74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2363 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2363  tetratricopeptide TPR_2  100 
 
 		 283 aa  555  1e-157  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.574477 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1113  Tol-Pal system YbgF  51.43 
 
 		 272 aa  241  7.999999999999999e-63  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.636864  normal  0.58924 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0977  hypothetical protein  47.35 
 
 		 281 aa  204  2e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0268883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0564  hypothetical protein  45.21 
 
 		 274 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.85427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0667  hypothetical protein  44.83 
 
 		 274 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2320  hypothetical protein  44.83 
 
 		 274 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.152947  normal  0.674714 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0688  hypothetical protein  41.22 
 
 		 309 aa  134  1.9999999999999998e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.17746  normal  0.110027 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2124  Tol-Pal system YbgF  26.28 
 
 		 301 aa  77.4  0.0000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.186495  normal  0.327311 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3493  tol-pal system protein YbgF  26.01 
 
 		 328 aa  75.5  0.0000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.250731  normal  0.0902147 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3198  tol-pal system protein YbgF  26.28 
 
 		 329 aa  73.6  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3624  tol-pal system protein YbgF  30.73 
 
 		 333 aa  68.9  0.00000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3636  tol-pal system protein YbgF  34.44 
 
 		 395 aa  67  0.0000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.655529  normal  0.139464 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0778  tol-pal system protein YbgF  36.22 
 
 		 386 aa  65.9  0.0000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0520444 
 
 
-
 
NC_004310  BR1693  hypothetical protein  34.71 
 
 		 488 aa  65.5  0.0000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1637  TPR repeat-containing molluscan rhodopsin  34.71 
 
 		 488 aa  65.5  0.000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2625  Tol-Pal system YbgF  32.86 
 
 		 345 aa  65.5  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.610072  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0281  tol-pal system protein YbgF  35.78 
 
 		 313 aa  64.7  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.433103  normal  0.0147653 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1221  Tol-Pal system YbgF  31.25 
 
 		 505 aa  62.8  0.000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5388  tol-pal system protein YbgF  33.96 
 
 		 339 aa  60.8  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.986897  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4842  tol-pal system protein YbgF  30.4 
 
 		 341 aa  60.1  0.00000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.29028  normal  0.989146 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5489  tol-pal system protein YbgF  33.96 
 
 		 304 aa  60.1  0.00000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.39153  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4747  hypothetical protein  27.22 
 
 		 323 aa  59.7  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1315  tol-pal system protein YbgF  28.69 
 
 		 345 aa  57.4  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5310  tol-pal system protein YbgF  32.08 
 
 		 341 aa  58.2  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4333  tol-pal system protein YbgF  34.29 
 
 		 329 aa  57.4  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.105755 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1096  hypothetical protein  24.89 
 
 		 279 aa  57.4  0.0000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.2221  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2414  hypothetical protein  26.26 
 
 		 291 aa  57  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0531  putative lipoprotein  27.92 
 
 		 236 aa  55.5  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0737  hypothetical protein  22.73 
 
 		 274 aa  54.7  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.790435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3169  tetratricopeptide TPR_2  29.93 
 
 		 334 aa  54.7  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.36621  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1279  TPR repeat-containing protein  22.33 
 
 		 270 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.131544  normal  0.407975 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2866  tol-pal system protein YbgF  27.87 
 
 		 269 aa  53.9  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  4.8827e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1399  tol-pal system protein YbgF  27.87 
 
 		 269 aa  53.9  0.000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000306098  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2954  tol-pal system protein YbgF  27.87 
 
 		 269 aa  53.9  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000655346  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1816  hypothetical protein  28.69 
 
 		 321 aa  53.9  0.000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.18225  normal  0.591091 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0147  TPR repeat-containing protein  24.88 
 
 		 257 aa  54.3  0.000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6876  hypothetical protein  25.41 
 
 		 348 aa  53.5  0.000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.617207  normal  0.0553562 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1281  tol-pal system protein YbgF  26.5 
 
 		 266 aa  52.4  0.000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000295525  decreased coverage  0.00000450337 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3508  TPR repeat-containing protein  28.69 
 
 		 336 aa  52  0.00001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.024508  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2713  TPR repeat-containing protein  28.1 
 
 		 305 aa  50.4  0.00003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0957329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4143  hypothetical protein  27.87 
 
 		 345 aa  50.8  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0686  tol-pal system protein YbgF  22.37 
 
 		 261 aa  50.1  0.00004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.379534  normal  0.398306 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0730  tol-pal system protein YbgF  22.37 
 
 		 261 aa  50.1  0.00004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.18828  normal  0.147951 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2145  TPR domain-containing protein  27.62 
 
 		 335 aa  49.7  0.00006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0848355  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4051  hypothetical protein  23.74 
 
 		 243 aa  48.9  0.00009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0364  hypothetical protein  28.94 
 
 		 305 aa  48.9  0.00009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.947228  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0078  hypothetical protein  28.7 
 
 		 327 aa  48.9  0.00009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3081  Tol-Pal system YbgF  28.93 
 
 		 307 aa  48.9  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0797  TPR repeat-containing protein  20.5 
 
 		 252 aa  47.8  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.146467  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1855  tetratricopeptide TPR_2  21.7 
 
 		 254 aa  47  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1371  hypothetical protein  27.6 
 
 		 249 aa  47.4  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3258  TPR repeat-containing protein  27.08 
 
 		 249 aa  46.2  0.0006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1951  tol-pal system protein YbgF  27.08 
 
 		 249 aa  46.2  0.0006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2196  Tol-Pal system YbgF  21.59 
 
 		 262 aa  46.2  0.0006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.114347  normal  0.506103 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3243  tol-pal system protein YbgF  27.08 
 
 		 249 aa  46.2  0.0006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0825  hypothetical protein  27.08 
 
 		 249 aa  46.2  0.0006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2659  hypothetical protein  27.08 
 
 		 249 aa  46.2  0.0006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.238854  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3205  tol-pal system protein YbgF  27.08 
 
 		 249 aa  46.2  0.0006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0070  hypothetical protein  25.41 
 
 		 272 aa  45.8  0.0007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0071  tol-pal system protein YbgF  25.41 
 
 		 272 aa  45.8  0.0007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.840894  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2083  hypothetical protein  27.08 
 
 		 234 aa  45.8  0.0009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0410  hypothetical protein  24.48 
 
 		 222 aa  45.1  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000196847  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1627  transmembrane protein  23.21 
 
 		 284 aa  45.1  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3922  putative transmembrane protein  22.33 
 
 		 249 aa  44.7  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.111011  hitchhiker  0.00736661 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1158  tol-pal system protein YbgF  25.23 
 
 		 269 aa  44.7  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3117  tol-pal system protein YbgF  25 
 
 		 272 aa  44.7  0.002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.35815  normal  0.68716 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2900  tol-pal system protein YbgF  26.67 
 
 		 272 aa  43.9  0.003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000143705  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01566  tol-pal system protein YbgF, putative  26.52 
 
 		 268 aa  43.9  0.003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.405212  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0757  tol-pal system protein YbgF  21.84 
 
 		 252 aa  43.5  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.677323  normal  0.641804 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1070  hypothetical protein  20 
 
 		 271 aa  43.9  0.003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.387649  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0900  TPR repeat-containing protein  23.85 
 
 		 269 aa  43.5  0.004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000011862  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4425  tol-pal system protein YbgF  32.63 
 
 		 283 aa  43.1  0.005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.667598 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1597  hypothetical protein  22.44 
 
 		 313 aa  43.1  0.006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.214914 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0757  TPR repeat-containing protein  24.79 
 
 		 264 aa  42.4  0.01  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>