51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2203 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_2203  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  100 
 
 		 247 aa  508  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.24757  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3601  cyclic nucleotide-binding  81 
 
 		 224 aa  359  2e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0690816  normal  0.803864 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1692  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  80.65 
 
 		 224 aa  351  5e-96  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1913  cyclic nucleotide-binding protein  75.89 
 
 		 224 aa  339  2.9999999999999998e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7109  cyclic nucleotide-binding protein  73.78 
 
 		 222 aa  337  8e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.517974  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0652  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  76.02 
 
 		 222 aa  333  2e-90  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.586591  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0560  cyclic nucleotide-binding  74.55 
 
 		 275 aa  323  2e-87  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1049  cyclic nucleotide-binding protein  49.74 
 
 		 210 aa  204  1e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.085615  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1668  cyclic nucleotide-binding protein  49.22 
 
 		 209 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796246  normal  0.637535 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0586  cyclic nucleotide-binding protein  45.32 
 
 		 211 aa  189  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0550  cyclic nucleotide-binding protein  47.09 
 
 		 211 aa  188  5.999999999999999e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.844847 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0576  cyclic nucleotide-binding  46.32 
 
 		 211 aa  188  5.999999999999999e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.315995  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2689  cyclic nucleotide-binding protein  47.12 
 
 		 208 aa  186  3e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.0072891  normal  0.636365 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5778  cyclic nucleotide-binding protein  35.34 
 
 		 353 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.714206 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1853  hypothetical protein  40.32 
 
 		 100 aa  50.8  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1858  hypothetical protein  38.71 
 
 		 100 aa  50.1  0.00003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4028  Thioredoxin-disulfide reductase  29.91 
 
 		 538 aa  50.1  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0134605  normal  0.10391 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0465  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.8 
 
 		 223 aa  47.8  0.0001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000196856  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0106  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 254 aa  47.4  0.0002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1592  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.27 
 
 		 228 aa  46.6  0.0004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 222 aa  45.8  0.0006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.861655  normal  0.0267012 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0611  hypothetical protein  23.26 
 
 		 738 aa  45.8  0.0006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3784  cAMP-regulatory protein  29.27 
 
 		 210 aa  44.7  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0916512  hitchhiker  0.00483948 
 
 
-
 
NC_006686  CND04180  hydrolase, putative  22.31 
 
 		 1588 aa  45.1  0.001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0293  cAMP-regulatory protein  28.46 
 
 		 210 aa  43.9  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.160804  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2316  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  25.49 
 
 		 428 aa  43.9  0.002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000260717  hitchhiker  0.000176219 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0369  cAMP-regulatory protein  28.46 
 
 		 210 aa  43.5  0.003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3834  cAMP-regulatory protein  28.46 
 
 		 210 aa  43.5  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.429858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3663  cAMP-regulatory protein  28.46 
 
 		 210 aa  43.5  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.185514  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3663  cAMP-regulatory protein  28.46 
 
 		 210 aa  43.5  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3771  cAMP-regulatory protein  28.46 
 
 		 210 aa  43.5  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.275024  normal  0.523362 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3737  cAMP-regulatory protein  28.46 
 
 		 210 aa  43.5  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0176942 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0248  cAMP-regulatory protein  27.59 
 
 		 210 aa  43.1  0.004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3702  cAMP-regulatory protein  27.59 
 
 		 210 aa  43.1  0.004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3945  cAMP-regulatory protein  27.59 
 
 		 210 aa  43.1  0.004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4598  cyclic nucleotide-binding protein  31 
 
 		 581 aa  42.7  0.005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0649502  normal  0.461096 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3004  cAMP-regulatory protein  26.77 
 
 		 211 aa  42.4  0.006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000032723  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0388  cAMP-regulatory protein  25.95 
 
 		 212 aa  42.7  0.006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0189183  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0355  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.64 
 
 		 210 aa  42.4  0.007  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000236327  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3733  cAMP-regulatory protein  27.64 
 
 		 210 aa  42.4  0.007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03160  hypothetical protein  27.64 
 
 		 210 aa  42.4  0.007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0202429  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3554  cAMP-regulatory protein  27.64 
 
 		 210 aa  42.4  0.007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4667  cAMP-regulatory protein  27.64 
 
 		 210 aa  42.4  0.007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00224827  normal  0.233908 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03208  DNA-binding transcriptional dual regulator  27.64 
 
 		 210 aa  42.4  0.007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0221065  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0355  cAMP-regulatory protein  27.64 
 
 		 210 aa  42.4  0.007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0526852  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3639  cAMP-regulatory protein  27.64 
 
 		 210 aa  42.4  0.007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000269957 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3853  cAMP-regulatory protein  26.72 
 
 		 210 aa  42  0.008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3190  cAMP-regulatory protein  25.2 
 
 		 211 aa  42  0.008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000213612  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4032  cAMP-regulatory protein  26.72 
 
 		 210 aa  42  0.008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.203601  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3827  cAMP-regulatory protein  26.72 
 
 		 210 aa  42  0.009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4580  cAMP-regulatory protein  26.72 
 
 		 210 aa  42  0.009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0550419  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>