186 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_R0034 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013124  Afer_R0034  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0036  tRNA-His  94.59 
 
 		 74 bp  115  2.0000000000000002e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.0000713799  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0041  tRNA-His  93.44 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0113138  normal  0.890079 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0011  tRNA-His  93.44 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000000136335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0021  tRNA-His  93.44 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000077385  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0028  tRNA-His  93.44 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.252923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0044  tRNA-His  93.44 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000000342103  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0082  tRNA-His  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000305827  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t38  tRNA-His  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100556  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0017  tRNA-His  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000374304  hitchhiker  0.000000156779 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0045  tRNA-His  91.8 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000161818  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0006  tRNA-His  94.34 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000105262  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0052  tRNA-His  94.23 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0296253  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0033  tRNA-His  92.59 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.184442  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0016  tRNA-His  95.65 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0319079  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0019  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000230793  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0019  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000464578  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0023  tRNA-His  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.794961  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13120  tRNA-His  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.100259  normal  0.836167 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0024  tRNA-His  92.16 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.62576e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0004  tRNA-His  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0477942  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0037  tRNA-His  90.57 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.740745  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0049  tRNA-His  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000343908  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0041  tRNA-His  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000458383  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0041  tRNA-His  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0038  tRNA-His  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000137357  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0031  tRNA-His  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  decreased coverage  0.00000176121  normal  0.0395456 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0018  tRNA-His  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.898186  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0021  tRNA-His  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0582206  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06590  tRNA-His  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.435394 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0014  tRNA-His  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0346111  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0047  tRNA-His  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.030582 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0085  tRNA-His  88.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.317086  normal  0.564028 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0010  tRNA-His  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6018  tRNA-His  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0522895  normal  0.0385855 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0030  tRNA-His  90.91 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0024  tRNA-His  86.11 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000441767  unclonable  9.7747e-19 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0070  tRNA-His  86.11 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0203804  normal  0.914236 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-His-1  tRNA-His  87.27 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4336  tRNA-His  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0057  tRNA-His  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.20058  hitchhiker  0.00682829 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0011  tRNA-His  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.248673 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0044  tRNA-His  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.94267 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0022  tRNA-His  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0431591 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0040  tRNA-His  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.651238 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0004  tRNA-His  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.817868  normal  0.0325973 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0029  tRNA-His  88.89 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.499357  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0065  tRNA-His  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0055  tRNA-His  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  86.79 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.500837  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t29  tRNA-His  88.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.158046  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0022  tRNA-His  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0010  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.239466  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1548  tRNA-His  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0049  tRNA-His  84.42 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0065  tRNA-His  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.22158  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0019  tRNA-His  84.42 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.322851  normal  0.248393 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-His-1  tRNA-His  88.64 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00000011209  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0038  tRNA-His  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0051  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.959203 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0067  tRNA-Val  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000631396  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0068  tRNA-Val  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000545577  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0040  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.22275  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14170  tRNA-Val  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.688335  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0037  tRNA-His  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000665099  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0023  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000591513  hitchhiker  0.0000000000000043689 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0031  tRNA-His  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.679826  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0017  tRNA-Asp  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0016  tRNA-Asp  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0018  tRNA-His  84.51 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.338609  normal  0.373467 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17540  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.164886  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna44  tRNA-His  83.1 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0035  tRNA-His  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000105809  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0002  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0030  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.546773  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0040  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0034  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00540131 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0051  tRNA-His  86.27 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000083549  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0040  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.491584  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0022  tRNA-His  84.51 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.119754  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0041  tRNA-Arg  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.225323  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1610  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0118  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000845195  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0012  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0594499 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0041  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0015  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.956741  normal  0.235739 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0036  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.912426  normal  0.0318611 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0073  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.618922  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0074  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.593802  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0127  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000330359  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0010  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.678705 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0008  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00154963  normal  0.549393 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0070  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000447214  normal  0.107395 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0135  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000335927  normal  0.0144188 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0015  tRNA-Arg  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0066  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.603715  normal  0.0472692 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0007  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0011  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.519438 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0294  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t13674  tRNA-His  100 
 
 		 70 bp  44.1  0.005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>