More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_R0058 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_R0058  tRNA-Asp  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0003  tRNA-Asp  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.541849 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0063  tRNA-Asp  98.67 
 
 		 78 bp  141  3e-32  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.453793  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0045  tRNA-Asp  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0061  tRNA-Asp  91.38 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.213115  normal  0.210612 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0059  tRNA-Asp  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.778422  normal  0.68606 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0055  tRNA-Asp  95.56 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.509832  normal  0.38034 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0034  tRNA-Asp  97.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0915271  hitchhiker  0.000000414345 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06170  tRNA-Asp  95.35 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.58434  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0020  tRNA-Asp  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0057  tRNA-Asp  95.24 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.116847  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0037  tRNA-Asp  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0700091  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0049  tRNA-Asp  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.221048  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0053  tRNA-Asp  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14012  tRNA-Asp  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.2553699999999997e-37  hitchhiker  0.00000344638 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0046  tRNA-Asp  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.923307  normal  0.624215 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0051  tRNA-Asp  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0046  tRNA-Asp  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0045  tRNA-Asp  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.280943 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0016  tRNA-Asp  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.649998  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0096  tRNA-Asp  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.434013  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34020  tRNA-Asp  93.33 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.73239  normal  0.53918 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0014  tRNA-Asp  93.33 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0062  tRNA-Asp  91.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0749311  normal  0.108854 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0054  tRNA-Asp  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.521016 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0049  tRNA-Asp  93.33 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.85452 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0041  tRNA-Glu  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000102386  normal  0.397694 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0009  tRNA-Asp  91.84 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0059  tRNA-Asp  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.938712  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0094  tRNA-Asp  95.12 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0093  tRNA-Asp  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0055  tRNA-Asp  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Asp-1  tRNA-Asp  90.38 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Asp-2  tRNA-Asp  90.38 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0102233  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Asp-3  tRNA-Asp  90.38 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0024  tRNA-Asp  90.38 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00556712  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0173  tRNA-Asp  90.38 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0414  tRNA-Asp  90.38 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0616515  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0057  tRNA-Asp  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0671141  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0049  tRNA-Asp  93.02 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000144265  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0073  tRNA-Asp  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.524429 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0043  tRNA-Asp  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.101235  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0036    92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.132649  normal  0.79109 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0027  tRNA-Asp  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0025  tRNA-Asp  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.883034 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0006  tRNA-Asp  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00108569 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0060  tRNA-Asp  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.488944  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0016  tRNA-Asp  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01860  tRNA-Asp  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0074  tRNA-Asp  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.529781 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAAspVIMSS1309352  tRNA-Asp  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0875089  normal  0.947878 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0082  tRNA-Asp  87.93 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0007  tRNA-Asp  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAAspVIMSS1309079  tRNA-Asp  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAAspVIMSS1309111  tRNA-Asp  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAAspVIMSS1309200  tRNA-Asp  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.0997712 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAAspVIMSS1309155  tRNA-Asp  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0722845  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0021  tRNA-Asp  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Asp-1  tRNA-Asp  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.602947  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Asp-2  tRNA-Asp  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.520938  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1156  tRNA-Asp  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00893597  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2182  tRNA-Asp  96.97 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2178  tRNA-Asp  96.97 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1734  tRNA-Asp  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00000527786  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1738  tRNA-Asp  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0000457664  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0052  tRNA-Asp  89.8 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0054  tRNA-Asp  89.8 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0065  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.109951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1160  tRNA-Asp  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0165656  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0059  tRNA-Asp  89.8 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2259  tRNA-Asp  96.97 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.169626  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2219  tRNA-Asp  96.97 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0038  tRNA-Asp  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.298827  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0063  tRNA-Asp  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.594649  normal  0.0648097 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08980  tRNA-Glu  92.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000013154 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0023  tRNA-Glu  92.31 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000000272439  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0038  tRNA-Asp  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000264026  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0040  tRNA-Asp  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000865357  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0042  tRNA-Asp  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000403419  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37120  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.176209  normal  0.041751 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0005  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0076  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0034  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.848663  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0047  tRNA-Glu  92.31 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00511598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0006  tRNA-Asp  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.604068 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0012  tRNA-Asp  90.48 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000035701  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0025  tRNA-Asp  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0357766  normal  0.112448 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0003  tRNA-Glu  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0763147  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0026  tRNA-Asp  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0364321  normal  0.064648 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07693  tRNA-Gly  96.67 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0027  tRNA-Asp  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.221595  normal  0.0673851 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0057  tRNA-Glu  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAAspVIMSS1309266  tRNA-Asp  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0050  tRNA-Glu  91.3 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.499869  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0027  tRNA-Asp  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0556629  normal  0.064648 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0027  tRNA-Asp  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.00000000032409  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0050  tRNA-Asp  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0232692  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0557  tRNA-Asp  88.89 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2174  tRNA-Asp  88.89 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.333692  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0023  tRNA-OTHER  92.68 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.36519 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>