More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2167 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2167  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 465 aa  935    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.786725 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3492  GntR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 473 aa  280  5e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.249903  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0136  GntR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 496 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2171  GntR family transcriptional regulator  36.83 
 
 		 507 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.164401  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3719  transcriptional regulator  36.6 
 
 		 476 aa  273  7e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0569  transcriptional regulator  35.59 
 
 		 499 aa  267  2.9999999999999995e-70  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3610  transcriptional regulator  36.4 
 
 		 507 aa  266  5e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.530067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4449  GntR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 507 aa  266  5e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3295  GntR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 507 aa  266  5e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.761418 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3917  GntR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 507 aa  266  5e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3811  transcriptional regulator  35.82 
 
 		 507 aa  266  8e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4666  transcriptional regulator  36.52 
 
 		 511 aa  265  1e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0480  GntR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 509 aa  262  8e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.320093  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0430  GntR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 506 aa  261  1e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1809  GntR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 506 aa  261  1e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0817  GntR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 506 aa  261  2e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.389843  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1334  transcriptional regulator  34.57 
 
 		 501 aa  261  2e-68  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2364  GntR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 506 aa  261  2e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0684851  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2503  GntR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 506 aa  260  4e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4072  GntR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 458 aa  260  4e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1217  GntR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 501 aa  260  4e-68  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3105  GntR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 501 aa  259  6e-68  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6889  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  34.06 
 
 		 515 aa  258  2e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0343806  normal  0.248624 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1933  GntR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 490 aa  258  2e-67  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.100433  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0641  GntR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 506 aa  258  2e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.371693  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2546  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  34.92 
 
 		 497 aa  258  2e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.474867  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1609  GntR family transcriptional regulator  34.79 
 
 		 569 aa  256  6e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0318445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3074  GntR family transcriptional regulator  34.99 
 
 		 470 aa  255  9e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05334  transcriptional regulator  34.36 
 
 		 470 aa  255  9e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0030  putative transcription regulator protein  36.12 
 
 		 509 aa  255  1.0000000000000001e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0345  transcriptional regulator, GntR family  29.78 
 
 		 470 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.469578  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2234  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  35.34 
 
 		 497 aa  255  2.0000000000000002e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5117  transcriptional regulator  36.11 
 
 		 508 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  unclonable  0.0000000208159  normal  0.0731219 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3519  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  33.48 
 
 		 471 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2184  transcriptional regulator, GntR family  33.97 
 
 		 466 aa  253  6e-66  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3006  GntR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 502 aa  252  8.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4910  transcriptional regulator  34.73 
 
 		 502 aa  252  8.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5360  GntR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 502 aa  252  8.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.881059  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2170  GntR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 466 aa  252  1e-65  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.662886  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0024  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  34.32 
 
 		 473 aa  252  1e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0173306 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4307  transcriptional regulator  35.02 
 
 		 488 aa  252  1e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1937  GntR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 466 aa  251  2e-65  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3668  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  33.78 
 
 		 472 aa  250  5e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.271515  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000554  transcriptional regulator GntR family/aminotransferase class-i  34.22 
 
 		 481 aa  249  7e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1938  GntR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 466 aa  249  8e-65  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.363116  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2085  GntR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 466 aa  249  8e-65  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.249037  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2116  transcriptional regulator, GntR family  34.44 
 
 		 466 aa  249  8e-65  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1900  GntR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 466 aa  248  1e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000823779  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4710  GntR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 502 aa  248  1e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.991475  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3107  transcriptional regulator  34.7 
 
 		 478 aa  248  2e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.936861  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1567  GntR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 473 aa  247  3e-64  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2934  GntR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 513 aa  247  3e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3251  transcriptional regulator  35.68 
 
 		 494 aa  247  3e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1952  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  33.9 
 
 		 465 aa  247  3e-64  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00720437  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5240  transcriptional regulator  33.75 
 
 		 502 aa  247  4e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3945  transcriptional regulator  34.69 
 
 		 476 aa  247  4e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4520  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  33.54 
 
 		 501 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1085  GntR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 475 aa  246  6.999999999999999e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.350273 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2075  transcriptional regulator, GntR family  32.62 
 
 		 471 aa  246  8e-64  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0835  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 501 aa  246  8e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.255171 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4100  GntR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 494 aa  246  8e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.959861  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4266  GntR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 494 aa  246  8e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.501313  normal  0.325137 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1580  GntR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 505 aa  246  9e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1866  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  34.19 
 
 		 495 aa  245  9.999999999999999e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3365  transcriptional regulator  34.38 
 
 		 503 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.987625  normal  0.688219 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4874  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  37.35 
 
 		 470 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.661213 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0281  GntR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 503 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4320  transcriptional regulator  33.19 
 
 		 521 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.268323 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1890  GntR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 466 aa  244  3e-63  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0766739  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4852  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 523 aa  244  3e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.791352 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2297  GntR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 501 aa  244  3e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.35156  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4318  GntR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 504 aa  243  3.9999999999999997e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.632192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3720  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  33.74 
 
 		 507 aa  243  3.9999999999999997e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0348  GntR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 495 aa  243  5e-63  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3397  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  33.74 
 
 		 504 aa  243  7e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5788  GntR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 496 aa  242  9e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.520429 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4350  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  35.6 
 
 		 509 aa  242  1e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.73766 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2382  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  34.76 
 
 		 503 aa  241  2e-62  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0552603  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1740  GntR family transcriptional regulator  36.83 
 
 		 494 aa  241  2e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.844969  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3915  transcriptional regulator, GntR family  36.16 
 
 		 444 aa  241  2e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0753496 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0760  GntR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 490 aa  241  2e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.996679  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3892  GntR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 492 aa  241  2e-62  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.179019  normal  0.485504 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1143  GntR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 480 aa  240  2.9999999999999997e-62  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.130039  normal  0.465175 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0986  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  35.48 
 
 		 495 aa  239  5e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4167  transcriptional regulator  35.02 
 
 		 509 aa  239  5e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.117681  normal  0.924645 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5633  GntR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 517 aa  239  6.999999999999999e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000615538  normal  0.236104 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3202  GntR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 478 aa  239  8e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00416739 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4112  transcriptional regulator  35.35 
 
 		 495 aa  238  1e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3230  transcriptional regulator, GntR family  32.14 
 
 		 471 aa  238  1e-61  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.539443 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5076  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  34.74 
 
 		 472 aa  239  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3694  GntR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 494 aa  238  1e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.385244  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5559  transcriptional regulator  35.64 
 
 		 498 aa  238  1e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1783  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  33.11 
 
 		 501 aa  238  2e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.26432  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0044  GntR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 493 aa  237  3e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5644  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  34.67 
 
 		 481 aa  237  3e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0989  GntR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 485 aa  237  4e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2793  GntR family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 444 aa  236  5.0000000000000005e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.102841 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3858  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  36.57 
 
 		 491 aa  236  7e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5391  transcriptional regulator  32.8 
 
 		 509 aa  236  7e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253395  normal  0.0145041 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0497  GntR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 463 aa  235  1.0000000000000001e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.283703 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>