More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3418 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008043  TM1040_3418  ApbE-like lipoprotein  100 
 
 
343 aa  700  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.999205 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3611  ApbE family lipoprotein  40.79 
 
 
338 aa  266  3e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.698198  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2533  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  43.61 
 
 
341 aa  259  6e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.903036 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3425  ApbE family lipoprotein  41.12 
 
 
338 aa  258  9e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0988  ApbE-like lipoprotein  42.41 
 
 
370 aa  256  5e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  1.51305e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3097  ApbE family lipoprotein  41.12 
 
 
338 aa  254  2e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3360  ApbE family lipoprotein  42.86 
 
 
348 aa  251  9e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00766501  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3557  ApbE family lipoprotein  42.86 
 
 
348 aa  251  9e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0055272  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0930  ApbE family lipoprotein  42.86 
 
 
348 aa  251  9e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.67844  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3432  ApbE family lipoprotein  42.86 
 
 
348 aa  251  9e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0771789  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0980  ApbE family lipoprotein  41.43 
 
 
374 aa  249  5e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.84365  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0946  ApbE family lipoprotein  41.74 
 
 
347 aa  249  5e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0942  ApbE family lipoprotein  41.12 
 
 
374 aa  249  6e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.324541  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0955  ApbE family lipoprotein  39.06 
 
 
337 aa  248  8e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0462769  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1109  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  41.74 
 
 
347 aa  248  8e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2875  ApbE family lipoprotein  40.13 
 
 
338 aa  247  2e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0944  ApbE family lipoprotein  40.81 
 
 
374 aa  246  5e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1686  thiamine biosynthesis lipoprotein  41.38 
 
 
349 aa  246  6e-64  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1878  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  40.94 
 
 
367 aa  244  1e-63  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03269  hypothetical protein  39.08 
 
 
379 aa  244  2e-63  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2727  ApbE-like lipoprotein  40.83 
 
 
355 aa  243  3e-63  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.619342  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00751  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  40.48 
 
 
350 aa  241  1e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.182367  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1575  ApbE-like lipoprotein  39.57 
 
 
350 aa  241  1e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002713  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  38.15 
 
 
334 aa  238  1e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1717  ApbE family lipoprotein  38.01 
 
 
337 aa  231  1e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.117102  normal  0.0292335 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0458  ApbE-like lipoprotein  38.01 
 
 
341 aa  229  4e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0129  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  37.31 
 
 
361 aa  228  1e-58  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.791974  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1803  thiamine biosynthesis lipoprotein  39.21 
 
 
349 aa  227  3e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1667  ApbE family lipoprotein  37.46 
 
 
332 aa  227  3e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.569601 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1086  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  38.98 
 
 
343 aa  226  3e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0427  ApbE-like lipoprotein  43.96 
 
 
332 aa  225  1e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.846061  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3592  ApbE family lipoprotein  38.24 
 
 
332 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.481358 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3299  ApbE family lipoprotein  39.88 
 
 
359 aa  223  3e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.753835  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3160  putative thiamine biosynthesis lipoprotein apbE  39.88 
 
 
345 aa  223  3e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2150  ApbE family lipoprotein  38.24 
 
 
332 aa  223  4e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.344488  normal  0.0417056 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3311  thiamine biosynthesis lipoprotein  40.73 
 
 
331 aa  223  5e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.465607  hitchhiker  3.84441e-06 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3497  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  37.46 
 
 
349 aa  222  6e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.891995  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0752  ApbE family lipoprotein  42.01 
 
 
344 aa  221  1e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3863  ApbE-like lipoprotein  36.87 
 
 
349 aa  221  2e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1691  ApbE family lipoprotein  36.86 
 
 
338 aa  220  3e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.258239 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0955  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE precursor  38.26 
 
 
345 aa  218  1e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0959  ApbE family lipoprotein  39.26 
 
 
343 aa  218  2e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2757  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  37.11 
 
 
348 aa  215  7e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25360  putative thiamine biosynthesis lipoprotein  38.8 
 
 
342 aa  215  7e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1925  ApbE family lipoprotein  37.13 
 
 
349 aa  215  9e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2166  putative lipoprotein  38.49 
 
 
342 aa  214  1e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2431  ApbE-like lipoprotein  40.19 
 
 
382 aa  213  4e-54  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0092  ApbE family lipoprotein  40.56 
 
 
391 aa  213  4e-54  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2110  thiamine biosynthesis lipoprotein  40.51 
 
 
382 aa  211  1e-53  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14650  thiamine biosynthesis lipoprotein  37.29 
 
 
337 aa  211  1e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3361  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  35.65 
 
 
343 aa  209  6e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3727  thiamine biosynthesis protein  39.71 
 
 
345 aa  208  9e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.351343 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2455  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  36.16 
 
 
348 aa  208  1e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.489519  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5637  ApbE-like lipoprotein, membrane-associated lipoprotein involved in thiamine biosynthesis  37.77 
 
 
337 aa  207  2e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.85012 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2878  ApbE family lipoprotein  40.24 
 
 
348 aa  206  4e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3371  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  35.22 
 
 
353 aa  206  5e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.891248  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5212  ApbE-like lipoprotein  39.12 
 
 
335 aa  203  3e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0695  ApbE-like lipoprotein  35.35 
 
 
337 aa  201  1e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4283  apbE family protein  34.59 
 
 
352 aa  201  2e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2739  ApbE family lipoprotein  40.54 
 
 
321 aa  200  3e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1601  ApbE family lipoprotein  34.78 
 
 
341 aa  199  6e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0279572  normal  0.0160847 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0984  ApbE family lipoprotein  40.63 
 
 
323 aa  197  2e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.174547 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2609  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  35.44 
 
 
350 aa  197  2e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.425275 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2506  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  35.44 
 
 
350 aa  197  2e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00410483 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2353  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  35.44 
 
 
351 aa  195  8e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.180218  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2363  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  35.13 
 
 
351 aa  194  1e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.643512  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3233  ApbE family lipoprotein  40.14 
 
 
344 aa  195  1e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  1.88784e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2402  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  35.13 
 
 
350 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0020747  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2492  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  35.13 
 
 
350 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5054  ApbE family lipoprotein  39.46 
 
 
362 aa  194  2e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.288464  normal  0.124828 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3352  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  35.13 
 
 
351 aa  193  3e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0822228  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02100  hypothetical protein  35.13 
 
 
351 aa  193  3e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.873608  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02141  predicted thiamine biosynthesis lipoprotein  35.13 
 
 
351 aa  193  3e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.912657  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2450  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  35.13 
 
 
350 aa  194  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0247044 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1444  ApbE family lipoprotein  35.13 
 
 
351 aa  193  3e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.116267  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1436  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  35.13 
 
 
351 aa  193  4e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.208237 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2513  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  35.13 
 
 
351 aa  193  4e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00204686  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0725  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  34.81 
 
 
351 aa  192  6e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0827027  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3991  ApbE family lipoprotein  39.38 
 
 
341 aa  192  7e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.604582 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1073  ApbE family lipoprotein  39.74 
 
 
331 aa  191  1e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.651926  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3437  ApbE family lipoprotein  37.78 
 
 
327 aa  191  2e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0181711  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1597  ApbE family lipoprotein  37.97 
 
 
305 aa  190  3e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.727207 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1713  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE precursor  36.16 
 
 
326 aa  189  6e-47  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.732965  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2771  ApbE family lipoprotein  33.33 
 
 
354 aa  189  7e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1642  ApbE family lipoprotein  36.05 
 
 
326 aa  189  7e-47  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3636  ApbE-like lipoprotein  37.54 
 
 
340 aa  189  7e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3394  ApbE family lipoprotein  39.6 
 
 
315 aa  187  3e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3099  ApbE family lipoprotein  39.93 
 
 
320 aa  186  6e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5388  ApbE-like lipoprotein  39.19 
 
 
329 aa  185  1e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4089  ApbE family lipoprotein  37.38 
 
 
327 aa  184  2e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.224372 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2794  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  33.86 
 
 
351 aa  179  5e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.279837  normal  0.884521 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2105  thiamine biosynthesis lipoprotein, putative  33.75 
 
 
343 aa  179  8e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4966  ApbE family lipoprotein  37.71 
 
 
335 aa  178  1e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.475076  normal  0.736011 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5164  ApbE-like lipoprotein  37.29 
 
 
327 aa  177  2e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2816  ApbE-like lipoprotein  35.33 
 
 
338 aa  177  2e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0899  ApbE family protein  35.47 
 
 
365 aa  172  6e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.624097  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3291  ApbE family lipoprotein  37.2 
 
 
330 aa  172  7e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.238915  normal  0.298446 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1900  ApbE-like lipoprotein  33.64 
 
 
327 aa  171  2e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0470601  normal  0.0133899 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0214  ApbE family protein  35.62 
 
 
325 aa  164  2e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4038  ApbE family lipoprotein  35.56 
 
 
386 aa  164  3e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.618341  normal  0.564525 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>