More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1393 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_1393  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  100 
 
 
282 aa  572  1.0000000000000001e-162  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1285  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  64.03 
 
 
277 aa  357  9.999999999999999e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.442309 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2628  glutamyl-/ glutaminyl-tRNA synthetase  63.67 
 
 
277 aa  352  2.9999999999999997e-96  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4079  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  63.93 
 
 
281 aa  347  2e-94  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.688664 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1164  glutamate--tRNA ligase  61.51 
 
 
276 aa  334  1e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.647916  normal  0.361604 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1474  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  61.35 
 
 
287 aa  332  4e-90  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.104503  normal  0.08026 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2500  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  55.89 
 
 
294 aa  318  7.999999999999999e-86  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.296852 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0748  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  51.21 
 
 
290 aa  244  9e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1135  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  48.64 
 
 
289 aa  243  3.9999999999999997e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1631  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  46.96 
 
 
300 aa  238  8e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3652  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  47.33 
 
 
288 aa  238  9e-62  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0925  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  47.92 
 
 
293 aa  236  3e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0814  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  48.43 
 
 
293 aa  236  4e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3486  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  48.77 
 
 
290 aa  234  9e-61  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3555  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  47.55 
 
 
293 aa  233  3e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.346556  normal  0.959624 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3110  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  49.08 
 
 
284 aa  232  6e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.599577 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3286  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  48.26 
 
 
296 aa  232  6e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0410237 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3026  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  46.39 
 
 
295 aa  231  8.000000000000001e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.65346  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3848  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  46.71 
 
 
293 aa  228  7e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5237  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  47.04 
 
 
293 aa  226  2e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4885  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  46.55 
 
 
291 aa  225  7e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.763811  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3734  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  46.85 
 
 
293 aa  225  8e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1325  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  48.42 
 
 
281 aa  224  1e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3840  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  44.79 
 
 
315 aa  223  2e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2353  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  44.56 
 
 
278 aa  221  9.999999999999999e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.930617  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2526  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  47.74 
 
 
297 aa  220  1.9999999999999999e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.451286 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1491  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  44.44 
 
 
281 aa  219  3e-56  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.88267  normal  0.107951 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1270  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  44.52 
 
 
291 aa  220  3e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3205  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  47.04 
 
 
279 aa  217  2e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.572919  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2391  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  46.34 
 
 
280 aa  217  2e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00564055 
 
 
-
 
NC_004310  BR1647  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  43.84 
 
 
291 aa  211  1e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.182901  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4004  glutamyl-tRNA Synthetase  46.15 
 
 
300 aa  211  1e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0433  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  44.52 
 
 
300 aa  211  1e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.245472 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1847  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  45.26 
 
 
294 aa  210  2e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978391  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1152  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  45.55 
 
 
296 aa  209  3e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1594  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  43.49 
 
 
291 aa  207  1e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.787524  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0957  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  44.98 
 
 
304 aa  203  3e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.800313  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0551  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  47.01 
 
 
281 aa  200  1.9999999999999998e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3084  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  48.08 
 
 
287 aa  201  1.9999999999999998e-50  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.852004  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4877  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  45.94 
 
 
279 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.284735  normal  0.0736778 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3242  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  46.07 
 
 
302 aa  189  2.9999999999999997e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.533395  normal  0.726961 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0306  Glutamate--tRNA ligase  40.97 
 
 
323 aa  183  3e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1025  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  45.21 
 
 
297 aa  182  7e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.255521 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0317  Glutamate--tRNA ligase  41.11 
 
 
323 aa  182  8.000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1031  glutamate--tRNA ligase  44.23 
 
 
283 aa  181  2e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4726  Glutamate--tRNA ligase  44.07 
 
 
316 aa  180  2.9999999999999997e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0696299  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3764  Glutamate--tRNA ligase  40.94 
 
 
297 aa  174  9.999999999999999e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1332  Glutamate--tRNA ligase  38.89 
 
 
311 aa  174  1.9999999999999998e-42  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000257577  decreased coverage  0.00027046 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0295  glutamate--tRNA ligase  41.98 
 
 
323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.436066  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1951  glutamyl-tRNA synthetase  38.71 
 
 
486 aa  173  2.9999999999999996e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0884384  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3985  glutamate--tRNA ligase  43.46 
 
 
298 aa  173  2.9999999999999996e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07310  glutamyl- or glutaminyl-tRNA synthetase  39.58 
 
 
318 aa  172  5.999999999999999e-42  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1023  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  42.54 
 
 
303 aa  171  1e-41  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.202098  hitchhiker  0.00000345941 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3450  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  39.58 
 
 
330 aa  170  2e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3126  Glutamate--tRNA ligase  41.76 
 
 
307 aa  167  1e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.216069  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3061  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  40.08 
 
 
291 aa  167  2e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.293014  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0867  Glutamate--tRNA ligase  38.54 
 
 
327 aa  166  2.9999999999999998e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1882  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  39.08 
 
 
295 aa  166  4e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1586  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  38.52 
 
 
313 aa  166  4e-40  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.384476  normal  0.0681988 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0319  glutamate--tRNA ligase  42.61 
 
 
337 aa  165  6.9999999999999995e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.468556  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1780  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  38.49 
 
 
314 aa  165  6.9999999999999995e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.234416 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3027  glutamate--tRNA ligase  34.74 
 
 
278 aa  165  6.9999999999999995e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.968888  normal  0.390374 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1329  tRNA synthetase class I domain-containing protein  40.46 
 
 
314 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3294  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  39.36 
 
 
296 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0570  Glutamate--tRNA ligase  41.04 
 
 
319 aa  163  3e-39  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1188  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  37.93 
 
 
310 aa  161  1e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0787184 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1251  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  37.59 
 
 
296 aa  160  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.540986  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2014  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  39.36 
 
 
311 aa  160  2e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1905  glutamate--tRNA ligase  38.24 
 
 
309 aa  160  2e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0217385  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2934  glutamate--tRNA ligase  39.72 
 
 
327 aa  159  5e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0900886  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1219  glutamyl-tRNA synthetase  38.52 
 
 
466 aa  159  6e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.144634  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1886  glutamyl-tRNA synthetase  36.59 
 
 
470 aa  159  6e-38  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0690  glutamate--tRNA ligase  42.08 
 
 
300 aa  159  6e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.858834 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2900  glutamate--tRNA ligase  40.46 
 
 
302 aa  158  8e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0201877  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2226  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  37.98 
 
 
311 aa  158  8e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000178146  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1875  glutamyl-tRNA synthetase  36.59 
 
 
470 aa  158  9e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2947  glutamyl-tRNA synthetase  35.16 
 
 
469 aa  157  1e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000528448  normal  0.145781 
 
 
-
 
NC_002978  WD0435  glutamyl-tRNA synthetase  32.29 
 
 
473 aa  157  1e-37  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2210  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  38.65 
 
 
315 aa  158  1e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.895513  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2822  glutamyl-tRNA synthetase  35.16 
 
 
469 aa  157  1e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000059188  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1554  glutamyl-tRNA synthetase  35.16 
 
 
469 aa  157  1e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000003282  normal  0.0351282 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2904  glutamate--tRNA ligase  38.03 
 
 
338 aa  158  1e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.437681  normal  0.870267 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2802  glutamyl-tRNA synthetase  35.16 
 
 
469 aa  157  1e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000260001  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13470  glutamyl- or glutaminyl-tRNA synthetase  37.68 
 
 
317 aa  157  2e-37  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.301512  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3073  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  36.4 
 
 
310 aa  157  2e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1944  glutamyl-tRNA synthetase  35.66 
 
 
467 aa  157  2e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1703  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  39.54 
 
 
298 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2315  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  39.54 
 
 
298 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0962  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  39.31 
 
 
298 aa  157  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.294785  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2279  glutamyl-tRNA synthetase  35.29 
 
 
467 aa  156  3e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000050225  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1449  glutamyl-tRNA synthetase  35.25 
 
 
469 aa  156  3e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000565413  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_05721  glutamyl/glutaminyl-tRNA synthetase  38.41 
 
 
306 aa  156  4e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.832335 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2919  glutamyl-tRNA synthetase  35.9 
 
 
469 aa  156  4e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000159151  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0518  glutamyl-tRNA synthetase domain-containing protein  37.79 
 
 
302 aa  155  5.0000000000000005e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0676  glutamate--tRNA ligase  40 
 
 
310 aa  155  5.0000000000000005e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1365  glutamyl-tRNA synthetase  34.8 
 
 
469 aa  155  6e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000124879  normal  0.0325353 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1430  glutamyl-tRNA synthetase  34.8 
 
 
469 aa  155  6e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000061517  normal  0.749503 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1418  glutamyl-tRNA synthetase  34.8 
 
 
469 aa  155  6e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000145575  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4720  glutamate--tRNA ligase  37.78 
 
 
292 aa  155  7e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.943988  normal  0.90531 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1982  glutamate--tRNA ligase  39.64 
 
 
323 aa  155  7e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.193008  normal  0.926165 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>