More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_3625 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_3625  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 309 aa  594  1e-169  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1659  transcriptional regulator, LysR family  57.14 
 
 		 313 aa  323  2e-87  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.362999  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2476  LysR family transcriptional regulator  54.02 
 
 		 311 aa  300  3e-80  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.942555  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6799  transcriptional regulator, LysR family  52.44 
 
 		 307 aa  293  2e-78  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.927236 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6954  transcriptional regulator, LysR family  51.07 
 
 		 306 aa  274  1.0000000000000001e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.105875  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3644  transcriptional regulator, LysR family  32.59 
 
 		 327 aa  108  8.000000000000001e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4573  Transcriptional regulator-like protein  33.57 
 
 		 340 aa  103  5e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0749123  normal  0.0733806 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0374  transcriptional regulator, LysR family  32.26 
 
 		 330 aa  100  3e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.492908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0687  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 328 aa  90.5  3e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.730291 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7048  transcriptional regulator, LysR family  31.14 
 
 		 328 aa  90.1  4e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.116097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  34.8 
 
 		 301 aa  85.9  7e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5426  transcriptional regulator, LysR family  29.34 
 
 		 294 aa  85.9  8e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.954201 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06400  LysR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 308 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.369757  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0594  putative transcriptional regulator  32.66 
 
 		 305 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6467  regulatory protein, LysR  36.24 
 
 		 228 aa  82.8  0.000000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34290  Transcriptional regualtor, LysR family  33.98 
 
 		 294 aa  81.6  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 293 aa  82  0.00000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 302 aa  81.3  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1850  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 328 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2461  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 328 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1478  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 309 aa  80.1  0.00000000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0854082  hitchhiker  0.000187974 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0350  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 295 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.334528  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4431  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 291 aa  79.7  0.00000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3249  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 297 aa  79.3  0.00000000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.332208  normal  0.244414 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2027  transcriptional regulator, LysR family  34.25 
 
 		 307 aa  79.3  0.00000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.294769  hitchhiker  0.0000000175537 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3097  transcriptional regulator, LysR family  27.88 
 
 		 319 aa  78.6  0.0000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01379  predicted DNA-binding transcriptional regulator  34.07 
 
 		 307 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4628  transcriptional regulator, LysR family  35.38 
 
 		 292 aa  77.8  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0890971  normal  0.246233 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2224  transcriptional regulator, LysR family  34.07 
 
 		 307 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.1844  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2466  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 304 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.708031  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  39.87 
 
 		 296 aa  77.8  0.0000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1647  transcriptional regulator, LysR family  33.52 
 
 		 307 aa  77.4  0.0000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.997012  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01391  hypothetical protein  34.07 
 
 		 307 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 296 aa  77.8  0.0000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2608  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 300 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 297 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 297 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 297 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  39.87 
 
 		 296 aa  77.4  0.0000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 298 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1224  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 289 aa  76.6  0.0000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0394  transcriptional regulator  35.35 
 
 		 293 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.505096  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46680  Transcriptional regulator, LysR-family  35.03 
 
 		 297 aa  76.6  0.0000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1601  LysR family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 307 aa  76.3  0.0000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1504  LysR family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 307 aa  76.3  0.0000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2237  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 339 aa  76.3  0.0000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.956085 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1752  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 307 aa  76.3  0.0000000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.53029e-17 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6619  transcriptional regulator, LysR family  31.1 
 
 		 300 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2030  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 303 aa  75.9  0.0000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 297 aa  75.9  0.0000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2724  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 293 aa  75.9  0.0000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0713788  normal  0.0834627 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  40.69 
 
 		 308 aa  75.9  0.0000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3918  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 299 aa  75.9  0.0000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.369694  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5111  transcriptional regulator, LysR family  32.11 
 
 		 297 aa  75.9  0.0000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5792  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 304 aa  75.9  0.0000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.316053 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 299 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0833  LysR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 304 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2937  transcriptional regulator, LysR family  29.6 
 
 		 305 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7097  transcriptional regulator, LysR family  34.63 
 
 		 296 aa  75.5  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.785925  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1437  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.11 
 
 		 293 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2087  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 299 aa  75.1  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.589785  normal  0.993199 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0833  transcriptional regulator, LysR family  33.5 
 
 		 294 aa  75.5  0.000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  34.55 
 
 		 301 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3205  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 314 aa  75.5  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0304  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 293 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1858  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 293 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.039705  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1746  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 293 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  33.5 
 
 		 295 aa  75.1  0.000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2953  LysR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 294 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0014  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 299 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7868  transcriptional regulator, LysR family  34.48 
 
 		 296 aa  74.7  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.365024 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1900  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 300 aa  74.7  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2378  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 305 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2129  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 293 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.121849  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2156  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 300 aa  74.3  0.000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0865  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 293 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1152  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 293 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3441  transcriptional regulator, LysR family  31.05 
 
 		 297 aa  74.7  0.000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0607  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 296 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.693427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 299 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_03130  transcriptional regulator  27.14 
 
 		 322 aa  74.3  0.000000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1536  LysR, substrate-binding  34.67 
 
 		 294 aa  73.9  0.000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.93912 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  35.57 
 
 		 302 aa  74.3  0.000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0242  LysR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 312 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2510  LysR family transcriptional regulator  32.15 
 
 		 305 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  30.27 
 
 		 302 aa  73.9  0.000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0095  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 291 aa  73.6  0.000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 296 aa  73.9  0.000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0157  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 296 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23730  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 297 aa  73.6  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0194065 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0640  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 296 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2723  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.16 
 
 		 305 aa  73.2  0.000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.63808  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4891  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 285 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0719515  hitchhiker  0.000498702 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2801  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  23.77 
 
 		 294 aa  72.8  0.000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  27.66 
 
 		 300 aa  73.2  0.000000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 301 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6475  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.04 
 
 		 295 aa  72.8  0.000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6478  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.04 
 
 		 295 aa  72.8  0.000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1816  transcriptional regulator, LysR family  33.15 
 
 		 304 aa  72.8  0.000000000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6068  LysR family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 303 aa  72.4  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>