82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_7109 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_7109  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 		 222 aa  456  1e-127  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.517974  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3601  cyclic nucleotide-binding  79.73 
 
 		 224 aa  371  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0690816  normal  0.803864 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1692  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  81.9 
 
 		 224 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1913  cyclic nucleotide-binding protein  74.88 
 
 		 224 aa  347  8e-95  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0560  cyclic nucleotide-binding  69.82 
 
 		 275 aa  327  7e-89  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0652  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  71.17 
 
 		 222 aa  327  7e-89  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.586591  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2203  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  76.67 
 
 		 247 aa  314  7e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.24757  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1049  cyclic nucleotide-binding protein  47.83 
 
 		 210 aa  198  5e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.085615  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1668  cyclic nucleotide-binding protein  45 
 
 		 209 aa  193  2e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796246  normal  0.637535 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2689  cyclic nucleotide-binding protein  46.63 
 
 		 208 aa  187  2e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.0072891  normal  0.636365 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0550  cyclic nucleotide-binding protein  45.9 
 
 		 211 aa  184  7e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.844847 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0586  cyclic nucleotide-binding protein  45.36 
 
 		 211 aa  184  7e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0576  cyclic nucleotide-binding  45.11 
 
 		 211 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.315995  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5778  cyclic nucleotide-binding protein  37.72 
 
 		 353 aa  86.3  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.714206 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1592  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.23 
 
 		 228 aa  55.5  0.0000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1853  hypothetical protein  43.33 
 
 		 100 aa  54.3  0.000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1858  hypothetical protein  41.67 
 
 		 100 aa  53.5  0.000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0491  cyclic nucleotide-binding protein  31.82 
 
 		 410 aa  50.4  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0215963  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0106  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 254 aa  50.1  0.00003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3784  cAMP-regulatory protein  30.08 
 
 		 210 aa  48.1  0.0001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0916512  hitchhiker  0.00483948 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2419  cyclic nucleotide-binding protein  28.35 
 
 		 563 aa  47.8  0.0001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.871595  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3663  cAMP-regulatory protein  29.27 
 
 		 210 aa  47  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3737  cAMP-regulatory protein  29.27 
 
 		 210 aa  47  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0176942 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3771  cAMP-regulatory protein  29.27 
 
 		 210 aa  47  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.275024  normal  0.523362 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0369  cAMP-regulatory protein  29.27 
 
 		 210 aa  47  0.0002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3663  cAMP-regulatory protein  29.27 
 
 		 210 aa  47  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.185514  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3834  cAMP-regulatory protein  29.27 
 
 		 210 aa  47  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.429858  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0293  cAMP-regulatory protein  29.27 
 
 		 210 aa  47.4  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.160804  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0161  cyclic nucleotide-binding protein  33.33 
 
 		 583 aa  47.4  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.102095  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0248  cAMP-regulatory protein  28.45 
 
 		 210 aa  46.6  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3945  cAMP-regulatory protein  28.45 
 
 		 210 aa  46.6  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3702  cAMP-regulatory protein  28.45 
 
 		 210 aa  46.6  0.0003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0388  cAMP-regulatory protein  26.45 
 
 		 212 aa  46.6  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0189183  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3733  cAMP-regulatory protein  28.46 
 
 		 210 aa  45.8  0.0005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4667  cAMP-regulatory protein  28.46 
 
 		 210 aa  45.8  0.0005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00224827  normal  0.233908 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3639  cAMP-regulatory protein  28.46 
 
 		 210 aa  45.8  0.0005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000269957 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03160  hypothetical protein  28.46 
 
 		 210 aa  45.8  0.0005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0202429  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0355  cAMP-regulatory protein  28.46 
 
 		 210 aa  45.8  0.0005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0526852  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3554  cAMP-regulatory protein  28.46 
 
 		 210 aa  45.8  0.0005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3827  cAMP-regulatory protein  27.73 
 
 		 210 aa  45.8  0.0005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03208  DNA-binding transcriptional dual regulator  28.46 
 
 		 210 aa  45.8  0.0005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0221065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0355  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.46 
 
 		 210 aa  45.8  0.0005  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000236327  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3853  cAMP-regulatory protein  26.89 
 
 		 210 aa  45.8  0.0006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4032  cAMP-regulatory protein  28.57 
 
 		 210 aa  45.4  0.0006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.203601  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4580  cAMP-regulatory protein  28.57 
 
 		 210 aa  45.4  0.0006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0550419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3190  cAMP-regulatory protein  27.18 
 
 		 211 aa  45.4  0.0007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000213612  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2918  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.51 
 
 		 226 aa  44.3  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.172063  normal  0.392966 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  22.52 
 
 		 228 aa  44.3  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0590  cyclic nucleotide-binding protein  24.84 
 
 		 801 aa  44.7  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.120802  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4598  cyclic nucleotide-binding protein  31.68 
 
 		 581 aa  45.1  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0649502  normal  0.461096 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3004  cAMP-regulatory protein  26.5 
 
 		 211 aa  44.7  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000032723  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3292  cAMP-regulatory protein  27.18 
 
 		 211 aa  44.3  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0112541  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3509  cAMP-regulatory protein  27.18 
 
 		 211 aa  43.5  0.002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000247338  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002279  cyclic AMP receptor protein  28.46 
 
 		 210 aa  44.3  0.002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0624  cAMP-regulatory protein  27.18 
 
 		 211 aa  43.9  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0548  cAMP-regulatory protein  26.32 
 
 		 210 aa  43.9  0.002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.549862  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 222 aa  44.3  0.002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.861655  normal  0.0267012 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0618  cAMP-regulatory protein  27.18 
 
 		 211 aa  43.9  0.002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000475791  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3412  cAMP-regulatory protein  27.18 
 
 		 211 aa  43.9  0.002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000398691  normal  0.338767 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00075  cAMP-regulatory protein  28.46 
 
 		 210 aa  44.3  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0652  cAMP-regulatory protein  27.18 
 
 		 211 aa  43.9  0.002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000433673  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0617  cAMP-regulatory protein  27.18 
 
 		 211 aa  43.9  0.002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000135204  normal  0.325091 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0343  cyclic nucleotide-binding protein  28.37 
 
 		 811 aa  43.1  0.003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0783507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3873  cAMP-regulatory protein  27.18 
 
 		 211 aa  43.1  0.003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000159716  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3747  cAMP-regulatory protein  27.18 
 
 		 211 aa  43.1  0.003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0179283  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0662  cAMP-regulatory protein  26.32 
 
 		 211 aa  43.1  0.003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000339306  hitchhiker  0.000137041 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2191  cAMP-regulatory protein  28.46 
 
 		 210 aa  43.5  0.003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.56 
 
 		 219 aa  43.1  0.003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0585  cAMP-regulatory protein  27.18 
 
 		 211 aa  43.5  0.003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000009188  normal  0.481967 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3804  MscS Mechanosensitive ion channel  28.57 
 
 		 495 aa  43.5  0.003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3690  cAMP-regulatory protein  27.18 
 
 		 211 aa  43.1  0.003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0119951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0578  cAMP-regulatory protein  27.18 
 
 		 211 aa  43.1  0.003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.001638  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5650  cyclic nucleotide-binding  27.91 
 
 		 300 aa  42.7  0.004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1598  hypothetical protein  26.28 
 
 		 407 aa  42.7  0.004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.303519  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3873  cAMP-regulatory protein  26.32 
 
 		 211 aa  43.1  0.004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000105148  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3249  cyclic nucleotide-binding protein  25 
 
 		 171 aa  42.7  0.004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  25.23 
 
 		 225 aa  42.7  0.005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0139  cAMP-regulatory protein  25.83 
 
 		 214 aa  42.4  0.006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2737  cAMP-regulatory protein  27.62 
 
 		 210 aa  42.4  0.006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0144  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  25.74 
 
 		 227 aa  42  0.008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.993696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0301  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  26.58 
 
 		 858 aa  41.6  0.01  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1461  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.41 
 
 		 159 aa  41.6  0.01  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>