58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Adeh_1457 on replicon NC_007760
Organism: Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007760  Adeh_1457  DNA-binding cold-shock protein  100 
 
 		 194 aa  380  1e-105  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.616969  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2405  cold-shock DNA-binding domain protein  94.36 
 
 		 195 aa  358  3e-98  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0142448  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2492  Cold-shock protein DNA-binding  94.36 
 
 		 195 aa  358  4e-98  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0458  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.08 
 
 		 197 aa  212  2.9999999999999995e-54  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4090  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.9 
 
 		 188 aa  164  1.0000000000000001e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.25862 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2438  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  44.13 
 
 		 182 aa  160  1e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2701  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.34 
 
 		 189 aa  150  8e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.282479  normal  0.669398 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49880  Cold-shock domain-containing protein  43.92 
 
 		 189 aa  141  5e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.335771  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0247  Cold-shock protein DNA-binding  42.86 
 
 		 192 aa  140  9.999999999999999e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0545  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.9 
 
 		 187 aa  135  3.0000000000000003e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4049  cold-shock protein, DNA-binding  40.78 
 
 		 176 aa  134  9e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000700497  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2991  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.41 
 
 		 186 aa  134  9.999999999999999e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0905  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  36.6 
 
 		 195 aa  128  5.0000000000000004e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.489949  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0821  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  40.56 
 
 		 181 aa  127  7.000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0142  cold shock protein  34.78 
 
 		 183 aa  127  1.0000000000000001e-28  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2184  ribosomal subunit interface protein domain/'cold-shock' DNA-binding domain-containing protein  34.78 
 
 		 178 aa  127  1.0000000000000001e-28  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0149492  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1447  SSU ribosomal protein S30P / sigma 54 modulation protein  37.5 
 
 		 189 aa  121  7e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.12501  normal  0.434118 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3849  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  37.22 
 
 		 196 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4848  cold-shock DNA-binding domain protein  34.52 
 
 		 207 aa  106  3e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00619999  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1214  hypothetical protein  34.25 
 
 		 190 aa  105  4e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1208  hypothetical protein  33.7 
 
 		 190 aa  103  2e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2770  cold-shock protein, DNA-binding  34.36 
 
 		 194 aa  100  1e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1677  cold-shock protein DNA-binding  33.84 
 
 		 209 aa  94.7  7e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.220197 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2828  cold shock domain-contain protein  52.5 
 
 		 90 aa  88.2  7e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1031  ribosomal subunit interface protein, putative  38.46 
 
 		 119 aa  80.5  0.00000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.248083  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1221  cold-shock protein DNA-binding  31.69 
 
 		 188 aa  79.7  0.00000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.34226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0073  ribosomal subunit interface protein, putative  28.91 
 
 		 126 aa  55.8  0.0000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2274  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  28.44 
 
 		 109 aa  51.6  0.000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1384  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  34.74 
 
 		 186 aa  45.4  0.0005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.0000667858  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0792  cold shock protein  34.38 
 
 		 69 aa  43.1  0.002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000000912185  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4264  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  29.17 
 
 		 102 aa  42.7  0.003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0951  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  28.12 
 
 		 102 aa  42.4  0.004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.115791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0990  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  28.12 
 
 		 102 aa  42.4  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0958  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  28.12 
 
 		 102 aa  42.4  0.004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0659414  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4154  cold shock protein CspA  36.07 
 
 		 67 aa  42  0.005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000857883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1289  cold shock protein CspA  36.07 
 
 		 67 aa  42  0.005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000110281  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1032  cold shock protein  36.07 
 
 		 67 aa  42  0.005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000608124  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1029  cold shock protein  36.07 
 
 		 67 aa  42  0.005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  3.00447e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2475  RedA  27.45 
 
 		 160 aa  42  0.005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1185  cold shock protein CspA  36.07 
 
 		 67 aa  42  0.005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00075847  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1135  cold shock protein CspA  36.07 
 
 		 67 aa  42  0.005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000287991  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1213  cold shock protein CspA  36.07 
 
 		 67 aa  42.4  0.005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0278  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  31.58 
 
 		 65 aa  42.4  0.005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000141015  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1054  cold shock protein CspA  36.07 
 
 		 67 aa  42  0.005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000920965  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2317  ribosomal subunit interface protein  27.45 
 
 		 160 aa  42.4  0.005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.127274  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0928  cold-shock DNA-binding domain protein  36.54 
 
 		 65 aa  42  0.006  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2298  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  36.78 
 
 		 197 aa  42  0.006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.946442  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1952  ribosomal subunit interface protein  27.45 
 
 		 109 aa  42  0.006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1460  ribosomal subunit interface protein YfiA, putative  27.45 
 
 		 109 aa  42  0.006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.105702  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1035  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.07 
 
 		 67 aa  42  0.006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000461706  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2358  ribosomal subunit interface protein  27.45 
 
 		 109 aa  42  0.006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3352  putative ribosomal subunit interface protein YfiA  27.45 
 
 		 109 aa  42  0.006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0772066  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1909  cold-shock DNA-binding protein family protein  31.25 
 
 		 69 aa  41.6  0.007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00215125  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1232  cold shock protein CspA  36.07 
 
 		 67 aa  41.6  0.007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000325579  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1523  cold shock protein  34.38 
 
 		 69 aa  41.6  0.007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00439829  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0927  cold-shock protein, DNA-binding  36.92 
 
 		 70 aa  41.2  0.008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650584  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2124  sigma 54 modulation protein, putative  28.43 
 
 		 212 aa  41.2  0.009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0855  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.07 
 
 		 67 aa  41.2  0.009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000000708983  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>