More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4030 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4030  threonine dehydratase  100 
 
 		 320 aa  634    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0952  threonine dehydratase  72.03 
 
 		 313 aa  384  1e-106  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.322135 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3336  threonine dehydratase  72.03 
 
 		 314 aa  380  1e-104  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.175409  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3768  threonine dehydratase  70.93 
 
 		 313 aa  371  1e-102  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2589  threonine dehydratase  51.8 
 
 		 303 aa  241  1e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0492304 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2783  threonine dehydratase  49.2 
 
 		 302 aa  234  2.0000000000000002e-60  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2234  threonine dehydratase  47.04 
 
 		 308 aa  233  4.0000000000000004e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3496  threonine dehydratase  49.34 
 
 		 310 aa  229  4e-59  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3011  threonine dehydratase  47.57 
 
 		 317 aa  226  4e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.302173 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2922  threonine dehydratase  48.33 
 
 		 313 aa  223  3e-57  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0061  threonine dehydratase  48.51 
 
 		 313 aa  221  9e-57  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.983835  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3420  threonine dehydratase  46.67 
 
 		 309 aa  207  2e-52  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2738  threonine dehydratase  42.86 
 
 		 317 aa  203  4e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4798  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  45.87 
 
 		 336 aa  198  9e-50  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1610  threonine dehydratase  46.93 
 
 		 318 aa  182  6e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.346941 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1068  threonine dehydratase  34.08 
 
 		 509 aa  171  2e-41  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1852  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.73 
 
 		 307 aa  169  5e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.504316 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1794  threonine dehydratase  36.86 
 
 		 514 aa  167  2e-40  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306428  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1622  Threonine ammonia-lyase  43.91 
 
 		 307 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00676892  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  36.54 
 
 		 405 aa  163  4.0000000000000004e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0870  threonine dehydratase, biosynthetic  36.27 
 
 		 506 aa  162  5.0000000000000005e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0722  threonine ammonia-lyase, biosynthetic  36.27 
 
 		 506 aa  162  5.0000000000000005e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.130399  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3081  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  35.14 
 
 		 320 aa  161  1e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0664641 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1970  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  39.34 
 
 		 322 aa  160  3e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.15703  normal  0.218028 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4417  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  35.2 
 
 		 323 aa  160  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.936913  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2666  threonine dehydratase  35.39 
 
 		 509 aa  158  1e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1741  threonine dehydratase  43.73 
 
 		 310 aa  157  2e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0307895  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_08511  threonine dehydratase  30.92 
 
 		 514 aa  155  7e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.306662  hitchhiker  0.00240564 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0423  threonine dehydratase  35.48 
 
 		 504 aa  155  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.146858  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04320  threonine dehydratase  35.48 
 
 		 504 aa  155  1e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.478208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0611  threonine dehydratase  37.32 
 
 		 408 aa  155  1e-36  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0341122  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1431  threonine dehydratase  33.76 
 
 		 509 aa  154  2e-36  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0729808 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1558  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.56 
 
 		 322 aa  153  4e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.813791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2929  threonine dehydratase  34.46 
 
 		 520 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.333132 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0125  threonine dehydratase  29.45 
 
 		 408 aa  151  1e-35  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09711  threonine dehydratase  29.93 
 
 		 511 aa  150  2e-35  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.139009  normal  0.177122 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0175  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  33.77 
 
 		 320 aa  151  2e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0299  threonine dehydratase  29.61 
 
 		 511 aa  150  3e-35  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.380007  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0888  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  34.43 
 
 		 324 aa  150  3e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.520177 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3125  L-threonine ammonia-lyase  34.17 
 
 		 526 aa  150  3e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00487268  normal  0.103539 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  34.64 
 
 		 403 aa  149  4e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3436  threonine dehydratase  34.41 
 
 		 511 aa  150  4e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  32.08 
 
 		 332 aa  150  4e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0945  threonine dehydratase  32.79 
 
 		 418 aa  149  5e-35  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1474  threonine dehydratase  34.64 
 
 		 403 aa  149  5e-35  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5602  putative threonine dehydratase  33.33 
 
 		 363 aa  149  7e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4135  threonine dehydratase, biosynthetic  33.89 
 
 		 501 aa  149  8e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0273942  hitchhiker  0.00000000359898 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47100  threonine dehydratase  34.8 
 
 		 515 aa  149  9e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3556  threonine dehydratase  35.71 
 
 		 403 aa  149  9e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.597428  normal  0.136455 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3678  threonine dehydratase  30.52 
 
 		 437 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.376781  normal  0.173616 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4064  threonine dehydratase  34.46 
 
 		 515 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0349  threonine dehydratase  34.85 
 
 		 403 aa  147  2.0000000000000003e-34  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.626504  normal  0.139043 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0480  threonine dehydratase  37.38 
 
 		 406 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1389  putative threonine dehydratase  32.14 
 
 		 326 aa  146  4.0000000000000006e-34  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1368  threonine dehydratase  30.3 
 
 		 402 aa  146  4.0000000000000006e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0833542  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0980  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  31.49 
 
 		 326 aa  145  7.0000000000000006e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.393122 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2700  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  32.46 
 
 		 321 aa  145  8.000000000000001e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.420698 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1756  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.47 
 
 		 310 aa  145  1e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.72893  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2353  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  35.35 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0733  threonine dehydratase  33.45 
 
 		 515 aa  144  2e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.880513  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0128  threonine dehydratase  32.76 
 
 		 503 aa  144  2e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1181  threonine dehydratase  29.63 
 
 		 402 aa  144  2e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000071198  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1280  threonine dehydratase  35.16 
 
 		 505 aa  143  3e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1563  threonine dehydratase, biosynthetic  33.9 
 
 		 507 aa  143  3e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48270  threonine dehydratase  35.48 
 
 		 504 aa  144  3e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4110  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  35.83 
 
 		 333 aa  143  4e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.579842  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0704  threonine dehydratase  33.45 
 
 		 507 aa  143  4e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4847  threonine ammonia-lyase, biosynthetic  34.41 
 
 		 522 aa  143  5e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0309858  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2376  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  32.67 
 
 		 317 aa  142  7e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.799861 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3309  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  33.44 
 
 		 319 aa  142  7e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0279719  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4035  threonine dehydratase  36.83 
 
 		 402 aa  142  9e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5381  threonine dehydratase  34.05 
 
 		 504 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0653757 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0437  threonine dehydratase  32.13 
 
 		 503 aa  141  9.999999999999999e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1187  threonine dehydratase  29.04 
 
 		 403 aa  141  9.999999999999999e-33  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.296768  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3920  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  32.46 
 
 		 315 aa  141  9.999999999999999e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.903955  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0549  threonine dehydratase, biosynthetic  32.66 
 
 		 504 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.597687  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3072  threonine dehydratase  35.24 
 
 		 402 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0067161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1143  threonine dehydratase  31.89 
 
 		 400 aa  141  1.9999999999999998e-32  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3448  L-threonine ammonia-lyase  34.64 
 
 		 403 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1447  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  37.23 
 
 		 330 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0170532  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3529  threonine dehydratase  34.64 
 
 		 403 aa  139  4.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.10963  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0676  threonine dehydratase  32.35 
 
 		 503 aa  139  7e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.427964 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0845  threonine dehydratase  28.38 
 
 		 403 aa  139  7.999999999999999e-32  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  31.37 
 
 		 403 aa  138  1e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4366  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  32.88 
 
 		 315 aa  138  1e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15381  threonine dehydratase  33.33 
 
 		 514 aa  137  2e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.313826 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0965  threonine dehydratase  28.57 
 
 		 403 aa  137  2e-31  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3278  threonine dehydratase  34.63 
 
 		 531 aa  137  2e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4359  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  33.94 
 
 		 321 aa  137  3.0000000000000003e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3416  threonine dehydratase, biosynthetic  31.54 
 
 		 501 aa  137  3.0000000000000003e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000175327 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1852  threonine dehydratase  30.52 
 
 		 402 aa  136  4e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000042395  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4221  threonine dehydratase  34.41 
 
 		 504 aa  136  5e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0915  threonine dehydratase  28.05 
 
 		 403 aa  136  5e-31  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1062  threonine dehydratase  28.71 
 
 		 402 aa  136  5e-31  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0280706  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1083  threonine dehydratase  32.85 
 
 		 529 aa  136  5e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.715043  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0743  threonine dehydratase  27.57 
 
 		 403 aa  136  5e-31  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.00847234  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3784  threonine dehydratase  35.58 
 
 		 402 aa  135  6.0000000000000005e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6209  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  34.31 
 
 		 319 aa  135  7.000000000000001e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0577806 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1999  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  35.71 
 
 		 327 aa  135  8e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.232127  normal  0.0256185 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09911  threonine dehydratase  27.46 
 
 		 513 aa  135  9e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>