More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5012 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009075  BURPS668_A0838  amino acid permease  90.56 
 
 		 551 aa  1005    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5970  amino acid permease-associated region  63.81 
 
 		 546 aa  688    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.699386  normal  0.10331 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0481  putative amino acid transporter  90.56 
 
 		 551 aa  1006    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.483178  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5831  amino acid permease-associated region  70 
 
 		 545 aa  750    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2118  hypothetical protein  90.74 
 
 		 551 aa  1008    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.755576  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5012  amino acid permease-associated region  100 
 
 		 551 aa  1112    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0581  amino acid transporter  97.28 
 
 		 551 aa  1094    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3293  amino acid permease-associated region  77.86 
 
 		 555 aa  870    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.622521  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0700  amino acid permease  90.56 
 
 		 551 aa  1006    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.163425  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1858  amino acid transporter, putative  90.93 
 
 		 551 aa  1019    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.540964  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5075  amino acid permease-associated region  97.82 
 
 		 551 aa  1095    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1969  amino acid permease  90.56 
 
 		 551 aa  1006    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.303247  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0996  amino acid permease  90.56 
 
 		 551 aa  1006    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.858254  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0750  amino acid permease  90.74 
 
 		 551 aa  1008    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5210  amino acid permease-associated region  97.46 
 
 		 551 aa  1093    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3293  amino acid permease-associated region  97.82 
 
 		 551 aa  1095    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.373408  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4239  amino acid permease-associated region  91.62 
 
 		 551 aa  1021    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.181537 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4487  amino acid permease-associated region  98.91 
 
 		 551 aa  1102    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3557  amino acid permease-associated region  96.37 
 
 		 551 aa  1082    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3183  amino acid permease-associated region  56.4 
 
 		 560 aa  625  1e-178  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.577712  normal  0.0276792 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5964  amino acid permease-associated region  56.33 
 
 		 559 aa  625  1e-178  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0671695 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0446  amino acid permease-associated region  54.98 
 
 		 562 aa  621  1e-176  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000198962  normal  0.478578 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0922  amino acid permease-associated region  47.64 
 
 		 571 aa  520  1e-146  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3606  amino acid permease-associated region  48.17 
 
 		 571 aa  514  1e-144  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3317  amino acid permease-associated region  47.28 
 
 		 594 aa  498  1e-140  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.59573 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6593  amino acid permease-associated region  46.46 
 
 		 594 aa  490  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000438666 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5657  amino acid permease-associated region  46.62 
 
 		 594 aa  491  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0675998  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23200  amino acid transporter  39.04 
 
 		 541 aa  377  1e-103  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00374176 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3606  amino acid permease  29.64 
 
 		 508 aa  173  6.999999999999999e-42  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.582205 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2292  amino acid transporter  30.45 
 
 		 500 aa  166  1.0000000000000001e-39  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5040  Amino acid transporter-like protein  31.17 
 
 		 472 aa  94.4  5e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.973812  normal  0.0393734 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2679  amino acid permease-associated region  27.97 
 
 		 482 aa  79.3  0.0000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2625  amino acid permease-associated region  27.97 
 
 		 482 aa  79.3  0.0000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0475967  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0198  amino acid permease-associated region  28.1 
 
 		 490 aa  78.2  0.0000000000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000143228  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4115  amino acid permease-associated region  24.95 
 
 		 516 aa  77  0.0000000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0435  amino acid permease-associated region  25.75 
 
 		 532 aa  73.9  0.000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0857728  normal  0.529934 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3353  amino acid permease-associated region  25.76 
 
 		 486 aa  71.2  0.00000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.262265  normal  0.87626 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0431  amino acid transporter  23.8 
 
 		 517 aa  70.9  0.00000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0271358  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1002  amino acid permease-associated region  23.89 
 
 		 499 aa  69.7  0.0000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1416  amino acid permease-associated region  23.32 
 
 		 486 aa  68.9  0.0000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3527  amino acid permease-associated region  23.38 
 
 		 555 aa  68.6  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0238018  normal  0.261752 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0409  amino acid permease-associated region  26.18 
 
 		 532 aa  68.6  0.0000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.352811  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5443  amino acid permease-associated region  24.57 
 
 		 463 aa  67.8  0.0000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0993936  normal  0.863947 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7626  amino acid permease-associated region  22.64 
 
 		 455 aa  68.2  0.0000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.452611  normal  0.196485 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1714  amino acid permease-associated region  21.52 
 
 		 473 aa  67.8  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1057  amino acid permease-associated region  23.7 
 
 		 490 aa  67.4  0.0000000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.422812  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2924  amino acid permease-associated region  23.61 
 
 		 473 aa  67.4  0.0000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.670343  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3620  amino acid permease-associated region  23.88 
 
 		 494 aa  67.4  0.0000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1634  amino acid permease-associated region  24.95 
 
 		 476 aa  67  0.0000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.131349  normal  0.325388 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2158  amino acid permease family protein  26.04 
 
 		 483 aa  66.6  0.000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1961  amino acid permease-associated region  21.36 
 
 		 469 aa  66.2  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0292842  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1962  amino acid permease-associated region  24.73 
 
 		 476 aa  65.5  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.179903  normal  0.921716 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4164  amino acid permease-associated region  28.03 
 
 		 537 aa  65.9  0.000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.696427  normal  0.49431 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4722  amino acid permease-associated region  25.4 
 
 		 503 aa  64.7  0.000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.699782 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3641  amino acid permease-associated region  23.52 
 
 		 513 aa  62.8  0.00000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03682  amino-acid permease transmembrane protein  22.41 
 
 		 543 aa  63.2  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00632894  normal  0.215553 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6322  amino acid permease-associated region  23.1 
 
 		 503 aa  63.2  0.00000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.393049  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4850  amino acid permease-associated region  22.82 
 
 		 576 aa  62.8  0.00000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.102365  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1815  amino acid permease-associated region  23.95 
 
 		 491 aa  63.5  0.00000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.275696 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3773  amino acid permease-associated region  22.82 
 
 		 544 aa  63.2  0.00000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0900  amino acid permease-associated region  23.94 
 
 		 500 aa  62.8  0.00000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5772  amino acid permease-associated region  23.17 
 
 		 543 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1930  amino acid permease-associated region  23.55 
 
 		 489 aa  62.4  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1191  amino acid permease-associated region  24.57 
 
 		 499 aa  62  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2726  amino acid permease-associated region  23.23 
 
 		 530 aa  62  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3592  amino acid transporter  24.62 
 
 		 532 aa  62  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.337468 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1109  amino acid permease-associated region  25.27 
 
 		 538 aa  61.6  0.00000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.332112  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1740  amino acid permease-associated region  25.91 
 
 		 493 aa  61.2  0.00000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.327226  normal  0.532509 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0522  amino acid permease-associated region  22.3 
 
 		 472 aa  60.8  0.00000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3674  amino acid permease-associated region  23.37 
 
 		 487 aa  60.5  0.00000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3706  hypothetical protein  24.39 
 
 		 483 aa  60.5  0.00000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.292623  normal  0.130124 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0207  amino acid permease-associated region  26.24 
 
 		 469 aa  60.5  0.00000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2919  amino acid permease family protein  22.29 
 
 		 471 aa  60.1  0.00000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.236218  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3063  amino acid permease-associated region  25.12 
 
 		 468 aa  60.5  0.00000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.313511  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3141  amino acid permease family protein  22.29 
 
 		 471 aa  60.1  0.00000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.681445  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3152  amino acid permease family protein  22.29 
 
 		 471 aa  60.1  0.00000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.496369 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0977  amino acid permease  24.63 
 
 		 533 aa  60.1  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.956795  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3595  amino acid permease  24.63 
 
 		 533 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.243323  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0681  amino acid permease  24.63 
 
 		 533 aa  60.1  0.0000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0499  amino acid permease  24.63 
 
 		 533 aa  60.1  0.0000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1948  amino acid permease  24.63 
 
 		 533 aa  60.1  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5815  amino acid permease-associated region  23.44 
 
 		 465 aa  60.1  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.327327  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3608  amino acid permease  24.63 
 
 		 533 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3619  amino acid permease  24.63 
 
 		 533 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0554  amino acid transporter  26.3 
 
 		 476 aa  59.7  0.0000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00163593  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1820  amino acid permease-associated region  24.06 
 
 		 486 aa  59.7  0.0000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2893  amino acid permease-associated region  25.48 
 
 		 532 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0706357  normal  0.902102 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0948  amino acid permease-associated region  23.08 
 
 		 546 aa  58.9  0.0000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0158045  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3677  amino acid permease-associated region  24.29 
 
 		 482 aa  59.3  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.386944 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1920  amino acid permease-associated region  24.43 
 
 		 466 aa  58.9  0.0000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000169214  normal  0.866406 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2935  amino acid permease  23.87 
 
 		 533 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0596  ethanolamine transproter  21.51 
 
 		 482 aa  58.9  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.542262  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2013  amino acid permease-associated region  25.66 
 
 		 501 aa  59.3  0.0000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0943155  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0097  amino acid transporter  25.5 
 
 		 465 aa  59.3  0.0000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000513472  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1185  amino acid permease-associated region  23.8 
 
 		 500 aa  58.5  0.0000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000031704 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4919  amino acid permease-associated region  26.69 
 
 		 496 aa  58.5  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4455  amino acid permease-associated region  26.69 
 
 		 496 aa  58.5  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.689859 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6732  amino acid transporter  23.99 
 
 		 489 aa  58.5  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.156437  normal  0.210596 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21440  amino acid transporter  25.56 
 
 		 512 aa  58.5  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.250254 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0027  hypothetical protein  26.51 
 
 		 463 aa  58.2  0.0000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>