53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_R0018 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_R0018  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00677914  normal  0.417435 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0030  tRNA-His  90.38 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02962  tRNA-Asn  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna118  tRNA-Asn  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000544354  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0035  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.073157  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0071  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.641081  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0041  tRNA-His  87.93 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0031  tRNA-His  87.72 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.679826  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0291  tRNA-Lys  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0132  tRNA-Lys  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna095  tRNA-Asn  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000672543  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03597  tRNA-Asn  96.43 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03600  tRNA-Asn  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03605  tRNA-Asn  96.43 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03607  tRNA-Asn  96.43 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0024  tRNA-His  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000441767  unclonable  9.7747e-19 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0025  tRNA-Lys  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna093  tRNA-Asn  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000268933  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna101  tRNA-Asn  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000041783  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna098  tRNA-Asn  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000481863  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0074  tRNA-Asn  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0020  tRNA-Asn  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0073  tRNA-Asn  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0072  tRNA-Asn  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0026  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.382296  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0088  tRNA-His  84.13 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000578887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2872  tRNA-Asn  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000229793  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0023  tRNA-Asn  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00104311  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_R0006  tRNA-Lys  96.3 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.657392  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0850  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.031083  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0031  tRNA-Asn  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.605092 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0008  tRNA-Asn  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0029  tRNA-Asn  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.25599  normal  0.694984 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_R0004  tRNA-Asn  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2628  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-His-1  tRNA-His  86.21 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0034  tRNA-Asp  85.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0659672  normal  0.192968 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0060  tRNA-His  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0031  tRNA-Asp  85.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0703177 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0046  tRNA-Asp  85.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.165738 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2942  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.265359  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2945  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.393325  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2948  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.282487  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2625  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0049  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.119188  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0044  tRNA-His  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000143676 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1168  tRNA-Met  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0031  tRNA-Asp  85.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2631  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.830892  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0014  tRNA-Lys  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000717707 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0029  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000643292  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0063  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000164235  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA43  tRNA-Asp  85.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.353058 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>