218 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_3002 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_3002  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 		 372 aa  736    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.457806  n/a   
 
 
-
 
NC_009806  Krad_4659  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.22 
 
 		 203 aa  92.8  1e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.102752 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2342  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.95 
 
 		 201 aa  80.1  0.00000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.944243  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0012  DNA polymerase III fragment  31.25 
 
 		 287 aa  75.9  0.000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0181  putative exonuclease  36.42 
 
 		 289 aa  70.5  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.66165  normal  0.100194 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2362  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.46 
 
 		 201 aa  68.6  0.0000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0173378  hitchhiker  0.0000149348 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4217  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  33.76 
 
 		 302 aa  63.2  0.000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.77511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2482  DNA-directed DNA polymerase  36.07 
 
 		 168 aa  62.4  0.00000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2071  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.37 
 
 		 631 aa  60.5  0.00000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2319  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.26 
 
 		 217 aa  58.2  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.127163  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5534  DNA polymerase III subunits gamma and tau  38.37 
 
 		 643 aa  58.2  0.0000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13753  DNA polymerase III subunits gamma and tau  35.11 
 
 		 578 aa  57.8  0.0000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.55 
 
 		 565 aa  57.4  0.0000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3499  exonuclease  29.55 
 
 		 198 aa  57.4  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.108148  hitchhiker  4.31103e-25 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0677  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.35 
 
 		 392 aa  57  0.0000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.566846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1281  DNA polymerase III subunits gamma and tau  37.8 
 
 		 652 aa  57  0.0000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1292  DNA polymerase III subunit epsilon  35.04 
 
 		 345 aa  57  0.0000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0201  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  39.02 
 
 		 713 aa  56.2  0.0000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2347  exonuclease  31.17 
 
 		 313 aa  56.2  0.0000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0914  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.38 
 
 		 395 aa  55.8  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1420  DNA-directed DNA polymerase  28.74 
 
 		 180 aa  55.8  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.178173 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36570  DNA polymerase III, subunit gamma/tau  38.46 
 
 		 690 aa  55.5  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.429514  normal  0.480255 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1595  DNA polymerase/helicase  40.38 
 
 		 379 aa  55.1  0.000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000700691  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3077  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.42 
 
 		 383 aa  55.1  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15750  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  32.71 
 
 		 616 aa  55.1  0.000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.270349  normal  0.534773 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3336  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.25 
 
 		 609 aa  55.5  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1099  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 		 240 aa  54.3  0.000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0819547  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4114  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.86 
 
 		 378 aa  54.7  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000182264  normal  0.497527 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0966  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.68 
 
 		 375 aa  54.7  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000153068  normal  0.250599 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0528  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.68 
 
 		 375 aa  54.7  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000485007  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3068  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.25 
 
 		 605 aa  54.7  0.000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0177257  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1006  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.68 
 
 		 375 aa  54.7  0.000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000000140116  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2392  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.82 
 
 		 398 aa  53.9  0.000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0849  DNA polymerase III subunit epsilon  28.76 
 
 		 231 aa  53.5  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.577786  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1300  DNA polymerase III subunit epsilon  37.5 
 
 		 574 aa  53.9  0.000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0498  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.17 
 
 		 240 aa  53.5  0.000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.231087  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1500  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.17 
 
 		 240 aa  53.5  0.000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000153009  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.84 
 
 		 595 aa  53.1  0.000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0475  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.33 
 
 		 765 aa  53.1  0.000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  hitchhiker  0.00148919  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0866  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.74 
 
 		 375 aa  53.1  0.000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000243712  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2204  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.58 
 
 		 252 aa  52.8  0.000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4419  DNA polymerase III, epsilon subunit  42 
 
 		 224 aa  52.8  0.000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.280676  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4798  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.07 
 
 		 330 aa  52.4  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.765348  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0878  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.98 
 
 		 375 aa  52.8  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.628504  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2155  DNA-directed DNA polymerase  29.27 
 
 		 180 aa  52.8  0.00001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  25.71 
 
 		 242 aa  52.8  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13743  DNA polymerase III subunit epsilon  34.58 
 
 		 329 aa  52.4  0.00001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000832595  normal  0.511972 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5519  DNA polymerase III subunit epsilon  33.33 
 
 		 333 aa  52.4  0.00001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.716069  normal  1 
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0007  YacC  32.31 
 
 		 282 aa  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.292935  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2071  DNA polymerase III subunit epsilon  30.65 
 
 		 234 aa  52  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0649  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35 
 
 		 743 aa  51.6  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.85 
 
 		 205 aa  51.6  0.00002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0572  putative exonuclease  30.73 
 
 		 695 aa  51.6  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16617  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1004  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.36 
 
 		 282 aa  52  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0855  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.19 
 
 		 532 aa  51.6  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2197  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.28 
 
 		 205 aa  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0519695  hitchhiker  0.000111985 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1991  DNA polymerase III subunit epsilon  30.65 
 
 		 234 aa  52  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0436  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.18 
 
 		 339 aa  51.6  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0464133  normal  0.956681 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5151  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.29 
 
 		 174 aa  51.2  0.00003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  40.2 
 
 		 584 aa  50.8  0.00004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2225  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.24 
 
 		 695 aa  50.8  0.00004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.616046  normal  0.73747 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5277  DNA polymerase III subunits gamma and tau  35.14 
 
 		 618 aa  50.4  0.00005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.028048  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3616  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.64 
 
 		 530 aa  50.1  0.00006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00210343  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000241  DNA polymerase III alpha subunit  35.35 
 
 		 204 aa  50.1  0.00006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4556  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.82 
 
 		 659 aa  50.1  0.00006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1813  hypothetical protein  37.25 
 
 		 603 aa  50.1  0.00006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0953081  normal  0.0279118 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2943  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.41 
 
 		 410 aa  50.1  0.00006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.000266032  decreased coverage  0.0000042458 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2686  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.08 
 
 		 610 aa  50.1  0.00007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.700207  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2539  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.91 
 
 		 235 aa  50.1  0.00007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3773  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.71 
 
 		 204 aa  49.7  0.00008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.2447  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6889  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  36.36 
 
 		 293 aa  49.7  0.00008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.796423  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1339  hypothetical protein  28.15 
 
 		 233 aa  49.7  0.00009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1335  hypothetical protein  28.15 
 
 		 233 aa  49.7  0.00009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09513  probable DNA-directed DNA polymerase III (epsilon subunit)  28 
 
 		 457 aa  49.7  0.00009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4061  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.29 
 
 		 204 aa  49.7  0.00009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.698686  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.53 
 
 		 695 aa  49.7  0.00009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1445  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.99 
 
 		 214 aa  48.9  0.0001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000779612  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1599  DNA polymerase III subunit epsilon  28.95 
 
 		 253 aa  48.9  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3055  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.58 
 
 		 218 aa  49.3  0.0001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000215012  normal  0.403566 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1011  DNA polymerase III, alpha subunit  28.68 
 
 		 1447 aa  48.9  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.939055  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3289  hypothetical protein  31.9 
 
 		 630 aa  48.9  0.0001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4900  DNA polymerase III subunit epsilon  32.98 
 
 		 330 aa  48.9  0.0001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.989955  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4909  DNA polymerase III subunits gamma and tau  33.78 
 
 		 616 aa  48.9  0.0001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.332565  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1576  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.52 
 
 		 219 aa  48.9  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00126121  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3351  hypothetical protein  31.9 
 
 		 630 aa  48.9  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.477195  normal  0.0699162 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4989  DNA polymerase III subunit epsilon  32.98 
 
 		 330 aa  48.9  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4998  DNA polymerase III subunits gamma and tau  33.78 
 
 		 616 aa  48.9  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1272  DNA polymerase III subunit epsilon  28.95 
 
 		 253 aa  48.9  0.0001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.337432  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0597  DNA polymerase III subunit epsilon  28.95 
 
 		 253 aa  48.9  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.126045  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1465  DNA polymerase III subunit epsilon  28.95 
 
 		 253 aa  48.9  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1495  DNA polymerase III subunit epsilon  28.95 
 
 		 253 aa  48.9  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3300  hypothetical protein  31.9 
 
 		 630 aa  49.3  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.906388  normal  0.18719 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5268  DNA polymerase III subunit epsilon  32.98 
 
 		 330 aa  49.3  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.674728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1173  DNA polymerase III subunit epsilon  33.64 
 
 		 244 aa  48.1  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0119092  normal  0.138843 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02388  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 		 239 aa  48.5  0.0002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0184363  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0762  DNA polymerase III subunit epsilon  29.05 
 
 		 240 aa  48.5  0.0002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.869408  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  30.28 
 
 		 570 aa  48.5  0.0002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3922  DNA polymerase III subunit epsilon  36.63 
 
 		 530 aa  48.5  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000050364  normal  0.710356 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2682  DNA-directed DNA polymerase  34.38 
 
 		 574 aa  48.1  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.649175  normal  0.224749 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0555  DNA polymerase III subunit epsilon  29.05 
 
 		 240 aa  48.5  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>