200 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_R0030 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_R0030  tRNA-His  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-His-1  tRNA-His  92.06 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0021  tRNA-His  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0024  tRNA-His  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000441767  unclonable  9.7747e-19 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0018  tRNA-His  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00677914  normal  0.417435 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0623  tRNA-His  90 
 
 		 78 bp  60  0.00000007  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0104886  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0018  tRNA-His  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.898186  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0034  tRNA-His  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0031  tRNA-His  90.38 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.679826  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0050  tRNA-His  88 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60220  tRNA-His  90.24 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0041  tRNA-His  88.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0071  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.641081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0003  tRNA-Asp  100 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.541849 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41330  tRNA-His  90.24 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.908879  normal  0.386622 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0063  tRNA-Asp  100 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.453793  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09670  tRNA-His  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.253938  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0034  tRNA-Asp  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0915271  hitchhiker  0.000000414345 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0043  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0020  tRNA-His  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.889352  normal  0.733975 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0040  tRNA-His  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.239728  normal  0.262855 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0034  tRNA-His  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0019  tRNA-His  91.89 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0563192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3503  tRNA-His  90.24 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3505  tRNA-His  90.24 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0019  tRNA-His  84.06 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.322851  normal  0.248393 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0039  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0058  tRNA-Asp  100 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.308145  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-5  tRNA-Ser  100 
 
 		 67 bp  48.1  0.0003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0806  hypothetical protein  100 
 
 		 108 bp  48.1  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000935428 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0040  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0027  tRNA-His  83.82 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000556999  normal  0.160274 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33730  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0035  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000144039  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0039  tRNA-OTHER  100 
 
 		 71 bp  48.1  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.022052  normal  0.0225653 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0017  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0016  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000203763  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0047  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0323697  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0024  tRNA-Gln  85.71 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000359356  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0017  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0043  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0026  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.223483  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0088  tRNA-His  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000578887  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0040  tRNA-Gly  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0053459  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0004  tRNA-Asn  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.392598  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t44  tRNA-His  84.75 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0633005  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0035  tRNA-Gly  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0041  tRNA-Gly  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00225081  hitchhiker  0.00893878 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0049  tRNA-Asp  100 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000144265  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA32  tRNA-His  84.75 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.922886  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0027  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0028  tRNA-Gly  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0030  tRNA-Gly  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0024  tRNA-Gly  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.129235  normal  0.301569 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0048  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0106217  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0044  tRNA-His  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.1121e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0031  tRNA-Gly  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000337509 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00820  tRNA-Gly  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.193578  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0005  tRNA-Asn  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.657067  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0043  tRNA-Gly  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00050261  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0012  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0003  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.401979  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0028  tRNA-Gly  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.179764  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0019  tRNA-Gly  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0034  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0028  tRNA-Gly  100 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.000877648  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0177  tRNA-Gly  100 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0030  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.121021  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0030  tRNA-Gly  100 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00403555 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0010  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0005  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0281079  normal  0.0361726 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0027  tRNA-Gly  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000425018 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0025  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0024  tRNA-Gly  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000411365 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14020  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0025  tRNA-Gly  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.627551 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0028  tRNA-Gly  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.584066 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0010  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0048  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000863907  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16780  tRNA-Gly  100 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.189854  normal  0.0581004 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0042  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.767565  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0006  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16750  tRNA-Gly  100 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.190541  normal  0.0593144 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0064  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000325658  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14880  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.67591  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0034  tRNA-Gly  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.793072  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0048  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.950011  normal  0.193267 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0035  tRNA-Gly  100 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.443699  normal  0.0257466 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Gly-4  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5654  tRNA-Gly  100 
 
 		 72 bp  44.1  0.004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000615914  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Gly-4  tRNA-Gly  100 
 
 		 78 bp  44.1  0.004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000299273  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Gly-5  tRNA-Gly  100 
 
 		 78 bp  44.1  0.004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000174679  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Gly-8  tRNA-Gly  100 
 
 		 78 bp  44.1  0.004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00746864  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Gly-7  tRNA-Gly  100 
 
 		 78 bp  44.1  0.004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0273307  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0017  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0817161  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0281  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000381106  hitchhiker  0.0000254958 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07693  tRNA-Gly  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0026  tRNA-Gly  100 
 
 		 72 bp  44.1  0.004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0170  tRNA-Gly  100 
 
 		 72 bp  44.1  0.004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>