4813  sorbitol dehydrogenase  29.33 
 
 
257 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2026  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  29.28 
 
 
227 aa  68.2  0.0000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.293852 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1596  short chain dehydrogenase  30.69 
 
 
245 aa  68.6  0.0000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.184756 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.4 
 
 
251 aa  68.6  0.0000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5132  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 
273 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.717411  normal  0.457646 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>