75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_0560 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_0560  cyclic nucleotide-binding  100 
 
 		 275 aa  565  1e-160  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0652  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  89.64 
 
 		 222 aa  415  9.999999999999999e-116  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.586591  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3601  cyclic nucleotide-binding  77.1 
 
 		 224 aa  348  6e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0690816  normal  0.803864 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1692  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  74.77 
 
 		 224 aa  335  5e-91  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7109  cyclic nucleotide-binding protein  69.82 
 
 		 222 aa  327  1.0000000000000001e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.517974  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1913  cyclic nucleotide-binding protein  70.7 
 
 		 224 aa  322  3e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2203  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  76.19 
 
 		 247 aa  311  5.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.24757  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1668  cyclic nucleotide-binding protein  46.31 
 
 		 209 aa  185  5e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796246  normal  0.637535 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1049  cyclic nucleotide-binding protein  47.09 
 
 		 210 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.085615  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0586  cyclic nucleotide-binding protein  45.7 
 
 		 211 aa  174  9e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0550  cyclic nucleotide-binding protein  46.49 
 
 		 211 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.844847 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0576  cyclic nucleotide-binding  45.7 
 
 		 211 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.315995  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2689  cyclic nucleotide-binding protein  44.33 
 
 		 208 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.0072891  normal  0.636365 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5778  cyclic nucleotide-binding protein  35.04 
 
 		 353 aa  86.7  4e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.714206 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4028  Thioredoxin-disulfide reductase  28.3 
 
 		 538 aa  51.2  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0134605  normal  0.10391 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3190  cAMP-regulatory protein  25.4 
 
 		 211 aa  50.4  0.00003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000213612  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3784  cAMP-regulatory protein  28.67 
 
 		 210 aa  50.4  0.00003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0916512  hitchhiker  0.00483948 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0293  cAMP-regulatory protein  28 
 
 		 210 aa  50.1  0.00004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.160804  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00075  cAMP-regulatory protein  28 
 
 		 210 aa  50.1  0.00004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3004  cAMP-regulatory protein  25.85 
 
 		 211 aa  49.7  0.00005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000032723  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3737  cAMP-regulatory protein  28 
 
 		 210 aa  49.7  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0176942 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3771  cAMP-regulatory protein  28 
 
 		 210 aa  49.7  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.275024  normal  0.523362 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3663  cAMP-regulatory protein  28 
 
 		 210 aa  49.7  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3663  cAMP-regulatory protein  28 
 
 		 210 aa  49.7  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.185514  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3834  cAMP-regulatory protein  28 
 
 		 210 aa  49.7  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.429858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1592  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.62 
 
 		 228 aa  49.7  0.00005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0369  cAMP-regulatory protein  28 
 
 		 210 aa  49.7  0.00005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3702  cAMP-regulatory protein  28.07 
 
 		 210 aa  49.3  0.00007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0248  cAMP-regulatory protein  28.07 
 
 		 210 aa  49.3  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3945  cAMP-regulatory protein  28.07 
 
 		 210 aa  49.3  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4580  cAMP-regulatory protein  27.19 
 
 		 210 aa  48.1  0.0001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0550419  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0355  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.33 
 
 		 210 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000236327  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3509  cAMP-regulatory protein  25.17 
 
 		 211 aa  48.5  0.0001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000247338  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03160  hypothetical protein  27.33 
 
 		 210 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0202429  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0355  cAMP-regulatory protein  27.33 
 
 		 210 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0526852  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3639  cAMP-regulatory protein  27.33 
 
 		 210 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000269957 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4667  cAMP-regulatory protein  27.33 
 
 		 210 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00224827  normal  0.233908 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3733  cAMP-regulatory protein  27.33 
 
 		 210 aa  48.5  0.0001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03208  DNA-binding transcriptional dual regulator  27.33 
 
 		 210 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0221065  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3554  cAMP-regulatory protein  27.33 
 
 		 210 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2316  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  26.32 
 
 		 428 aa  48.9  0.0001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000260717  hitchhiker  0.000176219 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0139  cAMP-regulatory protein  27.91 
 
 		 214 aa  48.1  0.0001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3292  cAMP-regulatory protein  25.17 
 
 		 211 aa  48.1  0.0001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0112541  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0388  cAMP-regulatory protein  26.85 
 
 		 212 aa  48.5  0.0001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0189183  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3827  cAMP-regulatory protein  26.53 
 
 		 210 aa  48.1  0.0002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4032  cAMP-regulatory protein  27.19 
 
 		 210 aa  48.1  0.0002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.203601  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3853  cAMP-regulatory protein  27.19 
 
 		 210 aa  48.1  0.0002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0662  cAMP-regulatory protein  25.17 
 
 		 211 aa  48.1  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000339306  hitchhiker  0.000137041 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0585  cAMP-regulatory protein  25.32 
 
 		 211 aa  47.8  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000009188  normal  0.481967 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3873  cAMP-regulatory protein  25.17 
 
 		 211 aa  48.1  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000105148  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002279  cyclic AMP receptor protein  28.1 
 
 		 210 aa  47  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0652  cAMP-regulatory protein  26.67 
 
 		 211 aa  47.4  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000433673  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0624  cAMP-regulatory protein  26.67 
 
 		 211 aa  47.4  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0617  cAMP-regulatory protein  26.67 
 
 		 211 aa  47.4  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000135204  normal  0.325091 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3412  cAMP-regulatory protein  26.67 
 
 		 211 aa  47.4  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000398691  normal  0.338767 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0618  cAMP-regulatory protein  26.67 
 
 		 211 aa  47.4  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000475791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0578  cAMP-regulatory protein  26.67 
 
 		 211 aa  47  0.0004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.001638  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3873  cAMP-regulatory protein  26.67 
 
 		 211 aa  47  0.0004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000159716  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3747  cAMP-regulatory protein  26.67 
 
 		 211 aa  47  0.0004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0179283  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3690  cAMP-regulatory protein  26.67 
 
 		 211 aa  47  0.0004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0119951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2191  cAMP-regulatory protein  28.1 
 
 		 210 aa  45.8  0.0007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0548  cAMP-regulatory protein  27.19 
 
 		 210 aa  45.8  0.0007  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.549862  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3550  cAMP-regulatory protein  22.86 
 
 		 217 aa  45.8  0.0007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2737  cAMP-regulatory protein  25.85 
 
 		 210 aa  45.8  0.0008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0465  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.78 
 
 		 223 aa  45.1  0.001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000196856  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 222 aa  44.3  0.002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.861655  normal  0.0267012 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3249  cyclic nucleotide-binding protein  24.8 
 
 		 171 aa  44.3  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0190  cyclic nucleotide-binding protein  28 
 
 		 346 aa  43.5  0.003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0274907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0491  cyclic nucleotide-binding protein  27.48 
 
 		 410 aa  43.9  0.003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0215963  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5650  cyclic nucleotide-binding  29.87 
 
 		 300 aa  43.5  0.004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3813  cAMP-dependent protein kinase - catabolite gene activator and regulatory subunit  25.86 
 
 		 172 aa  43.5  0.004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.510827 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0755  cAMP-regulatory protein  23.68 
 
 		 211 aa  43.1  0.005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.276204 
 
 
-
 
NC_006686  CND04180  hydrolase, putative  19.67 
 
 		 1588 aa  42.4  0.009  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3943  cAMP-regulatory protein  25.2 
 
 		 214 aa  42  0.01  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0106  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.53 
 
 		 254 aa  42  0.01  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>