More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9145 on replicon NC_011984
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011984  Avi_9145  transcriptional regulator GntR family  100 
 
 		 293 aa  594  1e-169  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3963  GntR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 243 aa  124  2e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.691414  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3794  GntR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 243 aa  124  2e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3809  GntR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 243 aa  124  2e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.467203  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4272  GntR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 243 aa  124  2e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4120  GntR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 248 aa  123  3e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3882  GntR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 243 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.207693  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2752  GntR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 225 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.792581  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0406  transcriptional regulator, GntR family  35.14 
 
 		 243 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2142  transcriptional regulator, GntR family  30.42 
 
 		 260 aa  109  6e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2215  transcriptional regulator, GntR family  31.98 
 
 		 247 aa  107  3e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2575  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  30.73 
 
 		 243 aa  106  5e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6505  transcriptional regulator, GntR family  33.05 
 
 		 278 aa  106  5e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.381857  normal  0.213544 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1424  putative transcriptional regulator, GntR family  34.15 
 
 		 246 aa  102  7e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.07575  normal  0.0454978 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22940  transcriptional regulator, GntR family  31.19 
 
 		 252 aa  101  2e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0239  transcriptional regulator, GntR family  30.43 
 
 		 242 aa  100  2e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1535  transcriptional regulator  29.65 
 
 		 233 aa  101  2e-20  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.178039  normal  0.468584 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4015  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  30.71 
 
 		 243 aa  97.1  3e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.132462 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0283  GntR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 233 aa  94.4  2e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.696412  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0781  GntR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 266 aa  94.7  2e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3318  transcriptional regulator, GntR family  29.07 
 
 		 252 aa  94  3e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000065866  hitchhiker  0.00380995 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1074  transcriptional regulator, GntR family  30.62 
 
 		 242 aa  93.6  4e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000120399  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2122  transcriptional regulator, GntR family  31.98 
 
 		 244 aa  91.7  1e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34690  transcriptional regulator, GntR family  31.98 
 
 		 244 aa  91.7  1e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0368161  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0513  GntR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 257 aa  90.9  2e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3544  GntR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 256 aa  90.9  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0335375  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0447  GntR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 257 aa  90.9  2e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.567966  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0422  GntR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 240 aa  90.9  2e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0207613  normal  0.0264294 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5014  GntR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 249 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.153895  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3927  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  28.22 
 
 		 242 aa  90.1  4e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.341956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2603  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  29.05 
 
 		 243 aa  89.7  5e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.597561  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2652  regulatory protein GntR, HTH  27.39 
 
 		 256 aa  89  9e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34880  GntR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 249 aa  89  9e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000127927  normal  0.954426 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1364  transcriptional regulator, GntR family  30.88 
 
 		 246 aa  88.6  1e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2301  GntR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 242 aa  87.8  2e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2475  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  31.3 
 
 		 255 aa  87.4  3e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.505105  normal  0.226466 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9090  putative transcriptional regulator, GntR family  30.58 
 
 		 240 aa  86.7  4e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2906  transcriptional regulator, GntR family  26.87 
 
 		 240 aa  86.3  6e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0169787  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4073  transcriptional regulator, GntR family  32.12 
 
 		 195 aa  86.3  6e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0292067 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4033  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  28.83 
 
 		 244 aa  85.9  7e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0213  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  28.83 
 
 		 244 aa  85.9  7e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00689  DNA-binding transcriptional dual regulator, fatty-acyl-binding  26.87 
 
 		 240 aa  85.9  8e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0649  DNA-binding transcriptional repressor MngR  26.87 
 
 		 240 aa  85.9  8e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2926  DNA-binding transcriptional repressor MngR  26.87 
 
 		 240 aa  85.9  8e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.594583  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0777  DNA-binding transcriptional repressor MngR  26.87 
 
 		 240 aa  85.9  8e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00678  hypothetical protein  26.87 
 
 		 240 aa  85.9  8e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0204  GntR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 249 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.168827  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2648  transcriptional regulator, GntR family  29.26 
 
 		 254 aa  85.5  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2941  GntR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 259 aa  84.3  0.000000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.994772  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6236  transcriptional regulator GntR family  28.33 
 
 		 250 aa  84.7  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.83701  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4162  transcriptional regulator, GntR family  31.61 
 
 		 195 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000200129  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7203  transcriptional regulator, GntR family  28.64 
 
 		 253 aa  84.3  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.277726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0756  DNA-binding transcriptional repressor MngR  26.87 
 
 		 240 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0740  GntR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 245 aa  84.3  0.000000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000268297  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2908  transcriptional regulator, GntR family  29.26 
 
 		 254 aa  84.3  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.270645  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1076  transcriptional regulator, GntR family  31.61 
 
 		 195 aa  84  0.000000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00111341  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05080  transcriptional regulator  33.15 
 
 		 259 aa  83.2  0.000000000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.764166  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1196  GntR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 248 aa  83.2  0.000000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2586  transcriptional regulator, GntR family  28.76 
 
 		 241 aa  83.2  0.000000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1554  GntR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 241 aa  82.8  0.000000000000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00139668  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2866  GntR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 251 aa  82.8  0.000000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2741  transcriptional regulator, GntR family  30.36 
 
 		 242 aa  82.4  0.000000000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.0041351  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0456  GntR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 238 aa  82  0.00000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.598558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2009  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  28.57 
 
 		 246 aa  82  0.00000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.378179  normal  0.0458399 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0420  GntR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 238 aa  82  0.00000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.330179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1687  GntR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 243 aa  80.9  0.00000000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0913  GntR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 241 aa  81.3  0.00000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4543  transcriptional regulator, GntR family  28.05 
 
 		 245 aa  81.3  0.00000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0856  GntR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 241 aa  81.3  0.00000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.333354  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0513  transcriptional regulator, GntR family  27.71 
 
 		 288 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0204845 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0953  transcriptional regulator, GntR family  29.46 
 
 		 244 aa  81.6  0.00000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0267  GntR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 248 aa  80.9  0.00000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0630  GntR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 255 aa  80.5  0.00000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1419  GntR family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 247 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0129  UbiC transcription regulator-associated domain protein  26.88 
 
 		 579 aa  80.1  0.00000000000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.625714 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0836  GntR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 246 aa  80.1  0.00000000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.840865  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1526  GntR family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 235 aa  79.7  0.00000000000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.059282  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0543  GntR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 254 aa  79.7  0.00000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.464871  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0426  GntR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 232 aa  79.3  0.00000000000007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1312  GntR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 243 aa  79  0.00000000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.483973 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7722  transcriptional regulator, GntR family  30.49 
 
 		 269 aa  79  0.00000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000412  transcriptional regulator of succinyl CoA synthetase operon  23.74 
 
 		 235 aa  79  0.00000000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0433  transcriptional regulator, GntR family  29.74 
 
 		 238 aa  78.2  0.0000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0535711  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3164  GntR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 248 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.61715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2634  GntR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 245 aa  77.8  0.0000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.900483  normal  0.864303 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3873  transcriptional regulator, GntR family  26.43 
 
 		 244 aa  78.2  0.0000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5635  transcriptional regulator, GntR family  28.33 
 
 		 248 aa  78.2  0.0000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.613764  normal  0.0151666 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0913  transcription regulator GntR family  27.6 
 
 		 232 aa  77.8  0.0000000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0175976  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1234  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  29.95 
 
 		 272 aa  77.4  0.0000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.550496  normal  0.0276711 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2551  transcriptional regulator, GntR family  27.56 
 
 		 242 aa  77.4  0.0000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.321871  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2666  transcriptional regulator, GntR family  27.47 
 
 		 237 aa  76.6  0.0000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1063  transcriptional regulator, GntR family  26.67 
 
 		 242 aa  76.6  0.0000000000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.188898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1454  GntR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 255 aa  76.6  0.0000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0404  transcriptional regulator, GntR family  29.28 
 
 		 249 aa  76.3  0.0000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0968  GntR family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 232 aa  76.3  0.0000000000006  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0724  transcriptional regulator, GntR family  26.58 
 
 		 244 aa  75.9  0.0000000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8112  transcriptional regulator, GntR family  34.55 
 
 		 252 aa  75.9  0.0000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4060  transcriptional regulator, GntR family  27.85 
 
 		 245 aa  75.9  0.0000000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.533333 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3408  GntR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 254 aa  75.5  0.0000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3203  transcriptional regulator, GntR family  27.03 
 
 		 249 aa  75.5  0.0000000000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>