100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1968 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1968  hypothetical protein  100 
 
 		 435 aa  893    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1087  HK97 family portal protein , putative  31.76 
 
 		 444 aa  181  2e-44  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1630  HK97 family phage portal protein  33.07 
 
 		 440 aa  181  2.9999999999999997e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.506997  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1252  HK97 family phage portal protein  31.76 
 
 		 420 aa  178  1e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0398  HK97 family phage portal protein  32.47 
 
 		 414 aa  175  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2836  phage portal protein, HK97 family  32.47 
 
 		 414 aa  176  9.999999999999999e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1483  hypothetical protein  30.69 
 
 		 421 aa  172  6.999999999999999e-42  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2273  phage portal protein, HK97 family  27.05 
 
 		 425 aa  149  7e-35  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1697  phage portal protein, HK97 family  27.05 
 
 		 425 aa  149  7e-35  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1313  phage portal protein, HK97 family  27.05 
 
 		 425 aa  149  7e-35  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1721  HK97 family phage portal protein  28.28 
 
 		 419 aa  136  9e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1751  HK97 family phage portal protein  31.59 
 
 		 420 aa  134  3e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.518591 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1682  phage phi-105 ORF25-like protein  29.87 
 
 		 407 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.844077 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2600  HK97 family phage portal protein  27.25 
 
 		 408 aa  131  2.0000000000000002e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0139387 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1188  HK97 family phage portal protein  27.68 
 
 		 413 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000136411 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2269  phage portal protein, HK97 family  27.4 
 
 		 413 aa  129  8.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000275865 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0862  phage portal protein, HK97 family  26.69 
 
 		 389 aa  129  1.0000000000000001e-28  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000000555494  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2265  phage portal protein, HK97 family  27.4 
 
 		 413 aa  128  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0612775 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1469  HK97 family portal protein  25.83 
 
 		 390 aa  125  2e-27  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1602  phage portal protein, HK97 family  29.08 
 
 		 434 aa  121  3e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1624  Phage portal protein, HK97  26.89 
 
 		 428 aa  119  7.999999999999999e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0210145  normal  1 
 
 
-
 
NC_014149  Plim_4251  phage portal protein, HK97 family  26.1 
 
 		 544 aa  114  3e-24  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1356  HK97 family phage portal protein  27.13 
 
 		 393 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.423386 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2492  Phage portal protein, HK97  28.18 
 
 		 395 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3972  HK97 family phage portal protein  26.56 
 
 		 411 aa  110  5e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.25148 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2595  HK97 family phage portal protein  25.41 
 
 		 436 aa  109  8.000000000000001e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2472  phage portal protein, HK97 family  27.19 
 
 		 542 aa  108  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5152  HK97 family phage portal protein  26.36 
 
 		 412 aa  108  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1996  phage portal protein, HK97 family  28.9 
 
 		 473 aa  108  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0457981  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2622  phage portal protein, HK97 family  26.27 
 
 		 417 aa  108  2e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.830928  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3975  phage portal protein, HK97 family  26.1 
 
 		 398 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0858  phage lambdaBa02, DNA replication protein  26.48 
 
 		 408 aa  105  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1648  hypothetical protein  27.52 
 
 		 422 aa  104  2e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.117092  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1898  HK97 family phage portal protein  27.25 
 
 		 416 aa  105  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2594  phage portal protein, HK97 family  27.2 
 
 		 434 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.601506  normal  0.257209 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1657  phage portal protein, HK97 family  24.86 
 
 		 408 aa  101  2e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2965  prophage LambdaSo, HK97 family portal protein  25.63 
 
 		 432 aa  101  2e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0274  HK97 family phage portal protein  27.63 
 
 		 392 aa  101  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1628  Phage portal protein, HK97  27.27 
 
 		 392 aa  100  5e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.220321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1586  HK97 family phage portal protein  24.63 
 
 		 415 aa  97.8  3e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00170734  n/a   
 
 
-
 
NC_008265  CPR_C0014  phage portal protein, HK97 family  23.81 
 
 		 409 aa  97.8  3e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7331  phage portal protein, HK97 family  27.27 
 
 		 428 aa  97.4  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.110514  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3314  phage portal protein, HK97 family  21.31 
 
 		 433 aa  95.9  1e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000016128 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1485  Phage portal protein, HK97  26.67 
 
 		 399 aa  95.5  2e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.334021 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4979  hypothetical protein  22.73 
 
 		 436 aa  94.7  3e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7142  HK97 family phage portal protein  25.37 
 
 		 524 aa  94.7  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.994183  hitchhiker  0.00715135 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5358  hypothetical protein  22.73 
 
 		 436 aa  94.7  3e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0953  HK97 family phage portal protein  23.06 
 
 		 404 aa  94.4  4e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1337  HK97 family phage portal protein  25.06 
 
 		 444 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.253916 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1617  HK97 family phage portal protein  26.46 
 
 		 426 aa  92.4  1e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.709388  normal  0.287703 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1670  Phage portal protein, HK97  25.95 
 
 		 407 aa  92  2e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1565  HK97 family phage portal protein  24.81 
 
 		 431 aa  90.9  4e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000649364 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3396  HK97 family phage portal protein  27.32 
 
 		 445 aa  90.9  4e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0697474  hitchhiker  0.00000000693474 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3879  HK97 family phage portal protein  26.21 
 
 		 423 aa  90.5  6e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.49861  normal  0.0112805 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1680  HK97 family phage portal protein  23.91 
 
 		 416 aa  89.7  9e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.905165  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1336  HK97 family phage portal protein  25.32 
 
 		 417 aa  88.2  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.352989  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4004  phage portal protein, HK97 family  23.27 
 
 		 413 aa  87  7e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1457  phage portal protein, HK97 family  22.65 
 
 		 417 aa  85.9  0.000000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2199  HK97 family portal protein , putative  34.67 
 
 		 225 aa  85.9  0.000000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1286  HK97 family phage portal protein  24.72 
 
 		 384 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.242  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0625  phage portal protein, HK97 family  22.42 
 
 		 413 aa  85.5  0.000000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4463  phage portal protein, HK97 family  22.27 
 
 		 434 aa  85.1  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679414 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1045  head portal protein  25.14 
 
 		 460 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.326172  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3865  HK97 family phage portal protein  24.86 
 
 		 429 aa  83.2  0.000000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00272242 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1632  HK97 family phage portal protein  27.52 
 
 		 429 aa  82.4  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.543468  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2027  phage portal protein  26.42 
 
 		 406 aa  82.4  0.00000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0869  HK97 family phage portal protein  24.73 
 
 		 409 aa  81.6  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010721  Mpop_5463  hypothetical protein  25.07 
 
 		 412 aa  82.4  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1544  Phage portal protein, HK97  23.86 
 
 		 424 aa  82  0.00000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0463  phage portal protein  23.06 
 
 		 411 aa  80.9  0.00000000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.390433 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0647  Phage portal protein, HK97  24.39 
 
 		 434 aa  79  0.0000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.239357  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1303  phage portal protein, HK97 family  26.72 
 
 		 437 aa  77.8  0.0000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2502  phage portal protein, HK97 family  25.64 
 
 		 420 aa  75.9  0.000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.160981  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2360  head HK97 family portal protein  26.61 
 
 		 397 aa  75.5  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.479162  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3316  HK97 family phage portal protein  23.82 
 
 		 416 aa  74.7  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.246565 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2069  HK97 family phage portal protein  23.82 
 
 		 416 aa  75.1  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0360  HK97 family phage portal protein  22.89 
 
 		 445 aa  73.9  0.000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0989  HK97 family phage portal protein  22.89 
 
 		 445 aa  73.6  0.000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5506  phage portal protein, HK97 family  23.58 
 
 		 408 aa  72  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.709326  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3945  HK97 family phage portal protein  25.85 
 
 		 404 aa  71.6  0.00000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00231416  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0339  Phage portal protein, HK97  24 
 
 		 407 aa  70.9  0.00000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0482575  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1717  Phage portal protein, HK97  23.14 
 
 		 406 aa  69.3  0.0000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2688  phage portal protein, HK97 family  22.74 
 
 		 464 aa  64.7  0.000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.912505  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3805  hypothetical protein  21.54 
 
 		 404 aa  62.4  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4093  hypothetical protein  21.54 
 
 		 389 aa  62.4  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4384  phage portal protein, HK97 family  23.77 
 
 		 264 aa  58.5  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2959  phage portal protein, HK97 family  20.36 
 
 		 415 aa  58.2  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2236  HK97 family phage portal protein  22.01 
 
 		 447 aa  55.5  0.000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.759812  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0644  HK97 family phage portal protein  23.14 
 
 		 401 aa  53.5  0.000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6184  portal protein  21.36 
 
 		 414 aa  52.4  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2997  putative head portal protein  24.48 
 
 		 408 aa  52.8  0.00001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.429219  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1080  HK97 family phage portal protein  20.62 
 
 		 412 aa  52.4  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1060  HK97 family phage portal protein  20.62 
 
 		 412 aa  52.4  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2583  hypothetical protein  36.9 
 
 		 123 aa  51.2  0.00004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000348076 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2238  phage portal protein, HK97 family  19.84 
 
 		 389 aa  50.4  0.00006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0330088  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2245  putative phage portal protein, HK97 family  20.83 
 
 		 859 aa  50.4  0.00006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000140812 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1540  putative phage portal protein, HK97 family  20.83 
 
 		 833 aa  50.4  0.00006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.533039 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2891  putative phage portal protein, HK97 family  20.83 
 
 		 833 aa  50.4  0.00007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000639413 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0243  HK97 family phage portal protein  20.06 
 
 		 441 aa  48.5  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4113  HK97 family phage portal protein  22.32 
 
 		 455 aa  44.7  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>