More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7479 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011981  Avi_7479  ribokinase  100 
 
 		 298 aa  594  1e-169  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.362941  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6168  PfkB domain protein  54.05 
 
 		 297 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.369146  hitchhiker  0.00391077 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3692  carbohydrate kinase, PfkB/ribokinase  50.67 
 
 		 292 aa  256  3e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.429219  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3427  ribokinase-like domain-containing protein  50.67 
 
 		 292 aa  256  3e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.820196 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1475  ribokinase-like domain-containing protein  36.3 
 
 		 305 aa  156  4e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0008  ribokinase  35.25 
 
 		 308 aa  152  8e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000914124  normal  0.985734 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0008  ribokinase  35.25 
 
 		 308 aa  152  8e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0252287  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4209  ribokinase  35.25 
 
 		 308 aa  151  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.847437  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4524  ribokinase  34.78 
 
 		 308 aa  142  8e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00216955  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1923  ribokinase  32.23 
 
 		 305 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.254632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4897  ribokinase  33.56 
 
 		 318 aa  138  1e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00647815  hitchhiker  0.000000886041 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4234  ribokinase  33.89 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000102528  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3869  ribokinase  33.99 
 
 		 299 aa  135  9e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.559054 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4160  ribokinase  33.89 
 
 		 310 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.233177 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0518  ribokinase  32.12 
 
 		 307 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3225  ribokinase  32.33 
 
 		 311 aa  134  1.9999999999999998e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.195342  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0576  putative ribokinase  33.55 
 
 		 312 aa  134  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.588326 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4171  ribokinase  32.78 
 
 		 310 aa  133  3.9999999999999996e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000241058  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3974  ribokinase  32.44 
 
 		 308 aa  132  6e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00187599  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1884  ribokinase  28.62 
 
 		 310 aa  130  2.0000000000000002e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0118065  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1603  ribokinase  28.62 
 
 		 310 aa  130  2.0000000000000002e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000677641  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0344  ribokinase  31.4 
 
 		 308 aa  129  5.0000000000000004e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1960  ribokinase  31.67 
 
 		 302 aa  129  6e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0122509  normal  0.0586965 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7623  ribokinase  31.1 
 
 		 308 aa  129  6e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.921063  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3350  hypothetical protein  32.58 
 
 		 315 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.373497 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0545  ribokinase-like domain-containing protein  32.45 
 
 		 304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.747031  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1383  ribokinase  31.54 
 
 		 309 aa  125  7e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0007  ribokinase  32.33 
 
 		 306 aa  125  1e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.328015  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1343  ribokinase  31.54 
 
 		 309 aa  124  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3342  ribokinase  30.07 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.133779  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1841  PfkB  31.77 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0519375  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39280  ribokinase  29.43 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145597  normal  0.325767 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0671  PfkB domain protein  27.52 
 
 		 307 aa  124  2e-27  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03638  ribokinase  29.77 
 
 		 309 aa  123  3e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00223583  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03583  hypothetical protein  29.77 
 
 		 309 aa  123  3e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00147711  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1980  ribokinase  33.55 
 
 		 302 aa  123  4e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3179  ribokinase  31.8 
 
 		 303 aa  123  5e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3968  ribokinase  29.77 
 
 		 309 aa  122  6e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.112559  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4215  ribokinase  29.77 
 
 		 309 aa  122  6e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4268  ribokinase  29.77 
 
 		 309 aa  122  6e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00050994  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4242  ribokinase  29.77 
 
 		 309 aa  122  6e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459204  hitchhiker  0.00710658 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4120  ribokinase  29.77 
 
 		 314 aa  122  6e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.444588  normal  0.199768 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3648  ribokinase  31.7 
 
 		 303 aa  122  7e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.16351  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0696  ribokinase  31.49 
 
 		 304 aa  122  7e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5188  ribokinase  29.77 
 
 		 314 aa  122  7e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.034479  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2100  ribokinase  31.05 
 
 		 307 aa  122  8e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3580  ribokinase  31.02 
 
 		 303 aa  122  8e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06142  ribokinase  31.65 
 
 		 305 aa  122  9e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3738  carbohydrate kinase  33.33 
 
 		 315 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0822309  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000338  ribokinase  30.67 
 
 		 305 aa  122  9.999999999999999e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4167  ribokinase  29.83 
 
 		 309 aa  121  9.999999999999999e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.895072  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0404  ribokinase  30.95 
 
 		 307 aa  121  9.999999999999999e-27  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000422627  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3771  ribokinase  31.37 
 
 		 303 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3470  ribokinase  33.33 
 
 		 315 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.973567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0659  ribokinase  31.37 
 
 		 303 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2155  carbohydrate kinase, PfkB  31.42 
 
 		 306 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00604172  normal  0.881399 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03203  Sugar kinase, ribokinase family protein  29.83 
 
 		 327 aa  120  1.9999999999999998e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00908389  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1818  ribokinase-like domain-containing protein  29.04 
 
 		 308 aa  120  3.9999999999999996e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.72818  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4640  ribokinase  30.64 
 
 		 305 aa  119  4.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.162899  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39540  sugar kinase, ribokinase  32 
 
 		 296 aa  119  6e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.893162 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0354  ribokinase  31.35 
 
 		 308 aa  119  7e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1612  ribokinase family sugar kinase  28.52 
 
 		 340 aa  119  7e-26  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0874983  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4112  ribokinase  29.77 
 
 		 309 aa  119  7.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2297  ribokinase  31.39 
 
 		 309 aa  119  9e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0434925  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4277  ribokinase  29.77 
 
 		 309 aa  118  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.136431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4168  ribokinase  29.77 
 
 		 309 aa  118  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4097  ribokinase  30.1 
 
 		 309 aa  118  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4218  ribokinase  29.77 
 
 		 309 aa  118  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.980767 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3477  ribokinase  30.46 
 
 		 303 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1507  ribokinase  31.25 
 
 		 308 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1368  ribokinase  30.17 
 
 		 305 aa  117  3e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.176905  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1285  ribokinase  31.21 
 
 		 307 aa  116  3.9999999999999997e-25  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000150833  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0794  ribokinase family sugar kinase  30.07 
 
 		 313 aa  116  5e-25  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0266657  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3631  ribokinase  28.72 
 
 		 304 aa  115  6e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0810  ribokinase  32.11 
 
 		 303 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3232  ribokinase  30.1 
 
 		 302 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.493529  normal  0.585828 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1526  ribokinase  31.25 
 
 		 308 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.395922  normal  0.909431 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2837  ribokinase  31.58 
 
 		 302 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3307  ribokinase  30.2 
 
 		 303 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0646  ribokinase  30.2 
 
 		 303 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.497411 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1193  PfkB domain protein  34.24 
 
 		 306 aa  114  3e-24  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.8184  normal  0.176819 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0939  ribokinase  30.33 
 
 		 302 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000942042  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7361  ribokinase  30.24 
 
 		 308 aa  112  6e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2458  ribokinase  30.07 
 
 		 302 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2371  ribokinase  30.1 
 
 		 306 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0559074  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4112  ribokinase  30.51 
 
 		 314 aa  112  9e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.137764  normal  0.0163752 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0118  ribokinase  28.81 
 
 		 303 aa  112  1.0000000000000001e-23  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0225  ribokinase  29.13 
 
 		 317 aa  111  1.0000000000000001e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1802  ribokinase family sugar kinase  27.36 
 
 		 306 aa  112  1.0000000000000001e-23  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00331295  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0556  ribokinase family sugar kinase  28.76 
 
 		 308 aa  112  1.0000000000000001e-23  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.987541  hitchhiker  0.0000000000000234776 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3488  ribokinase  30.07 
 
 		 302 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232463  normal  0.188896 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2120  PfkB domain protein  28.72 
 
 		 290 aa  110  2.0000000000000002e-23  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0983  PfkB domain protein  30.98 
 
 		 322 aa  111  2.0000000000000002e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.143465  normal  0.0284601 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2276  PfkB domain protein  32.43 
 
 		 307 aa  110  3e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.303585  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2878  PfkB  31.53 
 
 		 290 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.662908 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4591  ribokinase  31.06 
 
 		 295 aa  109  6e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0624  ribokinase-like domain-containing protein  37.12 
 
 		 313 aa  109  7.000000000000001e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00311973 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1048  ribokinase  30.9 
 
 		 301 aa  108  8.000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2526  ribokinase  27.84 
 
 		 301 aa  108  1e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0253  ribokinase  28.72 
 
 		 304 aa  108  1e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>